Получая своего архиепископа из Кесарии Каппадокийской, на I Вселенском Соборе Армения имела своим представителем сына св. Григория просветителя архиепископа Аристакеса (Аростана). Ко времени II Вселенского Собора Армянская Церковь стала автокефальной, поэтому греки не пригласили армян на Собор, и постановления Собора дошли до Армении лишь впоследствии. Когда же Малая Азия стала канонически зависеть от Константинопольского патриарха, армяне по-прежнему посвящались у себя дома. По-видимому, и в 431 году в Эфесе от Армянской Церкви никого не было. А IV Вселенский Собор в Халкидоне по времени совпал с восстанием армян против Персии.

Языковые особенности не позволили богословам Армении различить тонкости греческих терминов «фисис», «усиа» и «ипостасис», переведенных одним армянским словом. Таким образом, две природы ороса Халкидонского Собора были поняты ими как два лица 185. Армянский собор 491 года, в котором приняли участие соседние католикосы Грузии и Агвании, стал историческим водоразделом между греческим православным и армяно-грегорианским вероисповеданиями, когда отверг  Халкидонский Собор и постановил: «Мы, армяне и греки, грузины и агване, исповедя единую истинную веру, завещанную нам святыми отцами на трех Вселенских Соборах, отвергаем такие богохульные речи (т. е. что во Христе два отдельных лица) и единодушно предаем анафеме все тому подобное». Собор 527 года усугубил разрыв. Он постановил признавать во Христе одну природу и подтвердил — праздновать Рождество Христово и Богоявление в один день, 6 января, ибо Рождество утверждает человеческую природу, а Богоявление — божественную. Было постановлено совершать таинство евхаристии на пресном хлебе и на одном вине, без примеси теплой воды. В миропомазании — употреблять так назы¬ваемое сесамское масло, добываемое из кунжута. Тут же предписано и монофизитское добавление к Трисвятому слов: «распныйся за ны». Католикос Григорий VII впоследствии писал: «Всему Востоку известно, что десять епископов на Двинском соборе переменили почти весь закон, который от блаженного Григория оставался у нас ненарушенным».

В отделившейся Армянской Церкви происходили брожения, которые иногда приводили к временному церковному воссоединению армян с греками, и на V Вселенском Соборе (553) уже наблюдалось братское единение Церквей. После очередного восстания против персов началось движение за соединение с персами. Подчиненные грекам армяне избрали себе для греческой половины Армении православного католи¬коса Иоанна III. Но католикосы персидской Армении продолжали проклинать Халкидонский Собор и подтверждать постановления соборов 491 и 527 годов.

Когда грузинский католикос Кирион перешел на сторону греческого Православия и этим ликвидировал почти 70-летнее вовлечение своей Церкви в монофизитство под влиянием соседейармян, собор 596 года постановил разделиться с грузинами: «Мы приказали об иверийцах — не иметь с ними никакого общения ни в молитве, ни в еде, ни в дружбе, ни в кормлении детей. Не ходить к кресту, прославленному в Мцхете, не принимать их в наши церкви, удаляться от браков с ними...»

В начале VII века, когда вся Армения была захвачена персидским шахом Хосровом II, католикос Иоанна III был уведен им в плен, а его паства вынуждена шахским приказом отречься от Халкидонского Собора.185.  Согласно учению Святых Отцов, в основе всех ересей лежат никак не разногласия в словах и терминах,— иначе в существовании ересей можно было бы обвинить Господа, попустившего разнообразным языкам, на которых исповедуется Христианство, быть несовершенными. В основе ересей лежат исключительно человеческие страсти: гордость и властолюбие, по причине которых не приемлется Истина «Вера может быть живою только при делах веры; без них она мертва (Иак. 2, 26). Впрочем, и самое правильное понятие о догматах христианских теряется от жизни нехристианской. Еще в то время, когда идолопоклонство было очень сильно, еретики проводили жизнь языческую. ...В новейшие времена языческая жизнь явилась первоначально в недре папизма; языческое чувство и вкус папистов выказываются с особенною яркостию в применении искусств к предметам религии». «Протестанты восстали против заблуждений папистов,— правильнее — восстали против уродливой власти и божественности пап; но так как они действовали по побуждению страстей, утопая в разврате, а не с прямою целию стремления к Святой Истине, и не так, как искал ее Корнилий Сотник, то и не оказались достойными узреть ее. Всякий делающий злое, ненавидит Свет и не приходит к Свету (Ин. 3, 20)». «Состояние отчуждения от Бога, состояние самообольщения, омрачения ума, движение сильнейших страстей было всегда состоянием еретиков, особливо ересиархов. Обыкновенно они были преданы различным страстям» (Свт.Игнатий Ставропольский. Понятие о ереси и расколе.// Свт. Филарет Московский. Разговоры ...о Православии. М. 2003. С.114; ИЗ; 116).Где добродетелицтам Истина, пороки же служат причиной не¬правды. Праведно живущий человек, творящий волю Господню, открытую в заповедях Божиих, Святым Духом познает Истину и обличит ложь, и приведется Им к православному вероисповеданию. Еретик, по словам Святых Отцовцделатель неправды, а его зловерие ц следствие отвержения Истины в жизни, выражаемого в попрании заповедей Божиих. Если какое- либо христианское общество впадет в зловерие, начиная исповедовать ересь, это говорит только о том, что в нем больше не восстают праведники. Прочие же его члены развратились и грешат (Тит 3; И). Архипастыри и пастыри его, долженствующие наблюдать за чистотой исповедания его и право пасти вверенное им стадо, потеряли чистоту веры, предавшись грехам и соблазнам. В теснейшем единении между собой в духовной жизни находятся исполнение Евангельских заповедей и познание Истины. За добродетели и чистоту сердца Господь дарует Православную веру.Показательно, что впав в ересь, Армянская церковь, как и другие еретические сонмища, в течение многих веков не пожелала принести покаяние и возвратиться к Православной вере. Свидетельствует это только о том, что никто из членов этой церкви не произволил к познанию Истины, как и к строгости евангельской жизни, кроме тех отдельных лиц, которые присоединились к Православию в частном порядке. Никакая церковь не впадает в ересь внезапно. Проходят десятилетия, даже века, в которые постепенно оставляется чистота Евангельской нравственности, а грех легко оправдывается и становится нормой. Покаяние в нем не приносится. В конце концов получается то, о чем в Писании говорится: Возненавидех церковь лукавнующих (Пс. 25; 5), церковь фарисеев. Едва ли возможно покаяние всей церкви еретиков, хотя бывали случаи покаяния не только отдельных лиц, но и целых приходов и даже епархий.