В монастыре пребывал священник Никифор. По наваждению диавола он прельстился панагией — иконой, облаженной золотом, серебром и драгоценными камнями. Никто не видел, как он взял ее из церкви и скрыл. Игумен и братия много печалились и сетовали. «Не скорбите, — говорит им преподобный Михаил, — дарованное нам Богом не погибнет». Затем, обратившись к Никифору, он строго произнес: «А ты отселе будешь сумасшедшим и глупым».

И с того часа Никифор потерял и ум, и память, и весь смысл. По указанию же блаженного игумен и братия пошли в келлию Никифора, раскопали в ней горн и нашли панагию неповрежденной. У преступника был умысел растопить драгоценный металл, но по молитвам преподобного он не успел в своем намерении.

Святитель Новгородский Евфимий I не всегда был милостив к Клопской обители. Уплата дани в архиерейскую казну была для бедной обители обременительна. Поэтому случилось, что из обители как-то взяли на архиерейский двор вороного коня. Блаженный Михаил вознегодовал, отправился в Новгород, просил владыку возвратить обители коня, но безуспешно. Тогда он сказал корыстолюбивому владыке: «Пастырь наш и учитель! Мало поживешь ты; останется вся слава мира сего и богатство. Они — персть и пар, скоро являются и скоро погибают».

Преподобный с молитвою на устах возвратился в обитель, а святитель сделался болен и в той болезни умер в ноябре 1429 года.

Иное обращение было с обителью и совсем иное отношение установилось у преподобного к следующему Новгородскому владыке, святому Евфимию Вяжицкому. Святитель этот не только ничего не брал из обители, но сам, нередко бывая в ней, устраивал для братии обеды. Избранный на место Евфимия I новгородцами по общему согласию за свои высокие добродетели он потом оказался между двух течений в городе, из коих одно тянуло к Москве, а другое к Литве. Потом умер Московский митрополит святой Фотий I. По таким обстоятельствам святой Евфимий оставался непосвященным, между тем как пастве новгородской нужен был епископ. В тяжкой заботе своей Евфимий прибег к блаженному Михаилу. Как-то за столом, им же, Евфимием, учрежденным для братии, он говорит: «Моли Бога о мне, Михайлушко, чтобы получить мне решение от великого князя Василия Васильевича». Блаженный берет из рук Евфимия полотенце и кладет ему на голову со словами: «В Смоленск поедешь, в Литовскую землю, там и поставят тебя».

Так и случилось. Евфимий в Смоленске был рукоположен митрополитом Герасимом. Приехав в другой раз в Клопскую обитель, владыка сказал: «Бог меня поставил и митрополит Смоленский твоими, отче, молитвами». Старец ему предсказал, что скоро святителя позовут в Москву и в сане утвердят.

И действительно, по малом времени святой Евфимий приглашен был в Москву и новое пророчество блаженного оправдалось. И с того времени еще более возлюбил святитель Клопскую обитель и блаженного Михаила.

Была на Русской земле усобица из-за великокняжеского московского престола. Князь Димитрий Георгиевич Шемяка восстал на великого князя Василия Васильевича, занял московский стол, а потом сам был побежден Василием и бежал. Будучи в Новгороде, он услыхал о блаженном Михаиле и отправился в Клопский монастырь, желая узнать судьбу свою от прозорливого старца.«Михайлушко! Бегаю от своей вотчины; сбили меня с великого княжения Московского», — так жаловался Шемяка. «Всякая власть от Бога, — отвечал старец, — и дается Им ни хотящему, ни текущему, а кого Сам Бог помилует». — «Так помолись, Михайлушко, чтобы Господь дал мне достигнуть своей вотчины — великого княжения». — «Достигнешь ты окрест Новгорода во обители Всемилостивого Спаса и страстотерпца Георгия трилокотного гроба», — отвечал блаженный.Не понравился князю такой ответ, невесел ушел из обители; но, не послушав предсказания, он двинулся к Москве. «Всуе труждаешься: чего Бог не даст, того и не будет», — повторял блаженный.Проходит некоторое время. Окружающие спрашивают блаженного: не имеет ли князь теперь успеха. «Заблудились наши, от супротивных бегая», — ответствовал Михаил.Эту речь его тогда же записали. Так действительно и было.Князь Димитрий опять прибежал в Новгород. Побывав у Святой Софии, он поехал на богомолье в Клопский монастырь. Был пяток Троицкой недели. Князь старался оказать всем расположение, братии он предложил богатый стол, а старцу Михаилу подарил шубу с плеч. «Сбылось, честный отче, твое прорицание, не получил я своего удела», — промолвил князь и стал прощаться.Вся обитель вышла проводить гостя до судна, на котором он прибыл. Стали опять прощаться; блаженный Михаил погладил князя по голове и трижды повторял: «Князь, земля зовет тебя!» «Хочу ехать во Ржову Константинову, на свою вотчину», — отвечает князь. «Не исполнится и это желание, — продолжает блаженный, — молись Богу о грехах своих и будь ко всем слугам своим милостив».