Большинство поступающих в семинарию не были христианами. После окончания четвертого класса они должны были крес-титься или же покинуть семинарию и продолжить свое обучение в другом учебном заведении. С пятого класса студентам семинарии вменялось в обязанность ходить в свободное время по частным домам с проповедью христианства. Младшие же классы в значительной степени носили характер общеобразовательной школы, которая, помимо прочего, давала студентам возможность познакомиться с русской культурой. Об уровне и качестве преподавания в семинарии говорит хотя бы то обстоятельство, что министр иностранных дел Японии Соэдзима Танэоми отдал на обучение и своего сына, и двоих племянников. Воспитанниками Токийской семинарии были доктор Сато Сесуке, ректор университета на острове Хоккайдо, Абэ Хироси, губернатор Токио, Андо Кенсуке, городской глава Иокогамы, министр Като Масуо, дипломат Омаэ Тайдзо и многие другие .

Среди приглашенных из России преподавателей были о. Гавриил (Гаев), о. Владимир (Соколовский), о. Гедеон (Покровский), о. Сергий (Глебов), о. Сергий (Страгородский). В 1897 году семинария перешла в новое трехэтажное каменное здание, построенное на личные средства наследника российского престола, будущего императора Николая II, Царя Мученика.

В миссии были образованы пять отделов: переводческий, издательский, семинария, женская школа, школа для катехизаторов. Кроме того, при миссии существовали детский приют, иконописная мастерская, миссийский хор и библиотека.

Число обращенных непрерывно возрастало. С 1874 года в день святых первоверховных апостолов Петра и Павла стали созываться поместные соборы Японской церкви, в которых принимали участие главным образом миряне . На соборы допускались без права голоса все желающие, в том числе и язычники. Голосование на этих соборах всегда было закрытым. Проводилось два собора: большой — с участием мирян, представляющих различные общины, и малый, в котором участвовали только священнослужители, — на последнем рассматривались прошения, заявления, вопросы церковного управления и намечались кандидаты в священники.

12 июня 1875 года архимандрит Николай предложил сорока катехизаторам выбрать кандидатов для рукоположения. Было названо три имени, однако согласие на хиротонию дал только один из них — Павел Савабе. Бывший жрец и стал первым православным священником-японцем, друг же его Иоанн Сакаи был посвящен во диакона. Рукополагал их специально прибывший для этого в Хакодате начальник Камчатской миссии епископ Павел. В 1878 году тот же епископ Павел рукоположил диакона Иоанна Сакаи и четверых других кандидатов во священники. Хиротония состоялась во Владивостоке. Теперь среди самих японцев было 6 священников, 27 катехизаторов и 50 помощников катехизатора.

Церковь продолжала расти. В 1878 году начальник миссии поднял вопрос о назначении в Японию епископа. Святейший Синод нашел таковое назначение не только возможным, но и необходимым. По телеграфу пришел запрос о согласии архимандрита Николая быть епископом. Он ответил: «Если из России не может быть назначен епископ, я согласен». Таким образом, ему пришлось вновь отправиться в Россию.

Он был хиротонисан во епископа с наречением титула «Ре- вельского и Японского» 30 марта (ст. ст.) 1880 года (в воскресенье 4-й недели Великого Поста) в Троицком соборе Александро-Нев- ской Лавры. Хиротонию совершил митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Исидор. Епископ Николай провел в России еще некоторое время, занимаясь сбором пожертвований на миссию, и в конце 1880 года благополучно вернулся в Японию. «Я счастлив, что имею радость служить водворению Царства Бо- жия на земле. Нет важнее сего служения на земле. Для него Бог облекся в человеческую плоть и Сам непосредственно нес его, для продолжения его Он избрал святых апостолов, и они, по Его наставлению, поставляли себе преемников и заповедали делать то же в роды родов и до скончания мира. Поприще сего служения — весь мир, всем народам должно быть проповедано Евангелие Царства Божьего. Не могли мы до сих пор объять проповедью в буквальном смысле весь мир. Времени нашего исторического существования еще недостаточно было для того, чтобы, насколько Бог давал нам силы и открывал возможность, дело Божие мы творили. Мы не можем просить у Бога и Его святых угодников, чтобы они устранили с нашего миссионерского пути все трудность и все, что может причинить нам душевные страдания, мы можем только молить, чтобы Он облегчил нам несение креста, помогая переносить трудности и сопряженные с ними душевные страдания, какие предлежат нам на миссионерском пути. Наше служение есть рождение духовных чад Богу; какое же рождение не сопряжено с муками? И на них мы заранее должны быть готовы ».

Из Петербурга епископ Николай привез нового регента — Дмитрия Константиновича Львовского, ставшего впоследствии протодиаконом. Вместе с первым регентом Яковом Дмитриевичем Тихаем (братом архимандрита Анатолия) он переложил и аранжировал церковные песнопения для исполнения на японском языке. В миссии появились духовно-музыкальная школа и миссийский хор в составе 150 певчих. За смысловой правильностью этих переложений следил сам епископ Николай.Начиная с 1880 года миссия издает полумесячный журнал «Сэйкёо Симпо» («Православный Вестник»), в котором публико-вались статьи по вопросам христианского мировоззрения и обзоры жизни Японской церкви и всего христианского мира. В 1893 году появился научно-философский журнал «Синкай» («Духовное Море») апологетического содержания. Женское училище приступило к изданию ежемесячного журнала «Уранисики» («Изнанка парчи»), публиковавшего художественные произведения, статьи общего содержания на духовно-нравственные темы и т. д. Помимо журналов издательский отдел миссии занимался изданием переводных книг и брошюр, В. Т8.КЖ6 богослужебной литературы. При этом епископ Николай считал своим долгом просматривать все рукописи, предназначенные для печати. Составленным им еще в первые годы жизни в Японии русско-японским словарем пользовались не только в школах миссии. К его помощи прибегал, например, и такой видный переводчик русской литературы, как Фтабатэй Симэй (1864-1909).Владыка всегда вставал в 5 часов. В шесть к нему являлся с докладом секретарь. В 7 часов начиналась общая утренняя мо-литва для учеников катехизаторской и певческой школ. Затем до 12 часов епископ Николай читал лекции по богословским предметам в семинарии и катехизаторской школе. С первого до половины пятого часа пополудни он занимался административными делами, как церковными, так и миссионерскими. Епископ диктовал секретарю ответы на поступившую корреспонденцию, давал различные указания (каждый катехизатор и каждый священник обязаны были давать ежемесячный отчет о состоянии дел). Сам он писал ответы очень редко, так как эта чисто механическая работа заняла бы слишком много времени. При этом он прочитывал каждое письмо, обсуждал его с секретарем, диктовал ответ, прочитывал написанное и подписывался под письмом. Помимо прочего, он принимал с докладами глав отделов миссии, редактировал материалы для печати, просматривал японские газеты и журналы. В шесть вечера начинался его «второй рабочий день», всецело посвященный переводу Священного Писания и богослужебных книг.Очень большое значение епископ Николай уделял посещению церквей. По городу он обычно ходил пешком. Во время же объездов епархии ездил в тележках или верхом. О торжественных и богатых выездах никогда не было и речи. На поездки по Японии у него ежегодно уходило до двух месяцев, при этом в каждой, пусть даже самой маленькой, общине он старался провести не менее двух-трех дней. Его посещения были праздником. Он знакомился с жизнью общины, посещал дома христиан, говорил поучения и утешал своих чад. Он никогда не оскорблял религиозных чувств японцев, никогда не порицал последователей буддизма, и потому даже среди бонз у него было немало друзей. Он писал: «Сердце тут нужно, способность проникнуться нуждами ближнего, почувствовать скорби и радость ближних, точно свои». Служил он очень просто, не торопясь. Д. М. Позднеев пишет, что с особой нежностью святитель Николай относился к старейшей Хакодатской церкви и очень скорбел, узнав о том, что и она сгорела во время большого хакодатского пожара. Он смотрел на Хоккайдо с большой надеждой и всегда говорил, что тамошние жители наиболее склонны к принятию христианства.«Жизнь человеческая — по преимуществу жизнь духа, и только в области духовной могут быть связаны и отдельные люди, и целые народы истинно прочной связью. Счастлива будет Япония, если она, помимо католичества и протестанства, прямо примет истинное христианство».Особой его любовью пользовалась и маленькая община православных курильцев (айнов, переселенных с Сюмусю) на острове Шикотан. Выезд с острова для этих бывших российских подданных был запрещен. Правительством были приняты меры к распространению среди айнов японского языка и к насаждению у них буддизма. С этой целью на Шикотан прибыл буддийский бонза, в течение нескольких лет проповедовавший буддизм. Отец Николай вначале послал на остров отца Тита Комацу с переводчиком Алексеем Савабе, затем — катехизатора Саито Раку, оставшегося у айнов.Отец Тит Комацу пишет: «Когда я прибыл в Токио с Шикотана, то немедленно же доложил о положении дел епископу. Епис-коп молча плакал и после некоторого времени сказал мне: "Ты их ближайший пастырь и священник и должен осуществлять на деле слова нашего Господа Иисуса, а потому подумай об этом обстоятельно"». Японская Православная Церковь начала сбор пожертвований в пользу шикотанских айнов. С этой поры между маленькой шикотанской общиной и Японской церковью установилось духовное единение, тщательно поддерживавшееся отцом Николаем.