С самого начала на первый план выступают три проблемы в мышлении Мережковского: проблема пола; в связи с проблемой пола — проблема святой плоти; проблема социальной справедливости и ее решение через христианизацию жизни общества. Мережковский включает эти проблемы даже в учение о Св. Троице. В книге «Тайна трех» он говорит, что тайна Единого Бога-Отца есть тайна божественного Я, тайна личности; тайна двух — отношение между я и не-я; не-я исключает меня, уничтожает меня и уничтожается мною, не касаясь одного пункта — пола: через пол совершается проникновение одного бытия в другое, «одного тела в меня и моего тела в другое». Отсюда рождение нового существа; в Троице — это рождение Сына. Таким образом, тайна второй ипостаси есть пол (50). Тайна трех есть тайна Св. Духа, единства трех ипостасей в духе; это — тайна общества, образ царства Божиего.

Мережковский уделяет большое внимание идее пола, потому что через пол достигается высшее единство: «Я сознаю себя в моем собственном теле — это корень личности; я сознаю себя в другом теле — это корень пола; я сознаю себя во всех других телах — это корень общества» (58). «Половины должны быть единой плотью» — это справедливо по отношению и к браку и к божественному обществу: «Все они должны быть едины». Высшее единство, божественное общество связано с тремя ипостасями Троицы. На арамейском языке слово «дух» («Rucha») — женского рода. Одна из. аграфа, т. е. из сказаний о Богоматери, сохранившихся в устной традиции, гласит: «Моя мать — Святой Дух». Именно так Мережковский истолковывает природу Св. Троицы: Отца, Сына, Матери-Духа. Третий завет будет царством духа-матери. Мы должны молиться «пламенной заступнице холодного мира» («Иисус Непознанный», 112 и сл.).

Разделение на два пола является, с точки зрения Мережковского, распадом личности, ее раздвоением. Полное разделение постольку невозможно, поскольку «в каждом мужчине есть тайная женщина, а в каждой женщине — тайный мужчина» (идея Вейнингера). Для Мережковского идеал личности, как и для Соловьева и Бердяева, — это некое двуполое существо, мужчина-женщина («Тайна трех», 187). Эта идея отталкивающа, если под двуполым существом подразумевать гермафродита, иначе говоря, существо, сочетающее в себе физические черты обоих полов. Мережковский говорит, что это не следует понимать столь грубо; земная сексуальная любовь есть единство, и все же «она бывает и не бывает» 189). «Божественный гермафродитизм является ни мужским, ни женским». Мережковский ставит вопрос: уничтожается или преображается грешный пол священным полом? (196). Этот вопрос имеет существенное значение: при первой альтернативе— идеал есть сверхсексуальность, т. е. уничтожение пола; при второй — идеал есть преобразование и, следовательно, в некотором смысле сохранение пола. Мережковский не дает окончательного ответа на этот вопрос.

Проблема плоти тесно связывается Мережковским с проблемой полов. Этим проблемам уделяется очень большое внимание в его замечательной книге «Толстой и Достоевский». У Толстого он открывает религиозное созерцание плоти, а у Достоевского — религиозное созерцание духа. Толстой является пророком плоти, Достоевский — духа. Мережковский высоко ценит язычество за то, что оно понимало значение тела и окружало его религиозным поклонением. Идеал Мережковского — не бестелесная святость, но святая плоть, Царство Божие, в котором осуществляется мистическое единство тела и духа. В христианстве и в особенности в евангелии Мережковский открывает три тайны, которые он связывает с проблемой святой плоти: воплощение Сына Бога, приятие Его Тела и Крови в церковном причастии и воскресение тела Христова. Он обвиняет христианскую церковь в переоценке аскетизма и бестелесной духовности, в недостаточном внимании к значению брачного союза и, с другой стороны, в подчинении «не святой плоти» — языческому государству.

Мережковский открывает две бесконечности в мире, верхнюю и нижнюю, дух и плоть, которые мистически тождественны. Поэтому он любит повторять в своей трилогии «Христос и Антихрист» следующие строки:Небо — вверху, небо — внизу, Звезды — вверху, звезды — внизу, Все, что вверху, — все и внизу.Эта идея, истолкованная в духе некоторых представителей гностицизма, ведет к дьявольскому искушению поверить в то, что существует два пути совершенства и святости — один путь обуздания страстей и другой путь, напротив, предоставления им полного простора. Мережковский понял, что он был на краю пропасти. «Я знаю, — говорил он, — что мой вопрос содержит опасность ереси, которая могла бы в отличие от аскетизма получить название ереси астаркизма, т. е. не о богохульском смешении и осквернении духа плотью, а о святом единстве. Если это так, то пусть те, кто твердо придерживается своих принципов, предупредят меня». Это, вероятно, и является причиной, почему в своих последних работах Мережковский перестал обращаться к идее о «небе» — вверху и небе — внизу».