Через неделю после прибытия патриарха в столицу ему была дана краткая аудиенция у государя, причем Федор Иоаннович на этот раз переступил навстречу приезжему всего на полсажени. Сразу за обменом дарами посольский дьяк А. Я. Щелкалов объявил, что по просьбе патриарха государь дозволяет ему переговорить с Борисом Федоровичем Годуновым.

Московский правитель бесцеремонно выдворил из Малой ответной палаты всех спутников Иеремии и прямо спросил патриарха: зачем он приехал в Москву, кто, собственно, ведает Константинопольской патриархией, где старый патриарх Феолипт и что сам Иеремия хочет сообщить государю. При разговоре присутствовали Щелкалов, дьяк Дружина Петелин и подьячий, который вел запись.

Очень скоро выяснилось, что Иеремии и в голову не приходило заботиться об учреждении патриаршего престола в Москве. Он много рассказывал о себе, как управлял Константинопольской патриархией и был оклеветан перед султаном, как Феолипт подкупил турецких пашей, обещая давать султану на две тысячи золотых в год больше. В результате султан велел быть патриархом Феолипту, а Иеремию сослал на Родос.

Однако честолюбивый Феолипт переоценил возможности пополнения патриаршей казны. На пятый год патриаршества Феолипт был отставлен султаном, турки разграбили патриарший двор, а из церкви сделали мечеть. Иеремия был возвращен из ссылки и получил распоряжение султана строить патриарший двор и церковь в другом месте Константинополя. Денег не было — и патриарх с разрешения султана отправился за подаянием.

В этой ли беседе, или сопоставив донесения приставленных к грекам осведомителей, но Борис Годунов со Щелкаловым уловили упорное нежелание Иеремии способствовать учреждению патриаршего престола в Москве — нежелание, свойственное вообще восточному духовенству, утратившему былое богатство и влияние и потому особенно рьяно отстаивавшему свое номинальное первенство в церковной иерархии.

Годунов не стал действовать в лоб. Укрепивший свое положение правитель располагал временем и средствами, чтобы вести правильную осаду Иеремии, запертого на подворье и окруженного доверенными людьми Бориса Федоровича. Иеремия, поддержанный своими спутниками и особенно Иерофеем Монемвасийским, продержался полгода. Возможно, он сопротивлялся бы и дольше, если бы не был побежден хитростью: на коварные уловки Годунов и Щелкалов были великие мастера!

Недели шли за неделями, московское правительство не обращало на Константинопольского патриарха никакого внимания, приставленные к Иеремии люди вели с ним ничего не значащие беседы. Между прочим, кто–то из них неофициально выразил пожелание, чтобы гость поставил на Москве патриарха. Иеремия отказал наотрез: самое большее в России можно поставить «архиепископа, какой в Ахриде». Да и от этого его отговорили спутники, указав, что автокефальная (самоуправляемая) Ахридская архиепископия была учреждена пятым Вселенским собором — и не одному патриарху, да еще приехавшему за милостыней, учреждать подобную в России.

Милостыню следовало еще получить — без нее невозможно было возвращаться в Константинополь, к разоренному храму и жадным турецким начальникам. Задерживаясь в России, Иеремия легко мог потерять патриарший престол, на который хватало претендентов. Он не жаловался на жизнь в Москве, роскошную для бедных греков, но все с большим сомнением смотрел в будущее. Его спутник архиепископ Арсений Елассонский решил остаться в России. Как–то и Иеремия прилюдно сказал Иерофею Монемвасийскому, что остался бы здесь патриархом, если бы русские захотели.Иерофей отговаривал приятеля, но люди Годунова уже доложили о словах патриарха. И вот, пишет Иерофей, «русские придумали хитрую уловку и говорят: владыко, если бы ты захотел и остался здесь, мы имели бы тебя патриархом. И эти слова не царь сказал им и не кто–либо из бояр, а только те, которые стерегли их. И Иеремия неосмотрительно и неблагоразумно, ни с кем не посоветовавшись, отвечал: остаюсь! Такой имел нрав, что никогда не слушал ни от кого совета, даже от преданных ему людей, вследствие чего и сам терпел много, и Церковь в его дни», — грустно заключает Иерофей.Митрополит Монемвасийский напрасно обвиняет в данном случае патриарха Константинопольского: Иеремия попался на крючок вовсе не по излишней доверчивости. Для всех было очевидно, сколь выгодно Российскому государству переманить к себе первого по значению Вселенского патриарха, перенести в Москву его престол. Даже в том случае, если бы в Константинополе на место Иеремии поставили другого патриарха, русская патриархия, опираясь на идею «пронесения» к ней всех святынь с Востока, могла бы претендовать на главное место во Вселенской православной церкви, соответствующее силе и славе Москвы.Для внешней политики государства переход в Москву Константинопольского патриарха имел бы колоссальное значение. Не только Греция и Балканы, но православная Белоруссия и Украина подчинялись тогда Константинопольскому святителю: понадобилось еще сто лет, чтобы митрополит Киевский принял благословение от патриарха Московского. Но разоренная Грозным страна уже не имела сил для наступления на мусульман и освобождения своих братьев–православных; ее правители помышляли о собственной корысти, а не о защите православия от католической реакции, о надвигавшейся с Запада угрозе унии.Но и изолированные в Москве греки не могли понять мотивов Годунова и предугадать его поведение. Между тем события развивались стремительно. После полугодового перерыва в статейном списке Посольского приказа появилась запись, что царь Федор Иоаннович, посоветовавшись с супругой и поговоря с боярами, объявил о необходимости учреждения в России патриаршества, но так, чтобы Константинопольский патриарх Иеремия не стал патриархом Московским!«И мы о том прося у Бога милости помыслили, — говорилось от царского имени, — чтобы в нашем государстве учинити патриарха, кого Господь Бог благоволит: буде похочет быти в нашем государстве Цареградский патриарх Иеремия — и ему быти патриархом в начальном месте Владимире, а на Москве митрополиту по–прежнему; а не похочет Цареградский патриарх быти во Владимире — ино бы на Москве учинити патриарха из московскаго собору, кого Господь Бог благоволит».Далее в статейном списке отмечено, что об учреждении патриаршего престола в Москве Борис Годунов говорил еще с патриархом Иоакимом, причем говорил «тайно». «Тайно» же Годунову было поручено переговорить сейчас с Иеремией — и потому в статейном списке речи Годунова к патриарху нет. Зато она передана в историко–публицистическом сказании, составленном явно не без участия Бориса Федоровича.