К отцу Серафиму лично обращались монашествующие из мужских и женских обителей; в числе их являлись к нему настоятели монастырей. Он излагал перед ними свои мысли об обязанностях настоятеля.

«Настоятель, — говорил он, —должен быть совершен во всякой добродетели и душевные свои чувства иметь обучен долгим учением в рассуждении добра и зла (Евр. 5, 16).

Настоятель должен быть искусен в Священном Писании: он день и нощь должен поучаться в законе Господнем, чрез таковые упражнения может он снискать себе дар рассуждения добра и зла.

Истинное познание добра и зла можно иметь только тогда, когда подвижник благочестия придет в сочувствие будущего осуждения и предвкушение вечного блаженства, что совершается в душе благочестивой еще в здешней, земной жизни таинственным и духовным образом.

Прежде рассуждения добра и зла человек не способен пасти словесных овец, но разве бессловесных; потому что без познания добра и зла мы действий лукавого постигать не можем.

А потому настоятель, яко пастырь словесных овец, и должен иметь дар рассуждения, дабы во всяком случае мог подавать полезные советы каждому требующему его наставления; ибо, как говорит Петр Дамаскин (в Добротолюбии, о назидании души добродетелями. Часть 3, лист 52), несть всякий человек верен дати совет ищущим; но кто от Бога приял дар рассуждения и от многого пребывания в подвижничестве стяжа ум прозрителен.

Настоятелю должно иметь также дар проницательности, дабы из соображения вещей настоящих и прошедших мог он предусматривать и будущие и проразумевать козни вражий.

Отличительным характером настоятеля должна быть любовь его к подчиненным: истинного бо пастыря, по словам Иоанна Лествичника, показует любовь его к своему стаду. Ибо любовь принудила распяться на кресте Верховного Пастыря (в книге к Пастырю, гл. 5, лист. 178 на об.)».Другие из настоятелей, заботясь о спасении порученных их руководству братии, спрашивали о. Серафима о том, как управлять братией. На такой вопрос одного из них о. Серафим дал следующее наставление:«Всякий настоятель да сделается и да пребудет всегда в отношении к подчиненным благоразумной матерью.Чадолюбивая матерь не в свое угождение живет, но в угождение детей. Немощи немощных чад сносит с любовью; в нечистоту впадших очищает, омывает тихо, мирно, облачает в ризы белые и новые, обувает, согревает, питает, промышляет, утешает и со всех сторон старается дух их покоить так, чтоб никогда не слышать ей малейшего их вопля, и таковые чада бывают благорасположены к матери своей. Так всякий настоятель должен жить не в свое угождение, но во угождение подчиненных: должен к слабостям их быть снисходителен, немощи немощных несть с любовью, болезни греховные врачевать пластырем милосердия, падших преступлениями подымать с кротостью, замаравшихся скверною какого-либо порока очищать тихо и омывать возложением на них поста и молитв, сверх определенных обще для всех; одевать учением и примерной жизнью своей в одежды добродетелей; непрестанно бдеть о них, всеми способами утешать их и со всех сторон ограждать мир их и покой так, чтобы никогда не было слышно ни малейшего их вопля, ниже ропота — и тогда они с ревностью будут стремиться, чтобы доставить мир и покой настоятелю».В 1830 году один иеромонах, вызываемый из Саровской пустыни настоятелем в Казанскую епархию, пришел к о. Серафиму принять благословение. Он нашел старца в лесу в трудах над грядами и подошел к нему молча, не говоря ни слова. Отец Серафим, увидев издали идущего к себе брата, запел и довел до конца светилен св. Кресту: Крест хранитель... Потом о. Серафим спросил пришедшего: «Ты куда едешь, брат?» «В Казань вызывают», — отвечал пришедший.«С тобою обман, батюшка, идет, — сказал о. Серафим и прибавил: — Не ходи в Макарьевскую пустынь». А Макарьевская пустынь лежит в полугоре близ города Свияжска и называется Подгорной.«Меня, батюшка о. Серафим, вызывают не в Макарьевскую, а в Раифскую пустынь игуменом», — сказал пришедший брат, имея в виду поправить ошибку старца.