Обстановка в Москве в это время была такая, что отец Павел говорил: «Был в ссылке, вернулся на каторгу».

В феврале 1933 года П. А. Флоренский был вновь арестован. Предъявленное обвинение ставило ему в вину участие в контрреволюционной организации, состоявшей из монархиствующих и кадетских элементов и пытавшихся создать республиканское правительство, опирающееся на Православную Церковь. Следствие сопровождалось применением мер физического воздействия на арестованных для получения вымышленных показаний.

26 июля 1933 года П. А. Флоренский был осужден особой тройкой на 10 лет исправительно–трудовых лагерей и 13 августа отправлен по этапу в восточносибирский лагерь «Свободный». 1 декабря 1933 года он прибыл в лагерь и был определен работать в научноисследовательском отделе управления БАМЛАГа. Вскоре, 10 февраля 1934 года, он был направлен в Сковородино на опытную мерзлотную станцию. Это случилось благодаря одному (неизвестному нам) человеку, который вспоминает: «Меня судьба столкнула с Флоренским при весьма скорбных обстоятельствах. Было известно, что С. Булгаков эмигрировал, а Флоренский преподает гдето математику и ходит на лекции в рясе–так в 20–е годы говорили в Москве. И вот в 1934 году, когда я работал в плановом отделе на строительстве дороги в «Свободном», пригнали этап. Просматривая список, наткнулся на фамилию «Флоренский». Сначала — никаких ассоциаций: все, что с ним было связано, все кануло в вечность, все это было в другом мире. Смотрю–математик. Только, когда он вошел, догадался, что это тот самый Флоренский. Спросил его об этом, он коротко подтвердил. Я пытался расспрашивать (что‑то насчет Москвы и его участи), но он отмалчивался, был угрюм и явно не хотел разговаривать с посторонним человеком. Мне это было понятно. Я устроил его на метеостанцию в пос. Сковородино, надеясь как‑то оградить от общелагерной жизни». Здесь, на станции, П. А. Флоренский проводил исследования, которые впоследствии легли в основу книги его сотрудников Н. И. Быкова и П. Н. Каптерева «Вечная мерзлота и строительство на ней» (1940).

В конце июля и начале августа 1934 года благодаря помощи Е. П. Пешковой в лагерь смогли приехать жена Анна Михайловна и младшие дети: Ольга, Михаил, Мария (в это время старшие сыновья Василий и Кирилл были в геологических экспедициях). Семья приехала не только для свидания. Поступило предложение Чехословацкого правительства договориться с правительством СССР об освобождении П. А. Флоренского и выезде его в Чехословакию. Однако для начала официальных переговоров необходим был положительный ответ самого отца Павла. Он ответил решительным отказом, просил прекратить все хлопоты и, сославшись на апостола Павла, сказал, что надо быть довольным тем, что есть.

Во время пребывания семьи в Сковородино, П. А. Флоренский был помещен в изолятор лагеря «Свободный», а 1 сентября отправлен со спецконвоем в Соловецкий лагерь. Сам он так описал этот перевод в письме из Кеми 13 октября 1934 года: «Дорогая Аннуля, весьма беспокоюсь о вас, т. к. 2 месяца не знаю ничего, а к тому же вы были в дороге. Писать мне было нельзя, да и нечего, т. к. я не знал ничего определенного. 16 авг. выехал из Рухлово, — с 17 по 1 сент. сидел в изоляторе в Свободном, с 1 по 12 ехал со спецконвоем на Медвежью гору, с 12 сент. по 12 окт. сидел в изоляторе на Медв. горе, а 13 приехал в Кемь, где нахожусь сейчас. По приезде был ограблен в лагере при вооруж. нападении и сидел под тремя топорами, но как видишь спасся, хотя лишился вещей и денег; впрочем, часть вещей найдена, все это время голодал и холодал. Вообще было гораздо тяжелее и хуже, чем мог себе представить, уезжая со станции Сковородинской. Должен был ехать в Соловки, что было бы неплохо, но задержан в Кеми и занимаюсь надписыванием и заполнением учетных карточек. Все складывается безнадежно тяжело, но не стоит писать.[43] Никаких общих причин к моему переводу не было, и сейчас довольно многих переводят на север».[44]

Несчастья, обрушившиеся на П. А. Флоренского, не обошли стороной и его уникальную библиотеку, в которую к тому времени влились собрания книг В. В. Розанова, профессоров Академии И. Корсунского, И. Беляева, Ф. Андреева, а также много книг, подаренных самыми разными деятелями культуры. Узнав об этом в лагере, Флоренский весной 1934 года писал начальнику строительства БАМЛАГа: «Вся моя жизнь была посвящена научной и философской работе, причем я никогда не знал ни отдыха, ни развлечений, ни удовольствий. На это служение человечеству шли не только все время и все силы, но и большая часть моего небольшого заработка — покупка книг, фотографирование, переписка и т. д. В результате, достигнув возраста 52 лет, я собрал материалы, которые подлежат обработке и должны были дать ценные результаты, т. к. моя библиотека была не просто собранием книг, а подбором к определенным темам, уже обдуманным. Можно сказать, что сочинения были уже наполовину готовы, но хранились в виде книжных сводок, ключ к которым известен мне одному. Кроме того, мною были подобраны рисунки, фотографии и большое количество выписок из книг. Но труд всей жизни в настоящее время пропал, так как все мои книги, материалы, черновые и более или менее обработанные рукописи взяты по распоряжению ОГПУ. При этом взяты книги не только мои личные, йо и моих сыновей, занимающихся в научных институтах, и даже детские книги, не исключая учебных пособий. При осуждении моем, бывшем 26 июля 1933 года ППОГПУ Московской области, конфискации имущества не было, и поэтому изъятие моих книг и результатов моих научных и философских работ, последовавшее около месяца тому назад, было для меня тяжелым ударом […], уничтожение результатов работы моей жизни для меня гораздо хуже физической смерти»[45].

15 ноября 1934 года П. А. Флоренский был направлен в Соловецкий лагерь. Его определили работать на лагерном заводе йодной промышленности, где он занимался проблемой добычи йода и агар–агара из морских водорослей и сделал более десяти запатентованных научных открытий и изобретений. Сначала он жил в общих бараках «Кремля» (так называли монастырь), затем в 1935 году его перевели в Филиппову пустынь (1,5 км от монастыря). Здесь, на месте пустынных подвигов своего покровителя, святого Филиппа, отец Павел проходил последние испытания перед тем, как предстать Богу в мученическом венце.

«Позавчера мне минуло 54 года, — писал он 24 января 1935 года. — Просматривая свое сердце, могу сказать, что никакого нет у меня гнева и злобы, пусть каждый радуется, как может». «Свет устроен так, что давать миру можно не иначе, как расплачиваясь за это страданиями и гонением. Чем бескорыстнее дар, тем жестче гонения и тем суровее страдания. Таков закон жизни, основная аксиома ее. Внутренно сознаешь его непреложность и всеобщность, но при столкновении с действительностью в каждом частном случае бываешь поражен, как чем‑то неожиданным и новым» (из письма от 13 февраля 1937 года).Летом 1937 года началась реорганизация Соловецкого лагеря особого назначения (СЛОН) в Соловецкую тюрьму (СТОН). П. А. Флоренский был вновь переведен в общие бараки, находившиеся на территории монастыря. «В общем все ушло (все и все), — писал он в одном из последних писем от 3–4 июня 1937 года. — Последние дни назначен сторожить по ночам в б. йодпроме произведенную нами продукцию. Тут можно было бы заниматься (сейчас пишу письма, например), но отчаянный холод в мертвом заводе, пустые стены и бушующий ветер, врывающийся в разбитые стекла окон, не располагает к занятиям, и ты видишь по почерку, даже письмо писать окоченевшими руками не удается… Вот уже б час. утра. На ручей идет снег, и бешеный ветер закручивает снежные вихри. По пустым помещениям хлопают разбитые форточки, завывает от вторжения ветра. Доносятся тревожные крики чаек. И всем существом ощущаю ничтожество человека, его дел, его усилий».В конце июня 1937 года в Соловецком лагере производятся массовые расстрелы заключенных на Секирной горе. «В одну из тех ночей исчезли из лагеря (примерно 17–19 июня) П. А. Флоренский и Л. С. Курбас» (сообщение И. Л. Кагана)[46]. А. Г. Фаворский, который в октябре — ноябре 1937 года виделся с П. А. Флоренским в лагере, писал: «Ваш дедушка Флоренский на Соловках был самый уважаемый человек — гениальный, безропотный, мужественный философ, математик и богослов. Мое впечатление о Флоренском, да это и всех заключенных мнение, бывших с ним, — высокая духовность, доброжелательное отношение к людям, богатство души. Все то, что облагораживает человека».[47]25 ноября 1937 года П. А. Флоренский постановлением особой тройки УНКВД по Ленинградской области был приговорен к высшей мере наказания «за проведение контрреволюционной пропаганды». 8 декабря он был расстрелян[48].П. А. Флоренский был реабилитирован дважды — в 1958 и 1959 годах–ввиду отсутствия «доказательств виновности в антисоветской деятельности» и «за отсутствием состава преступления».В одном из последних писем Флоренского с Соловков к сыну Кириллу от 21 февраля 1937 года подводится итог его многогранной деятельности: «Что я делал всю жизнь? — Рассматривал мир как единое целое, как единую картину и реальность, но в каждый момент или, точнее, на каждом этапе своей жизни, под определенным углом зрения. Я просматривал мировые соотношения на разрезе мира по определенному направлению, в определенной плоскости и старался понять строение мира по этому, на данном этапе меня занимающему признаку. Плоскости разреза менялись, но одна не отменяла другой, а лишь обогащала. Отсюда — непрестанная диалектичность мышления (смена плоскостей рассмотрения), при постоянстве установки на мир, как целое».В столкновении двух типов культуры (возрожденческого и средневекового) были заложены трагические начала жизни и творчества П. А. Флоренского. Свое собственное мировоззрение он считал соответствующим стилю исторического русского средневековья ХІѴ–ХѴ веков. Сложившись как мыслитель и ученый при сопряжении культур светской и церковной, П. А. Флоренский предупреждал о гибельности бездуховного пути культуры. В то время, когда Флоренский писал об этом, казалось невероятным, что уже XX век приведет культуру, да и все человечество к возможности самоуничтожения.