Святой Ермоген хорошо сознавал, что правительство Шуйского при всех своих недостатках, как ни как, а было олицетворением, хотя и плохого, но все же государственного порядка. Он предвидел, что с падением царя Василия смута только усилится. Так это и случилось. Временное московское правительство во главе с семибоярщиной было принуждено делать выбор между требованиями короля Сигизмунда и требованиями Вора. Порешили избрать на московский престол сына Сигизмунда — польского королевича Владислава. Патриарх Ермоген сильно противился этому избранию, настаивая, чтобы, если уж нельзя возвратить престол Василию Шуйскому, избран был православный царь из русских; он указывал и желательных лиц: князя Василия Васильевича Голицына или же четырнадцатилетнего Михаила Феодоровича Романова, сына Ростовского митрополита Филарета Никитича. Отголосок увещаний патриарха находим в русских летописных известиях, которые влагают в уста святителя такую речь: «Что всуе мятетесь и вверяете души свои поганым полякам? Разве вы не знаете, что издавна наша христианская греческая вера ненавидима в странах иноплеменных — как же мы примиримся с иноплеменниками?»

Предостерегая от присяги Владиславу и от неразумного доверия Польше, святитель напоминал о злодеяниях поляков при первом самозванце, ссылался и на пример Карла Великого, после завоевания одной только итальянской области (Ломбардии) короновавшегося уже римским императором. Но знатное боярство в это время больше всего боялось, как бы престол не занял пользовавшийся большой любовью московской черни Вор, который был врагом московского общественного порядка и бояр. Чтобы избежать такой развязки дела, бояре, пользуясь властью, призывают к Москве польского гетмана Жолкевского, стоявшего с войском в Можайске, который и идет, по его собственному выражению, «освобождать Москву от Вора». Приблизившись к Москве, Жолкевский начинает дело об избрании Владислава в цари. Страх перед тушинским «царьком» и польской военной силой решили вопрос. Патриарх Ермоген должен был уступить и сказал боярам: «Если королевич крестится и будет в православной вере, то я благословлю; если же не оставит латинской ереси, то от него во всем Московском государстве будет нарушена православная вера и да не будет на вас нашего благословения».

27 августа жители Москвы целовали крест новоизбранному государю на Девичьем поле, а на другой день в Успенском соборе в присутствии патриарха. Здесь к патриарху, стоявшему со всем освященным собором, подошли за благословением тайные сторонники Сигизмунда и творцы договора: боярин Михаил Салтыков да князь Василий Мосальский с товарищами. Святитель дал им благословение условно, сказав: «Если в вашем намерении нет лести и в ваших замыслах не будет нарушения православной вере и разорения Московскому государству, то пусть на вас будет от Вселенской Церкви, всего Собора православной веры, четырех патриархов и от нашего смирения благословение; иначе пусть ляжет на вас клятва от Вселенской Церкви и от нашего смирения, а вы будете лишены милости Бога и Пресвятой Богородицы и приимите место от Него наравне с еретиками и богоотступниками».

Салтыков, заплакав притворными слезами, ответил патриарху, что в нем нет лукавства. Святитель смягчился, благословил его и товарищей. Но когда в числе других бояр подошел убийца Феодора Борисовича Годунова Михаил Молчанов, после смерти первого Лжедмитрия некоторое время называвшийся именем последнего, святитель «повелел его с бесчестием выбить из церкви».

По заключении договора и принесении присяги Жолкевский прогнал Вора из Москвы, который и убежал опять в Калугу. Все-таки бояре опасались в Москве бунта в пользу Вора и поэтому согласились на убеждения Жолкевского впустить в столицу польское войско. Святой Ермоген всеми силами противодействовал этому пагубному решению. 10 октября патриарх собрал «великое множество людей», преимущественно из дворян и служилых людей. На это собрание, после троекратного приглашения со стороны святителя, явились и бояре. Здесь два часа они защищали свое решение открыть ворота столицы для польского войска.

«Видишь ты и сам, — говорил боярин Иоанн Романов святителю Ермогену, — какова в людях в Москве смута: нам надо свои головы от Вора оберегать и воинских людей польских и литовских для бережения в столицу впустить. Если на это не согласишься, то знай: сделается в столице какое-либо зло от Вора, то в этом мы не будем виноваты, наши души будут чисты и пред Богом и пред государством. Если гетман (Жолкевский) прочь пойдет от столицы, то и мы с ним, а своих голов не желаем отдавать Вору».

Скрепя сердце, святитель вынужден был уступить. Бесплодны были и слезные мольбы патриарха не отсылать Шуйских к польскому королю — он ничего не достиг, только «много бесчестия принял от изменников и поляков».

Договор об избрании Владислава был отправлен на утверждение Сигизмунда с «великим посольством» более чем из тысячи человек. Во главе посольства, составлявшего часть Земского собора, избиравшего Владислава, стояли митрополит Ростовский Филарет и князь Василий Васильевич Голицын. Послам дан был наказ просить у Сигизмунда сына на царство с тем непременно условием, чтобы королевич крестился в Смоленске от митрополита Филарета и Смоленского архиепископа Сергия и таким образом прибыл в Москву уже православным. Святой Ермоген заботился, чтобы послами были избраны «люди разумные и крепкие», которые бы «стояли за православную веру непоколебимо». Благословляя послов в путь, патриарх взял с них клятву не прельщаться льстивыми словами, «не изменять русскому делу». Кроме того, святитель дал митрополиту Филарету «писание, избрав от правил святых апостол и святых отцов на укрепление (послам) и против еретиков различных многих еретических вер ответ, чего ради крестити их». От имени своего народа русский патриарх Ермоген отправил с послами грамоту Сигизмунду, в которой просил короля: «Даруй нам государя, соблюдающего заповеди Божии; даруй нам царя, которым бы вера христианская не разорялась; даруй нам царя, с верою принимающего святое крещение». В другой грамоте, адресованной самому Владиславу, патриарх умолял о том же королевича: «Будь второй Владимир, — убеждает Владислава святитель, — возлюби веру, которую Бог любит… Не противься, государь, суду Божию и нашему молению: со всякой тихостью, кротостью и смирением приими святое крещение и насладись его плодами. Смилуйся и к нам всем, облекись в новые нетленные ризы, в порфиру веселия и венец благоверия».Крестившись, Владислав прославится наравне с древними великими царями, его крещение будет в истории «всем сладчайшая повесть и слуха наслаждение».Присяга Владиславу и «великое посольство» к королю Сигизмунду не умиротворили земли, раздираемой смутой. Москве по-прежнему угрожал Вор, а оставленный Жолкевским в Московском Кремле под начальством Гонсевскаго отряд польских войск мало-помалу стал хозяйничать в столице как в завоеванном городе: поляки не стеснялись оскорбить даже русскую святыню. Сигизмунд стоял под Смоленском, требуя его сдачи как древней собственности Литвы. «Великое посольство», явившееся под Смоленском, ничего не достигло: выяснилось, что Сигизмунд не согласен на принятие королевичем Православия и сам желает стать царем московским, конечно, не изменяя католицизму, которого он был усердным слугой. В Москве образуется двойное правительство — военно-польское и русско-боярское, состоявшее из «изменников бояр», предавшихся польскому королю. Это временное правительство, прикрывавшееся именем Владислава, в действительности получало указания от Сигизмунда и литовскаго канцлера Сапеги. Неудивительно поэтому, что Сигизмунд держал себя государем по отношению к русским людям: обратившихся к нему из Москвы сторонников он щедро награждал поместьями и вотчинами, как бы уже считая Русскую землю своею страною. В самом посольстве среди его членов сумели создать раскол: некоторые из участников посольства предались Сигизмунду и таких отправляли в Москву, чтобы усилить там польскую партию. Но зато другие из членов посольства во главе с митрополитом Филаретом и князем Голицыным своей стойкостью искупили вины мятущихся собратий: они усиленно просили короля согласиться на предложенные в договоре условия, не считая возможным отступить от них. Тяжким пленом Сигизмунд хотел сломить благородную стойкостьсамоотверженно защищавших свою веру и народность.Видя, что поляки не соглашаются ни на одну статью договора, а только требуют сдачи Смоленска, геройски защищаемого воеводой Шеиным, послы настаивали, чтобы им разрешили отправить в Москву гонца за советом, как быть со Смоленском. После долгих проволочек разрешение было дано. Когда гонец из-под Смоленска прибыл в Москву с письмом послов, спрашивавших: как поступить с требованиями короля, то бояре-изменники решили отвечать послам в том смысле, что надо предаться во всем на волю короля. Но против такого ответа со всей решительностью восстал святой Ермоген, в ту трудную минуту покинутый даже епископами, которые тоже предались полякам. В это время, по отзыву современника, в Москве «всеми овладела польская партия, многих маловременным богатством и славою прельстила, иных закормила и везде поставила своих слуг и доброхотов». У Русской Церкви и у русского народа остался «один только крепкий заступник, стена и забрало — великий святитель патриарх» Ермоген, возложивший всю свою надежду на Бога, Его Пречистую Матерь и великих чудотворцев. 30 ноября 1610 года к патриарху Ермогену пришли Салтыков и Андронов и стали говорить святителю, что надо Сигизмунду и митрополиту Филарету послать грамоты о том, что русские люди вполне отдаются в волю короля. Зная намерения изменников, патриарх не дал им своего согласия. На другой день бояре во главе с Мстиславским пришли к святителю с требованием подписать уже составленную и подписанную ими грамоту о том, чтобы митрополит Филарет с другими послами из Москвы во всем предался на волю короля. Но патриарх отвечал: «Пусть король даст своего сына на Московское государство и выведет всех своих людей из Москвы; пусть королевич примет греческую веру. Если вы напишете такое письмо, то я к нему руку приложу и вас благословлю на то же, а чтобы так писать, что нам всем положиться на королевскую волю, — я и сам того не сделаю и другим повелеваю не делать, и если меня не послушаете, то положу на вас клятву. Явное дело, что после такого письма придется нам крест целовать королю… Я буду писать к городам: если королевич воцарится да веры единой с нами не примет и людей королевских не выведет из города, то я всех тех, которые ему крест уже целовали, благословлю идти на Москву и страдать до смерти».В ответ на эти слова святителя один из главарей польской партии Михаил Салтыков начал поносить патриарха самой непристойной бранью и даже замахнулся на него ножом. Но мужественный первосвятитель безбоязненно отвечал «велиим гласом»: «Не боюсь твоего ножа, вооружаюсь против него силою святого креста; ты же будь проклят и со всем своим сонмом и в сем веке, и в будущем, и с тем, кого желаешь» (т. е. польским королем).При этом патриарх заявил, что не только Сигизмунд не надобен России, но и его отрасль (т. е. Владислав), «аще не приидет в наше хотение». С наклоненной от стыда головой ушел Салтыков от патриарха; с ним ушли и остальные бояре. Затем, одумавшись и испугавшись того неблагоприятного для него впечатления, какое произведет слух о ссоре с патриархом в народе, Салтыков вернулся и испросил прощение у святителя.На следующий день, 2 декабря, несмотря на противодействие поляков, патриарх собрал в Успенском соборе представителей московского посадского мира; святитель убеждал их не присягать польскому королю, обличал изменников, указывая на необходимость защиты православной веры и прося об этом сообщать в города. И те, согласно увещанию патриарха, постановили, что им королю «крест не целовать».