В это время в Харбине на посту Экзарха продолжал оставаться митрополит Нестор. Но 13 июня 1948 года он стал собираться на Собор в Москву. Утром 14 июня он был задержан китайскими коммунистическими властями по обвинению в антикоммунистической деятельности, что и было сообщено в Генконсульство СССР в Харбине. Владыка Нестор был депортирован в Советский Союз, где попал на 8 лет в ссылку в мордовский поселок Явас.[481]

С наступлением китайских коммунистов из объятого красным пламенем Китая белоэмигранты стали готовиться к эвакуации. В Шанхае еще осенью 1948 года проживало около 8 тысяч русских. Первая партия русских эмигрантов покинула город 14 января 1949 года на пароходе "Хван-Лен". Всего на этом пароходе уехало 600 русских беженцев. Перед отъездом всех их напутствовал владыка Иоанн Шанхайский. Часть русских эмигрантов оказалась на Тайване, но большинство отправилось на Филиппины, которые до конца 1949 года приняли 5 тысяч русских эмигрантов. Уже незадолго до захвата Шанхая коммунистами, 4 мая 1949 года, город покинул и владыка Иоанн.

К концу 1949 года коммунистические войска овладели всем континентальным Китаем, а 1 октября этого же года была провозглашена Китайская Народная Республика.

Исход русских из Китая предопределил дальнейшую судьбу Православия в этой стране. 24 января 1950 года Патриарх Алексий I декларировал о необходимости церковно-миссионерской деятельности, направленной на просвещение самих китайцев и на создание Китайской автономной Церкви.

30 июля 1950 года состоялась первая епископская хиротония для Китая. Первым епископом Китайской Церкви стал китаец по национальности владыка Симеона (Ду). После хиротонии он был направлен в Шанхай, в еще недавно кафедральный город епископа Иоанна (Максимовича). Здесь епископ Симеон не нашел общего языка с местным русским духовенством. В дальнейшем, не сложились у него отношения и с Экзархом - архиепископом Виктором.[482]

Несмотря на отъезд русских из Китая, все же в начале 50-х годов здесь еще проживало довольно много бывших подданных Российской империи и тех русских, которые родились уже в Китае. Так, согласно статистическим данным, в 1952 году Маньчжурское архиепископство насчитывало 60 приходов, 200 священников и до 100 тысяч прихожан[483]. Но русская диаспора в Китае постепенно таяла.

В одном Шанхае в начале 1953 года было около 2,5 тысяч европейцев, а к концу года их осталось всего не более 1-ой тысячи, в т.ч. 300 человек православных. К лету 1954 года русских в Шанхае насчитывалось уже только 200 человек. Возникла опасность закрытия всех приходских храмов города за неимением средств на их содержание. Но, невзирая на все эти трудности, в том числе и на трудности материального характера, Шанхайскому епархиальному управлению, удавалось еще издавать "Церковный листок", который, хотя и имел ограниченный объем всего в четыре страницы, все же информировал немногочисленную паству города о распорядке богослужений в храмах Шанхая, указывая дни престольных праздников, архиерейских служб и т.д. [484]

В это время в Китае происходят серьезные внутриполитические изменения, связанные с ростом национализма и шовинистических идей. Это привело к упразднению Восточно-Азиатского Экзархата и к созданию автономной Китайской Православной Церкви. Русскому духовенству было предложено покинуть Китай. Состоялось передача всего недвижимого имущества Православной Церкви Китайской Народной Республике. Сам акт передачи состоялся 30 марта 1956 года.27 февраля 1956 года из Китая уехал харбинский епископ Никандр, а 26 мая из страны уехал последний русский архиерей - архиепископ Виктор.В конце 1957 года в Харбине оставалось до 5 тысяч православных, из них 2 тысячи ждали разрешения на выезд в СССР и Австралию.Как и в СССР, в конце 50-х годов в Китае начались гонения на религию. В 1958 году в Харбине был закрыт и превращен в цирковое училище Благовещенский храм. Находившиеся в этом храме останки митрополита Мелетия были осквернены. Был закрыт и ряд других храмов города.На рубеже 50-х - 60-х годов происходит резкий переворот во взаимоотношениях Китая и СССР. Сотрудничество во всех сферах было прекращено. В Советский Союз были отозваны все советские специалисты. Правительство КНР предложило покинуть страну всем русским, не имеющим китайского гражданства. С приближением "культурной революции" русских в Китае почти не осталось. Церковная жизнь была сведена фактически на нет. В 1964 году был закрыт последний русский православный храм в Пекине.[485]Политика религиозной дискриминации проводилась и по отношению ко всем другим религиям страны. Сжигались деревянные статуи Будды, глиняные разбивались. Маленькие храмы в деревнях закрывались, большие превращались в склады сельхозинвентаря. Громились святые для конфуцианского Китая алтари предков, которые были в каждом китайском доме.[486]3 марта 1965 года в Шанхае преставился последний китайский епископ - Симеон. После его кончины был закрыт Шанхайский кафедральный собор и превращен в биржу. Наступил черед закрытия последних храмов Харбина. С отъездом 28 августа 1965 года игуменьи Ариадны в США, был закрыт последний православный монастырь Китая.[487]