Размышляя о Боге и человеке, говоря, что надежда людей в Ноге, отец Иоанн много внимания в дневнике уделяет молитве как способу общения человека с Богом. Отец Иоанн напоминает: «“Молитеся, да не внидите в напасть”, — говорит пред самыми страданиями два раза Господь ученикам Своим». Отец Иоанн очень высоко ценит молитву, ищет и находит точное выражение своей мысли: «Можно ли непрестанно молиться? — Можно, как можно непрестанно дышать. Молитва — дыхание жизни… Молитва есть возношение ума и сердца к Богу, созерцание Бога, дерзновенная беседа твари с Творцом… Молитва — исправление жизни, мать сердечного сокрушения и слез… Молитва — безопасность жизни, уничтожение страха смертного… ожидание всемирного Судии, общего воскресения… непрестанное искание милости (помилования) у Владыки… живая вода души… низведение неба в душу… Молитва — доказательство моей разумной личности, моей богообразности. Залог моего будущего обожения и блаженства. Молитва внушает мне, что я — образ Божий… Молитва есть знак моего великого достоинства, которым почтил меня Создатель».

«Какова должна быть наша молитва? В храме? Дома? На всяком месте? Какова бывает?» — вопрошает отец Иоанн и дает глубокие ответы на эти вопросы, советы, поучения, как нужно молиться:

«Научиться истинно молиться — значит научиться быть истинно счастливым и блаженным… При беседе с Богом нужно твердо помнить, с Кем беседуешь, и выражать крайнее благоговение и положением тела, и голосом, и взором, а прежде всего — сердцем и мыслию. Нужно каждое слово молитвы довести до сердца… На молитве особенно нужно заботиться о мире души, ибо где мир, там Дух Святой… Необходимо возбуждать сердце свое к молитве: иначе совсем заснет. Любовь к Богу, искренность, простота — вот свойства молитвы… Молиться надо духом, потому что Бог есть Дух, а не плоть; истинно, а не лестно, потому что Бог есть Истина».

Молиться надо духом и истиною — много раз повторяет это отец Иоанн.

«Молитва да будет добровольным, свободным приношением Господу, а не неохотным и принужденным… Молясь, нужно так веровать в силу слов молитвы, чтобы не отделять самих слов от самого дела, выраженного ими… как у Господа слово и дело нераздельны…» «А поскольку мы маловерны, — пишет отец Иоанн, — оттого и бессильны и бесплодны наши молитвы».

Отец Иоанн сам составил несколько молитв Господу и записывает в дневнике: «Чтобы избавиться мне от этого страшного искушения, я сам составил молитву Господу моему, чтобы Он даровал мне благодать… молился ею каждый день и не перестаю молиться: и Он внял моей молитве».

Отец Иоанн делится своим опытом молитвы: «Молясь, я верую твердо, что 1) Бог есть един Сый и потому везде Сый… и следовательно, одесную меня, 2) что я образ Его… 3) что Он — бездна благости… и 4) что Он Сам уполномочил меня молиться Ему».

«Говорят: мы скоро устаем молиться. Отчего? Оттого, что не представляете пред собою живо Господа… а смотрите на Него непрестанно сердечными очами, и тогда и ночь целую простоите на молитве — и не устанете. Что я говорю: ночь? — Три дня и три ночи простоите — и не устанете».Отец Иоанн неоднократно благодарит Божию Матерь за помощь по молитве к Ней: «Дивна Ты, Преблагосердая Владычице, в милостях Своих. Се, я ношу образок иконы Твоей Тихвинской на груди своей… и премудрость Божия льется, как река, с языка моего… Владычице и Госпоже моей Пресвятой Богородице восписую благодарственная я, многогрешный: сегодня два раза по молитве моей избавила Она сердце мог… Возвел я два раза к Ней очи сердца… и избавила Она меня от сомнения моего…»Отец Иоанн записывает свои размышления о Святых Дарах и причащении: «Приступающие к таинствам покаяния и причащения должны помнить, что тут — тайна Божия, и не должны любопытствовать и совопросничать внутренно, тем менее — сомневаться…» Необходима сердечная вера, что «« самомалейшей частице Святых Христовых Тайн — весь Христос».«Бога и душу свою, как образ Божий, равно и душу брата, как образ Всетворца Бога, ставь безмерно выше всего. Поступая так, угодишь Сотворившему тебя и будешь на земле влажен», — записывает отец Иоанн свои мысли о человеческой душе. Много размышляет он и о любви к ближнему, об отношении к скорбям, о вере христианской и значении Церкви: «Слово Господа так твердо и неизменно, что им держится весь мир — видимый и невидимый — мир Ангельский и человеческий. Потому и слово Евангелия так твердо… Все, что сказал Господь в Евангелии, так истинно и так твердо, что небо и земля скорее могут прейти и исчезнуть, чем слова Господни, сказанные в Евангелии… Богослужение Православной Церкви, таинства и все молитвы — путь жизни духовной, которым прошли и спаслись святые Божии и которые [то есть Богослужение, таинства…] и теперь оказываются путем жизни для всех верных… Слава вере христианской — православной! Истинный плод ее всегда был и есть единение верующих между собой через любовь и общение благ духовных и вещественных… Истинное христианство и на земле водворяет благополучие, потому что оно смотрит на христиан как на одно великое тело…»Отец Иоанн пишет о необходимости блюсти чистоту веры, его волнует раскол в христианской Церкви: «Церковь —и это как бы зеленеющее дерево с листьями и плодами: а раскол — это сухая ветвь, отломившаяся от дерева…»В дневниковой тетради много заготовок для проповеди, советов, обращенных к священнику, много ссылок на собственный опыт: «Когда готовишь проповедь, имей высокое уважение к ней, как к Господню живому семени… чем проще и сердечнее, тем она лучше… помни, что с тобою Господь и Он устами твоими говорит».Мы встречаем на страницах дневника отца Иоанна оценку состояния современной ему науки наряду с размышлениями о мироздании: