С другой стороны, антиохийское учение о Христе, как о вочеловечившемся Слове, могло привести к противоположному недоразумению. а именно, к пониманию Воплощения как соединения Бога-Слова, сохранившего при этом свою божественную природу, с конкретным человеком, Иисусом. Такое богословие видит в Христе две личности ― божественную и человеческую ― и в конечном итоге ведет к несторианству.

Обе традиции, антиохийская и александрийская, имели в виду одну и ту же реальность. Евангелист Иоанн писал по-гречески, но образ мысли у него был семитский. Поэтому, употребляя греческое слово «плоть», имеющее столь материальный оттенок для греческого слушателя, он, конечно, имел в виду еврейское значение этого слова (басар), обнимающее всю живую реальность человеческого существования, как материальную, так и духовную. Именно в этом смысле пользовался словом «плоть» и св. Афанасий. Он видел в Христе одно Лицо ― Божественное Слово, воспринявшее не отдельную человеческую личность, а человеческую природу. Задолго до Эфесского собора, утвердившего догмат о Богородице, Афанасий называл деву Марию Божией Матерью. Все действия Спасителя он приписывал Богу-Слову, как единой личности. Но утверждая единство Христа как воплощенного Слова, Афанасий, как и все александрийцы, не всегда чувствовал, что его терминология открывает возможность умаления человеческой природы Спасителя ― опасность, которой не избежал Аполлинарий.

Учение о Троице

Основная заслуга св. Афанасия состоит в его борьбе с арианством. В то время как в восточной Церкви не осталось ни одного православного епископа, он ― один против всех ― мужественно отстаивал православную никейскую веру, провозгласившую единосущие Отца и Сына. Как уже обсуждалось выше, этот небиблейский термин имел дурную репутацию и был осужден на Антиохийском соборе в III веке как выражение модалистской ереси (если сущность одна, то нет и реального различия между Лицами св. Троицы: Отец, Сын и Дух Святой ― лишь различные выражения (модусы) одной и той же сущности).

Афанасий не вдавался в богословские тонкости. Сражаясь с арианством за единосущие, он отстаивал самый смысл, самое существо христианства. Воплощение, смерть и Воскресение Христа принесли миру спасение. Отрицая единосущие Христа Отцу, арианство угрожало разрушить самое сущность и основание христианской веры: человечество нуждается в спасении, но спасение возможно только от Бога, поэтому Христос ― и человек, и Бог, а иначе мы не спасены. Св. Афанасий твердо знал, что, только отстояв единосущие, можно сохранить чистоту православной веры. Его не смущало, что для этого приходится вводить в употребление непривычное слово, не нравившееся большинству богословов. Всякие философские рассуждения по поводу реального смысла этого слова он считал ненужными и даже опасными:

Не должно же доискиваться, почему Слово Божие не таково, как наше, потому что, как сказано уже, и Бог не таков, как мы. Неприлично также доискиваться: как Слово от Бога, или как Оно ― Божие сияние, или как рождает Бог и какой образ Божия рождения. Кто отваживается на подобные исследования, тот безумствует, потому что желает истолковать словами, что неизреченно свойственно Божию естеству и ведомо одному Богу и Сыну Его. Это то же самое, что и доискиваться: где Бог, почему Он ― Бог и каков Отец. Но как предлагать подобные вопросы ― нечестиво и свойственно неведущим Бога, так и непозволительно отваживаться на подобные исследования о рождении Божия Сына, и Бога и Премудрость Его измерять своим естеством и своею немощью. Поэтому же и не следует представлять о сем вопреки истине; и если кто при этих исследованиях приходит в недоумение, то не должен не верить и написанному. Лучше недоумевающим молчать и веровать, нежели не верить по причине недоумения.

(«Против ариан», 2, 36) О Духе Святом Афанасий говорит в своих письмах к Серапиону. Его рассуждения следуют той же логике, что и его учение о Христе. Есть один Бог ― единосущная Троица: Отец, Сын и Дух. Как и Сын, Дух Святой ― тоже Бог, а иначе мы не спасены:...О Духе же Святом Бог говорит, что Он не просто Дух, а Дух Его, и что Им обновляется наш дух, как и псалмопевец в сто третьем псалме говорит: «отнимешь дух их ― умирают и в персть свою возвращаются. Пошлешь Дух Твой ― созидаются, и Ты обновляешь лицо земли» (Пс. 103:29,30). Если же обновляемся мы Духом Божиим, то не Святой Дух, а наш дух именуется здесь созидаемым. И если на том основании, что все приводится в бытие Словом, прекрасно рассуждаете, что Сын ― не тварь, то не хула ли именовать тварию Духа, которым Отец чрез Слово приводит все к совершенству и обновляет.(«К Серапиону». послание 1:16,17) Через Духа Святого происходит общение человека с Богом и обожение. В то же время Дух принадлежит Сыну, являясь Его «собственным» (идиос) Духом: