Особую грамоту патриархи и собор адресовали Годунову, осыпая его благодарностями. Тот же Дионисий Тырновский привез и личные послания Иеремии царю, царице, Иову и Годунову, каждое из которых содержало просьбы о денежных пособиях, обещанных ему за выполнение поручения. В Москве, однако, с беспокойством заметили, что поручение выполнено не до конца: Уложенная грамота не имела подписи второго по значению в Восточной церкви Александрийского патриарха.

Прежний Александрийский патриарх Сильвестр оставил престол, а его преемник Мелетий Пигас резко отчитал Иеремию за самоуправное и незаконное создание новой патриархии. Известный ученый богослов, строгий канонист и весьма влиятельный на Востоке архиерей потребовал отменить это решение.

«Я очень хорошо знаю, — писал Мелетий Иеремии, — что ты погрешил возведением Московской митрополии на степень патриаршества, потому что тебе небезызвестно (если только новый Рим не научился следовать древнему), что в этом деле не властен один патриарх, но властен только синод и притом вселенский синод (собрание высших иерархов. — А. Б.); так установлены все доныне существующие патриархии.

Поэтому ваше святейшество должно было получить единодушное согласие остальной братии, так как, согласно постановлению отцев третьего собора, всем надлежит знать и определять то, что следует делать, всякий раз, когда рассматривается общий вопрос. Известно, что патриарший престол не подчиняется никому иному, как только кафолической церкви (то есть Вселенской православной церкви в целом. — А. Б.)…

Я знаю, что ты будешь поступать согласно этим началам, и то, что ты сделал по принуждению, по размышлении уничтожишь словесно и письменно!»

Московское правительство предвидело это затруднение, а возможно, получило информацию о позиции Мелетия Пигаса, которую могли поддержать многие на Востоке. В феврале 1592 г. осыпанный милостями митрополит Дионисий Тырновский отбыл из Москвы, везя с собой богатые подарки всем четырем патриархам. В грамоте Мелетию от царского имени предлагалось особо известить государя «о утвержении» патриарха Иова.

Царь Федор Иоаннович и патриарх Иов официально уведомляли каждого из четырех восточных патриархов, что Московская патриархия претендует на третье место во Вселенской церкви. Льстя Иеремии, московские власти соглашались считать его главой православия, вместо «отпадшего» Римского папы. Александрийского патриарха Мелетия приходилось опасаться — и его признали вторым по значению. На большие уступки милостынеподатели соглашаться не желали.

«Мы, великий государь, — гласили московские грамоты, — с первопрестольником нашим Иовом патриархом, и с митрополитами, архиепископами, и епископами, и со всем освященным собором нашего великаго царства советовав, уложили и утвердили навеки: поминать в Москве и во всех странах нашего царства на божественной литургии благочестивых патриархов, во–первых, Константинопольскаго Вселенскаго, потом Александрийскаго, потом нашего Российскаго, потом Антиохийскаго, наконец, Иерусалимскаго .В феврале 1593 г. в Константинополе составился новый собор восточных иерархов во главе с Иеремией Константинопольским, Мелетием Александрийским (имевшим голос и недавно умершего Иоакима Антиохийского) и Софронием Иерусалимским.Московские подарки оказали самое благотворное влияние на Мелетия, игравшего ведущую роль на соборе. Ссылаясь на канонические правила, он успешно доказал правильность действий Константинопольского патриарха и законность учреждения Московской патриархии. Однако, ссылаясь на другие правила, наотрез отказал новой патриархии в притязаниях на третье место во Вселенской церкви. Это решение было единодушно принято и подписано участниками собора.Учреждение в России патриаршества было с полным соблюдением формальностей признано Восточной православной церковью, но Московскому патриарху было оставлено лишь последнее, пятое место в ряду других патриархов. Многольстивые послания Мелетия Пигаса царю, царице, патриарху Иову, Годунову и Щелкалову, сопровождавшие соборное деяние, не могли скрасить этого неприятного для русских решения. Однако ничего сделать было уже нельзя.Итак, Русская православная церковь и после учреждения патриаршества не заняла достойного ее места во Вселенской православной церкви. Чего же добился Борис Годунов в результате многолетних усилий? «Русская церковь, — как писал митрополит Макарий, — считавшаяся доселе только одною из митрополий Константинопольскаго патриархата, сделалась сама независимым патриархатом и самостоятельною отраслию церкви Вселенской».Но зависимость Русской митрополии от Константинополя давно была номинальной, а к концу XVI в. ее в Москве вообще не признавали. Тот же Макарий соглашается, что патриаршество не возвысило и не увеличило реальной власти московского первосвятителя: патриарх располагал такой же властью над подведомственной ему Церковью, как и прежний митрополит. Изменение в лестнице чинов, наименование архиепископий митрополиями и т. п. не меняло существа внутрицерковных отношении, хотя учреждение новых епархии, несомненно, укрепляло организацию Русской православной церкви.Какие же выгоды преследовал Годунов, добиваясь учреждения отдельного патриаршего престола для митрополита Иова? Есть основания полагать, что бывший опричник и нынешний безраздельный управитель Российского государства достаточно хорошо знал Иова в прошлом и мог смело надеяться на него при осуществлении своих дерзновенных замыслов в будущем.