Литературная деятельность св. Кирилла была весьма обширной и помимо произведений, вызванных христологическим спором с Несторием. От него остался целый ряд экзегетических трудов мистикоаллегорического характера, с обращением, впрочем, более или менее внимания и на исторический смысл (в комментариях на Новый Завет, написанных после 428 г.). Выступал он и в качестве ученого апологета христианства с опровержением сочинений Юлиана Отступника. Из прежних ересей он полемизировал с арианством в обширном труде «Книга сокровищ о святой и единосущной Троице». Не сохранившаяся книга против аполлинаристов (синусиастов) имела, вероятно, отношение уже к несторианскому спору.

Вызванные этим спором сочинения могут быть вообще распределены по трем фазисам истории самого спора.

1) Первые писания Кирилла до 431 г. имеют агрессивный характер против ереси Нестория. Сюда относятся: пасхальное послание 429 г. (Homilia 17), послания к монахам (429 г., ер. 1), затем послания к самому Несторию (именно 430 г., ер. 4 «Καταφλυαροϋσι μεν» и ер. 17 «Του Σωτηρος») и к папе Целестину (430 г., ер. 11) и книги «о правой вере», адресованные императору и императрицам (Liber de recta fide ad Theodosium imperatorem и Libri duo ad regnas). До Ефесского собора, вероятно, написано и подробное «Опровержение богохульств Нестория» в пяти книгах (Κατά των Νεστορίου δυσφημιών). Наиболее важным по своему значению из всех этих произведений является послание к Несторию «Του Σωτηρος» с приложением 12–ти анафематизмов, в которых резюмируется содержание послания.

2) Анафематизмы Кирилла вызвали резкие нападения на него самого со стороны богословов антиохийского направления; Несторий издал свои антианафематизмы, Андрей Самосатский и Феодорит Киррский также писали против Кирилла опровержения. Кириллу теперь самому пришлось оправдывать себя от обвинений противников, и он в трех сочинениях защищал и разъяснял свои анафематизмы: в «Разъяснении» (Έπίλυσις τών δώδεκα κεφαλαίων), составленном по желанию Ефесского собора, в «Апологетике» (Απολογητικός) против восточных (Андрея Самосатского) и в «Послании Евоптию против выражений Феодорита» (Επιστολή προς Εύόπτιον). Дело закончилось принятием Кириллом, в качестве «апологии» восточных, их вероизложения в письме Кирилла Иоанну Антиохийскому (433 г., ер. 39: «Εύφραινέσθωσαν οί ουρανοί» — «Да возрадуются небеса»). Это письмо представляет не менее важный документ, нежели указанное выше послание к Несторию.

3) Принятие Кириллом исповедания восточных вызвало недоразумения и недовольство в лицах, считавшихся его последователями, и Кириллу опять пришлось давать разъяснения и защищать себя, но уже с другой стороны. Этой защите посвящены его послания к Акакию Мелитинскому (Ер. 40), к Евлогию (Ер. 44), к Сукцессу (Ер. 45–46) и к Валериану Иконийскому (Ер. 50).

В сочинениях Кирилла указанных трех фазисов последовательно выступают те моменты, из которых слагается его христологическое учение. Воззрения его при этом не изменяются и по существу остаются теми же, какими были уже до обсуждения спора, выясняются лишь соответственно требованиям обстоятельств разные стороны основного взгляда, а) Против Нестория Кирилл отстаивает единство субъекта во Христе, б) Но он не отвергает признаваемой восточными двойственности природ в Нем. в) Ясному изложению учению о двух природах препятствует у него, однако, и вызывает недоразумение принятая и проводимая им терминология, а именно — употребление им выражения μία φύσις.

а) На первом плане у Кирилла стоит и служит исходным пунктом всех его рассуждений понятие о единстве богочеловеческой личности Христа, а) Такое единство обусловливается тем, что субъектом во Христе является только божественный Логос, воспринявший человечество, человечество же в Нем само по себе, не существуя отдельно от Логоса, не составляет и особого лица (Ер. 17, 116: ού γάρ έστι διπλούς ό εις και μόνος Χριστός, καν έκ δύο νοήται). β) Единение Логоса с человечеством должно мыслить как самое тесное: для выражения его употребляются термины ενωσις καθ' ύπόστασιν, κατά φύσιν, ενωσις φυσική, γ) Следствием этого тесного единения человеческой природы во Христе с божественной природой Логоса, как единственно имеющее значение субъекта, является то, что к Логосу, как единому Лицу и носителю человеческой природы, должно относить все предикаты не только божественной, но и человеческой Его природы: Сам Логос родился и пострадал, хотя, конечно, не Божеством, а человечеством (άπαθως έπαθε ν).

Эти основные положения своей христологии Кирилл выражает в первых четырех анафематизмах. «1) Кто не исповедует, что Еммануил есть истинный Бог (Θεόν κατά άλήθειαν) и что посему Святая Дева есть Богородица, ибо Она по плоти родила Слово, сущее от Бога (τον έκ Θεοΰ Λόγον), ставшее плотью, да будет анафема. 2) Кто не исповедует, что Слово, Которое от Бога Отца, ипостасно соединилось (καθ* ύπόστασιν ήνώσθαι) с плотью, и что Христос един с собственной плотью, именно что тот же самый есть Бог вместе и человек, да будет анафема. 3) Кто разделяет во едином Христе ипостаси по соединении, связуя их одной лишь близостью по достоинству, или власти, или могуществу (μόνη συναπτών αύτάς συνάφεια τη κατά την άξίαν), а не союзом по естественному единению (συνόδω τη καθ` ενωσιν φυσικήν), да будет анафема. 4) Кто распределяет по двум лицам или ипостасям (προσώποις δυσιν ήγουν ύποστάσεσι) изречения (φωνάς), находящиеся в евангельских и апостольских писаниях и употребляемые о Христе святыми или Им Самим о Себе, и одни из них прилагает как бы к человеку, мыслимому особо от Слова Божия, другие же, как приличные лишь Божеству, (прилагает) к одному только Слову от Бога Отца, да будет анафема». В первом анафематизме в понятии Богочеловек — Еммануил особое ударение делается на одной лишь половине его («есть Бог») (а), при этом тут же делается вывод о применении к давшему повод к спору наименованию Девы Богородицей. Во втором и третьем утверждается единение Божества и человечества ипостасное или природное (β). В четвертом говорится о предикатах единого Христа (γ).В дальнейших четырех анафематизмах устраняются представления о Христе, которыми предполагается двойство в Нем субъектов. Христос не есть богоносный человек (5) и Логос не есть Владыка по отношению к этому человеку как отдельному от Него (6). Христос не есть человек, на которого Логос лишь воздействует (7) и не является споклоняемым с Ним, как иной, но приемлет единое лишь поклонение (8). «5) Кто дерзает говорить, что Христос есть богоносный человек (θεοφόρον ανθρωπον), а, напротив, не истинный (κατά άλήθειαν) Бог, как единый и природный (φύσει) Сын (Бога), поскольку Слово стало плотью и, подобно нам, приобщилось крови и плоти, да будет анафема. 6) Кто дерзает говорить, что Слово от Бога Отца есть Бог или Владыка (δεσπότην) Христа, а не исповедует, напротив, Его же Самого (τον αυτόν) вместе Богом и человеком, так как, по Писаниям, Слово стало плотью, да будет анафема. 7) Кто утверждает, что Иисус, как человек, находился под воздействием Бога Слова и был окружен благоволением Единородного (εύδοξίαν περιήφθαι, Mansi: έξουσίαν, Verss: gloriam), как иной в сравнении с Ним, да будет анафема. 8) Кто дерзнет говорить, что должно поклоняться воспринятому человеку (τον αναληφθέντα ανθρωπον συμπροσκυνεΐσθαι) вместе с Богом Словом, и спрославить его и называть вместе с Ним Богом, как иного с иным (έτερον έτέρω, Marius: cum altero), так как выражение "вместе с (σύν)", постоянно прилагаемое, необходимо заставляет думать это, а не почитает, например, Еммануила единым поклонением и не воссылает Ему единого славословия, поскольку Слово стало плотью, да будет анафема».В последних четырех анафематизмах, наконец, делается из положения о Логосе как едином субъекте во Христе сначала вывод относительно отношений Христа к Духу Св. (триадология), затем — выводы сотериологического характера. Дух Св. не есть чуждая Христу сила, ибо Он есть собственный Дух Сына (как единородный с Ним) (9). Спасение совершил Сам Логос, и в жертву принес Себя Христос не за Себя, а только за нас (10). Плоть Христа является животворящей, как собственная плоть Логоса (имеется в виду Евхаристия) (11). Страдания и смерть по плоти принадлежат Логосу (12). «9) Кто утверждает, что единый Господь Иисус Христос был прославлен Духом, пользуясь как бы чуждой силой, приемлемой через Него, а уже потом от Него получается могущество для действия против нечистых духов и для совершения божественных знамений между людьми, а не признает, напротив, Духа собственным (ϊδιον) Его Духом, да будет анафема. 10) Божественное Писание говорит, что Христос был Первосвященником и Посланником исповедания нашего (αρχιερέα και άπόστολον), что Он принес Себя за нас в жертву благоухания Богу и Отцу. Если поэтому кто утверждает, что Первосвященником и Посланником потому было не Само Слово, Которое от Бога, а как бы иной, отличный от Него человек, происшедший от жены, или кто говорит, что Он принес Себя в приношение и за Самого Себя, а не за нас только одних, так как не знавший греха не нуждался и в приношении (за себя), да будет анафема. 11) Кто не исповедует плоть Христа животворящей и принадлежащей (ιδίαν) Самому Слову от Бога Отца, а (принадлежащей) как бы иному кому, отличному от Него, соединенному с Ним по достоинству, т. е. имевшему лишь (в себе) божественное обитание, кто не исповедует ее, напротив, как мы сказали, животворящей, так как она стала собственной Слову, могущему все животворить, да будет анафема. 12) Кто не исповедует Слово Божие пострадавшим плотью, и распятым плотью, и вкусившим смерть плотью, и ставшим, наконец, первородным из мертвых, так как Он есть Жизнь и животворит, как Бог, да будет анафема».Что сам божественный Логос сделался субъектом действий и состояний человеческой природы, это превышает человеческое разумение (Hom. 17, 781: πέρα λόγου τό θαύμα). Но в этом проявилась божественная любовь к падшему человеку, и отрицать это значило бы, по Кириллу, отрицать тайну вочеловечения. Апостол говорит о Единородном, что Он, «будучи богат, обнищал (έπτώχευσεν) ради нас» (2 Кор. 8, 9), что Он «уничижил Себя (έκένωσεν), принял образ раба (Флп. 2, 7), т. е., сделавшись человеком, и принял все человеческое. «Может быть, скажет кто–либо, что унизительно (μικρόν) для Бога Слова и совершенно странно (άπεοικός) плакать, бояться смерти, отказываться от чаши, быть первосвященником. Да, скажу и я также, для божественной и высочайшей природы и славы все подобное низко; но в этом мы и видим обнищание, которому Он добровольно подвергся ради нас. Если тебе кажется трудновыносимым бесславие уничижения, тем более подивись любви к нам Сына. Ибо то, что мы считаем низким, Он совершал это по собственному хотению ради тебя. Плакал, как свойственно человеку (άνθρωτανως), дабы устранить твои слезы; испытывал страх по домостроительству (οικονομικώς), допуская плоти претерпевать иногда свойственное ей, дабы нас сделать дерзновеннейшими (εύτολμοτάτους); отказывался от чаши, дабы крест был обличением нечестия иудеев. Подвергался, как говорится о Нем, человеческим немощам, дабы тебя избавить от немощи. Творил молитвы и прошения, дабы сделать доступным слух Отца и для твоих молений» (Apol. с. Theod. X, 441).б) Единство субъекта во Христе не устраняет de facto двойства природ в Нем. Божественная природа Логоса соединилась с полной человеческой природой, а не с одной лишь плотью, как учил Аполлинарий. Уже в посланиях, относящихся к самому началу спора, Кирилл говорит о различных природах, из которых состоит единый Христос, причем различие их не уничтожается и в соединении (Hom. 17, 777: θεότης… άναπλεχθεΐσα σαρκι ήγουν τη καθ' ήμας φύσει, τελείως έχούση, κατά τον ϊδιον λόγον; 785Β: ενωσιν [προς τον Λόγον] τή ανθρωπεία φυλάττομεν φύσει. Ερ. 4,45: διάφοροι μέν αι… φύσεις, εις δέ έξ αμφοτέρων Χριστός και Υιός, ούχ ώς της τών φύσεων διαφοράς άνηρημένης διά τήν ενωσιν). Когда после издания им анафематизмов восточные ставили ему в упрек слияние природ по поводу учения его об ένωσις φυσική, которое притом привносит в тайну домостроительства понятие необходимости и может вести к мнениям Аполлинария о повторении домостроительства и тысячелетнем царстве, и указывали на противоречие с самим собой, так как раньше он учил будто бы о двух ипостасях (на самом деле только о двух природах), Кирилл отверг это обвинение. «Иное есть по собственной природе (κατά φύσιν ιδίαν) плоть в сравнении с рожденным от Бога Отца Словом, и иной есть опять по своей природе Единородный. Но признавать это (είδέναι = знать) не значит еще разделять природы (τάς φύσεις) по соединении». Ένωσις φυσική, по объяснению Кирилла, означает у него «истинное единение» (τήν αληθή φαμέν), так как и в Писании выражение φύσει употребляется как равнозначащее выражению κατά άλήθειαν (Еф. 2, 3: και ήμεν τέκνα φύσει όργης). «Поэтому мы не сливаем природы (τάς φύσεις) и не смешиваем одну с другой, когда называем единение естественным, как утверждают противники, но всюду утверждаем, что из двух несходных реальностей (έκ δύο άνομοίων πραγμάτων) Божества и человечества составился единый Христос, и Сын, и Господь. С учением же Аполлинария нет у нас совсем ничего общего; известно, что от тех, которые однажды подверглись осуждению, как извращающие истину, нужно отвращаться» (Apol. с. orient. Ill, 329–332). В ответ на возражение по поводу четвертого анафематизма, что нужно разделять изречения (διαιρεΐν φωνάς) о Христе соответственно природам, он замечает, что и сам он вполне признает одни изречения свойственные Божеству (θεοπρεπεΐς), другие же более относящиеся к домостроительству по плоти, но и те и другие должно усвоять единому воплотившемуся Логосу (IV, 337).Очевидно, Кириллу вовсе не приходилось изменять по существу свое воззрение, когда он в послании к Иоанну Антиохийскому (Εύφραινέσθωσαν) в 433 г. заявил о принятии присланного ему последним исповедания восточных о двух природах во Христе. Хотя это исповедание обнаруживает в целом совершенстве иные тенденции в сравнении с учением самого Кирилла, Кирилл всюду имеет в виду единство воплотившегося Логоса. Исповедание начинается: (а) утверждением двух сторон в Богочеловеке, затем уже переходит (б) к утверждению единства Христа, но в конце опять говорит (в) об отличии речений, относящихся к единому Лицу, от тех, которые распространяются по природам. Исповедание это было подаваемо императору еще в 431 г. без прибавления о речениях; автор его неизвестен (вероятно, не Феодорит, указывающий первоисточники для него в несохранившемся тексте Амвросия Медиоланского; по В. В. Болотову, может быть, Павел Эмесский).