Так дожил прп. Иосиф до глубокой старости. Праведна была его жизнь, непостыдна и мирна его кончина. Как бы предчувствуя ее, прп. Иосиф в воскресенье 20 сентября 1612 г. причастился Святых Таин, а по причащении начал веселиться и радоваться, вспоминая великие благодеяния Божии, явленные ему: явление бессребреников и святой иконы, свое исцеление от слепоты — весь тот дивный путь, каким вел его Господь ко спасению. На другой день, в понедельник, 21 сентября, прп. Иосиф призвал одного из братий и послал его к игумену Феодосию (1605–1612) с просьбой похоронить его тело на месте явления славы Божией и своего исцеления — в сооруженной им часовне. Высказав это заветное желание, по выходе брата из келлии престарелый подвижник мирно и тихо отошел ко Господу. Это случилось 21 сентября/4 октября 1612 г. 83 года прожил прп. Иосиф; из них около 25 лет провел в подвигах иночества.

Со слезами скорби и вместе радости игумен и братия встретили весть о кончине преподобного. Тяжело им было расставаться со своим наставником, но радостно было знать, что они имеют теперь своего ходатая пред Богом, радостно было видеть блаженное упокоение, которого сподобил Господь преподобного за его святое житие. Игумен и братия торжественно погребли тело прп. Иосифа на указанном им месте, в часовне: могилу покрыли пеленой и оградили решеткой. Быстро распространилась слава о подвижнической жизни прп. Иосифа, и множество народа стекалось к его могиле. Над гробом святого пелись панихиды, происходили исцеления больных.

Так продолжалось более 50 лет по смерти прп. Иосифа. Но вот, в правление Вологодского епископа Симона (1664–1684), по наветам приближенных к нему и, по–видимому, по его распоряжению, часовня преподобного была разобрана, могила его лишена украшений и благолепия, и долгое время место погребения святого было в запустении. Многие из почитателей прп. Иосифа скорбели о том. Нашелся один инок, который из уважения к его памяти собрал и восстановил часовню, но, опасаясь клевет и укоризн, оставил ее без крыши и дверей и даже не посмел украсить гроб преподобного. Вскоре совершилось явное чудо. В монастыре произошел пожар: сгорели храмы с утварью, а никем неберегомая часовня сохранилась целой и невредимой и не обуглилась, хотя пламя огненное, как вода, затопляло ее. После пожара в часовне нашли чудотворный образ Божией Матери, перед тем стоявший в одной из монастырских церквей, теперь сгоревших. Но и это чудо не послужило началом чествования святого. Первоначально оно оставалось даже не записанным.

Неуважение к святому месту было так велико, что когда стали возить лес для постройки новой церкви, то будто бы ввиду тесноты разломали чудесно сохранившуюся от огня часовню, бревна ее сложили в груду, и снова могила преподобного много лет была в небрежении, мочимая дождем и снегом. Затем усердием казначея Пахомия часовня была восстановлена в том виде, в каком существовала раньше. Нравы монахов Заоникиевского монастыря были тогда не высоки. Когда между братий произошли распри, часовня была разрушена и разметана, некоторые бревна ее сожжены; решетка же, окружавшая могилу святого, брошена была под трапезу. Прошло некоторое время, часовню восстановили в третий раз, но в худшем виде: кое–как из старого леса, без окон и дверей, более низкую — «не яко молитвенный дом, но яко непотребную хлевину». Могила же преподобного по–прежнему находилась в совершенном запустении. И опять совершилось чудо. Когда во время одного праздника в обитель собралось много народа, некоторые богомольцы, за неимением места в монастыре, ночевали в часовне. Случилось, что одна женщина, спавшая на самой могиле святого, вдруг неистово закричала: «Оставь меня, отче, не бей, ибо в неведении я легла на твою ногу». Спавшие богомольцы вскочили и стали женщину спрашивать, что с ней случилось, и она отвечала: «Этот монах бьет меня жезлом, так как я легла на его ноги». Слышавшие недоумевали, ибо никого не видели. «И сие чудо не памятно паки положиша» — оно не вразумило иноков, не внушило им почтения к святому месту, хотя об этом чуде много говорили в городе Вологде. Наконец епископ Вологодский Павел (1716–1725), вологодский уроженец, бывший до святительства священником в Вологде и потому много слышавший о чудесах от святой иконы и о богоугодной жизни прп. Иосифа, установил ему местное празднование. Он благословил служить прп. Иосифу молебны, составить ему службу, которая и написана была по образцу службы прп. Галактиону Вологодскому (память 24 сентября/7 октября). В Заоникиевскую пустынь епископ Павел послал в 1717 г. строителем иеромонаха Анастасия. Исполняя святительскую волю, Анастасий поставил над гробом преподобного новую и хорошую часовню, украсил могилу пеленою и стал совершать прп. Иосифу молебны. Верующие устремились в Заоникиевскую обитель ко гробу новопрославленного угодника Божия. На их приношения украшена икона Божией Матери, а на гробницу преподобного положена новая пелена, шелковая с золотыми украшениями. Вскоре решено было построить над гробом прп. Иосифа храм вместо часовни и начать сбор пожертвований. В том же 1717 г. одному из братий Заоникиевской обители таинственный голос повелел отыскать и положить при гробе власяницу преподобного. Ее нашли и положили, и с того времени она стала служить источником исцелений для верующих. Так Господь возвеличил и прославил Своего угодника.

Много чудес совершилось и совершается при гробе прп. Иосифа по вере притекающих к нему.

В 1717 г. в Вологодском крае случилась засуха. Жителям угрожал голод, болезни, смертность, разорение. Однако заступлением прп. Иосифа народ был спасен от этого бедствия. Святитель Павел, прибывший помолиться у гроба преподобного, простер руки и со слезами молился: «О, преподобне Иосифе, если имеешь благодать пред Богом, упроси, да снидет дождь, ибо земля не дает плода своего, а человеки и скоты жаждою погибают». И тотчас пошел дождь, который напоил землю. После этого епископ повелел написать на холсте образ преподобного и положил при гробе.

В Вологде была девица Ирина, 13 лет страдавшая головной и глазной болезнью. Никакие усилия и средства не могли избавить ее от тяжкого недуга. Лечение невежественными врачами привело лишь к тому, что девица совсем ослепла. Когда же привезли больную в монастырь (3 июля 1718 г.) и она приложила власяницу чудотворца к глазам своим, то почувствовала, «яко мраз некий начал отходить от главы ея». После этого она заснула. Проснувшись, Ирина стала ясно видеть: и болезнь глаз, и головные боли исчезли.

В часовне преподобного получил исцеление расслабленный Давид, не владевший ни руками, ни ногами. Он был оставлен на ночь при гробе преподобного и, когда начал засыпать, вдруг услышал голос: «Встань, Давид, и молись о том, за чем пришел». Расслабленный вскочил на ноги и, когда опомнился, почувствовал себя совершенно здоровым. Во время благовеста к утрени Давид, выйдя из часовни, пришел в церковь и тем привел в изумление всех его знавших. В благодарность за исцеление он дал обещание навсегда остаться в Заоникиевой обители.Оказывая скорую помощь всем с верою приходящим к нему, преподобный строго наказывал тех, которые, не веря в его чудодейственную помощь, старались колебать эту веру у других.Вологодский священник Василий сомневался в святости прп. Иосифа, повествования о чудесах его считал вымыслом и сказками; этого мало, он запрещал прихожанам своим ходить ко гробу угодника Божия. Видя, что его словам народ не внимает, священник выходил из себя и порой резко, грубо и непристойно отзывался о преподобном и о чудесах его. За это он был наказан. Когда однажды Василий обратился к прихожанам своим, шедшим в Заоникиеву пустынь, с обычными кощунственными речами, он вдруг был поражен слепотой. Но наказанный священник тотчас же образумился: исповедал Богу согрешения свои, просил прощения Его угодника, обещая не произносить хулы на святого, и получил исцеление.Велики снисхождение и любовь прп. Иосифа к людям. Не только тот, кто обращается к нему с верою и молитвою, получал от него скорое исцеление, но даже и тем, кто не обращался к нему и вовсе не слышал о нем, он подавал скорую помощь.У одной женщины, по имени Екатерина, мужа взяли в солдаты и был тяжело болен сын. Горько плакала бедная женщина о своих несчастьях. И вот однажды ночью она увидела во сне монаха, который сказал ей: «Не скорби, Екатерина, твой муж служит за христианскую веру и великого государя, а сын твой Иоанн вскоре будет здрав. Сходи с ним в Заоникиеву пустынь помолиться перед образом Божией Матери; я житель той пустыни, старец Иосиф». Когда Екатерина пробудилась от сна, то нашла сына своего совершенно здоровым.Крестьянка Евдокия более двух лет находилась в расслабленном состоянии, не владея ни руками, ни ногами. Однажды ночью, лежа на постели, она увидела монаха высокого роста с длинной бородой, в куколе и мантии и с жезлом в руке. Монах подошел к ней, взял ее за плечо и сказал: «Встань и с верою призови на помощь Богоматерь и обещайся сходить в Заоникиеву пустынь к чудотворной иконе и исцелеешь». Когда Евдокия ответила ему, что она не может ходить, не слышит и не знает, где находится Заоникиева пустынь и как найти образ, то старец сказал: «Пустынь — недалеко от города Вологды и хорошо известна по совершающимся в ней чудесам, а я — монах той пустыни Иосиф. Советую тебе не отчаяваться, но иметь веру, и получишь милость».Сказавши это, старец стал невидим. Больная поражена была видением и от страха начала креститься, хотя раньше не могла поднять руки. Утром она была уже совершенно здорова. Немедленно отправилась она в Заоникиеву пустынь, где и поведала о чудесном исцелении своем.