В 1816 году из его управления было выделено управление духовенством гвардейских полков под началом обер-священника главного штаба и гвардии.

В 1840 году учреждена должность обер-священника в отдельном кавказском корпусе с подчинением его обер-священнику армии и флота. О 1858 году обер-священники были переименованы в главных священников.

В 1890 году все управление военным духовенством было объединено под ведомством одного протопресвитера военного и морского духовенства и при нем духовного управления. Все это управление было независимо от епархиальных властей и подчинялось непосредственно Синоду.

Придворное духовенство управлялось особым протопресвитером, состоявшим одновременно духовником Их Величеств.

Причты заграничных церквей, получая содержание от министерства иностранных дел, управлялись петербургским епархиальным начальством, исключая иерусалимскую, пекинскую, японскую и др. миссии, состоявших в непосредственном ведении Синода.

С 1867 года разделения епархий на классы не существовало. Все Архиереи считались равными, исключая митрополитов Киевско-Галицкого, Московско-Коломенского, Петербургско-Ладожского и Экзарха Грузии.

К началу XX столетия при Синоде существовали следующие подчиненные ему учреждения:

* Московская Синодальная Контора и * Грузино-Имеретинская Синодальная Контора. Московская Контора управляла ставропигиальными монастырями (за исключением Соловецкого), Успенским собором в Москве и московским синодальным домом с его церковной библиотекой и ризницей. Она же снабжала епархии святым Миром. В 1892 году при ней было учреждено Училище церковного пения. Председателем Конторы был митроп. Московский, членами — один или два настоятеля московских ставропигиальных монастырей. Грузино-Имеретинская Контора управляла церковными делами в Закавказском крае, заведовала там церковными имуществами, представляла Синоду кандидатов на архиерейские кафедры. Ее председателем был экзарх Грузии, членами — четверо настоятелей монастырей и протоиерей. При обоих Конторах состояли: 1. Прокуроры. * Канцелярия. * Хозяйственное управление. 2. Контрольная комиссия. * Духовно-учебный комитет. 3. Училищный совет. Все эти вспомогательные учреждения находились в ведении обер-прокурора (в 1865 году была учреждена должность товарища обер-прокурора). В некоторых епархиях имелись викариатства. Получив титул епископа одного из уездных городов епархии, викарии не обладали правом самостоятельного управления в этом уезде. Они имели только право поставлять и смещать в уезде причетников. Важное значение в епархиальной жизни получили съезды духовенства — епархиальные и окружные. К концу царствования Николая I казенное жалование получали 55.163 священно- церковнослужителя при 13.214 церквах в 32 епархиях. В целях улучшения содержания духовенства при Николае I усилен надел церквей землями.