22 апреля 1921 года осужден ПП ВЧК на Кавказе к 3 годам высылки. Направлен в Центральные губернии России, г. Цярка (Цярку?)
После освобождения из ссылки в 1924 году служил в Ильинском храме в Нижнем Новгороде. При расколе, произошедшем в Российской церкви, о. Василий, как и многие священнослужители, первоначально оказался в лагере»обновленцев». Вопреки мифу, распространяемому сегодня определёнными церковными и околоцерковными кругами,«обновленцы», идеологией которой на практике стал откровенный сервилизм перед советской властью, а реформаторский пафос сводился преимущественно к возможности осуществления церковной карьеры женатому духовенству, отнюдь не были сторонниками перевода богослужения на русский язык и радикальных литургических реформ. Единственное официальное заявление по этому вопросу, сделанное в 1926 году, декларирует необходимость»не вводя никаких догматических и богослужебных общеобязательных реформ, пригласить всех работников церковного обновления всемерно охранять единство Церкви; благословляет творческую инициативу и сделанный почин, направленный на пробуждение религиозного чувства, церковного сознания и общественной нравственности». На практике же деятельность о. Василия по переводу богослужения и реформированию и приходской жизни (осуществляемая, при всей её кажущейся радикальности, в русле решений канонического Поместного собора 1917–18 гг.), вызывала у обновленческого епископата скорее негативно отношение. Митрополит Александр Введенский, приехав в Нижний Новгород, всячески льстил о. Василию, но, вернувшись в Москву, заявил»Хватит нам этой эндэковщины и адамовщины». (Священник Александр Эндэка служил в храме на Лубянской площади и принадлежал к немногочисленным»идейным»обновленцам).
В общине, созданной о. Василием в Ильинском храме, велось богослужение на русском языке, частое причащение, соборование каждый пост, общее пение прихожан (хор был упразднён). Служба была ежедневной, утром и вечером, часто проводились ночные службы. Вся литургия служилась при открытых вратах, все священнические молитвы о. Василий произносил вслух. В храме все было подчинено строгому благочестию, в алтаре были запрещены все разговоры, деньги за требы не брались. В определённые дни недели после вечернего богослужения прихожане оставались в храме, пели канты и произносили проповеди.
Богослужебные переводы осуществлялись самим о. Василием, лицами, не принадлежавшими к общине, и членами общины. Активно использовался опыт предшественников: ряд мест русского перевода Литургии Иоанна Златоуста опираются на перевод митрополита Антонина (Грановского), Погребальные стихиры Иоанна Дамаскина – на переводы Н. Нахимова. Библейские чтения и псалмодия не переводились – пользовались синодальным переводом. Переводы пробовались на пение, многократно обсуждались и изменялись. Многие первоначальные варианты отбрасывались, иногда возвращались к словам славянского текста:«одесную Отца»,«воспряни»и др. К обсуждению переводов привлекались все прихожане. Иногда о. Василий объявлял:«Молитесь, не получается перевод такого–то текста». Переписка, перепечатка, редакционная и издательская работа осуществлялись членами общины. Во время литургии разрешалось до апостола работать в ризнице над переводами, а затем полагалось идти в храм. Печатали в тюремной типографии. Члены общины вели корректорскую работу и иногда участвовали в наборе текста.
Были изданы «Служебник на русском языке» (1924), содержащий, в частности, чинопоследования трех литургий, «Порядок всенощного богослужения на русском языке» (1925), «Сборник церковных служб, песнопений главнейших праздников и частных молитвословий Православной Церкви на русском языке» (1926; переиздано в Париже издательством YMCA, 1989), Требник (1927). Значительная часть переводов (почти вся Служебная Минея с апреля по июнь, акафисты, последования архиерейского богослужения) осталась в рукописях, судьба которых неизвестна. Переводческая деятельность о. Василия получила одобрение специалиста по литургике профессора Михаила Скабаллановича.«Я переводил богослужение на русский язык для знакомства верующего народа, но не думал, что это так скоро осуществится на практике», – сказал он, приехав из Киева в Нижний Новгород и посетив Ильинскую церковь.
В 1924 году, после того, как жена о. Василия, забрав всех детей (их у о. Василия было шестеро), ушла от него, не выдержав аскетического уклада жизни о. Василия, он принял монашество с именем Феофан. Продолжает служить в Ильинском храме Нижнего Новгорода.
В октябре 1925 году принимает активное участие в дискуссии о языке в работе обновленческого»Собора III», выступает с речью в защиту реформ церковной жизни и, в частности, о введении в практику богослужения русского языка, как самую полезную меру для возвращения в лоно Православной Церкви отступников, сектантов и неверующих. Миссионерская активность о. Феофана не могла не вызвать беспокойства властей и обновленческого епископата. Было принято решение о его смещении и ликвидации общины и начато его осуществление. Приехавший для ревизии епископ Александр (Лавров), побывав на богослужении, отказался участвовать в расправе, в наказание за что был переведен Введенским в Вологду. На смену епископу Александру был прислан митрополит Иерофей Померанцев (постриженник архимандрита Сергия Страгородского), которому также было поручено ликвидировать общину, о чем он при отъезде сказал:«Мне поручено было вас разогнать, но я не мог этого сделать, так как мне понравилось ваше уставное богослужение на русском языке».
Вскоре приехал митрополит Иоанн (Миртов), который быстро договорился с НКВД об образе действий. Отец Василий стал готовиться к аресту и послал письмо Нижегородскому митрополиту, и. о. Местоблюстителя Патриаршего престола Сергию (Страгородскому), в котором приносил покаяние в обновленчестве. Одновременно с этим готовил себе преемника. После возвращения в патриаршью церковь о. Феофан получил от митрополита Сергия благословение на русскоязычное богослужение с практикуемыми в общине особенностями, при этом было сделано важное дополнение:«Руководствуясь примером покойного Святейшего Патриарха, я не нахожу препятствий к тому, чтобы Преосвященные епархиальные архиереи, если найдут полезным, разрешали иеромонаху Феофану (или другим) то же самое и каждый в своей епархии». Это постановление»О принятии в общение со Св. Церковью и о допущении русского языка в церковном Богослужении»было напечатано в»Журнале Московской Патриархии»№5 за 1931 год. 9 декабря 1931 года после всенощной на Знамение Божией Матери о. Феофан был арестован и в 1932 году сослан в с. Суянки Красновишерского района Пермской области, затем находился в с. Чердынь того же района. Его преемнику о. Василию Абоимову не дали служить в Ильинском храме, ключи от которого забрали обновленцы. Община разошлась по городским приходам, а священник Василий Абоимов и диакон Иоанн Фролов были направлены в село Пахотный Усад, где с благословения митрополита Сергия служили на русском языке. Вскоре о. Василий Абоимов был арестован. После окончания срока ссылки в 1934 году о. Феофан, не имея права проживания в десяти крупнейших городах страны (минус 10), прописался во Владимире, но жил в Нижнем Новгороде у своих духовных чад. В 1935 году о. Феофан арестован в Нижнем Новгороде вместе с митрополитом Евгением (Зерновым), священниками Николаем Македонским и Петром Новосельским за совершение пасхального богослужения 1 мая 1935 года. 4 ноября 1935 года ОСО НКВД СССР осужден по ст. 54 п. 10 УК»за пропаганду контрреваолюционной направленности против мероприятий советской власти»к 3 годам ИТЛ. Направлен в Карлаг.