По этому княжескому повелению и устроилось в Данилове монастыре общее житие. В четвертый раз великий князь Василий с супругой Еленой посетил обитель преподобного Даниила в 1528 году на пути в монастырь Кирилло-Белозерский и в другие святые места для молитвы о даровании ему наследника. Прибыв в Переяславль, великий князь проявил больше прежнего любви к подвижнику, отведал братских хлеба с квасом, посадил преподобного рядом с собой и, по его ходатайству, избавил от смерти некоторых преступников. В память своего пребывание в обители великий князь приказал поставить каменную церковь во имя Святой Троицы, а каменные сараи Горицкой церкви и храма Никиты Чудотворца велел Даниилу перевезти в свой монастырь. Но Троицкая церковь с приделом Иоанна Предтечи была поставлена уже после смерти Василия, в правление его малолетнего сына Иоанна IV, при митрополите Данииле. Вместе с названной церковью была выстроена каменная же трапезная в честь Похвалы Пресвятой Богородицы с пределом во имя Всех святых, а под нею разные палаты, нужные для монастырского обихода. Один из иноков Марк сказал преподобному: «Хором понастроено много, для какой надобности все это?» Даниил отвечал: «Если Богу будет угодно, эти постройки не окажутся напрасными. Поверь мне, брат Марк, хотя я и грешен и телом буду отдален от вас, но духом никогда не разлучусь с вами и благодать Божия пребудет на месте этом».

Господь Бог, видимо, не покидал Своею помощью святую обитель. Наступил всюду большой голод, не минул он и Переяславля Залесского. На торгу не было хлеба ни печеного, ни в зерне, а у Даниила в монастыре проживало до 70 с лишком человек братии, кроме мирян. Жита становилось все меньше и меньше. Старший хлебник, по имени Филофей, инок добродетельный, упал духом и сказал: «Господин! дойди до житниц и посмотри, как мало остается муки: нам хватит ее не больше, как на неделю, а до нового урожая более 7 месяцев».

Подвижник пришел к житнице и увидал, что муки около 15 четвертей, как и сказал ему хлебник. Явилась убогая вдова, которой с детьми грозила голодная смерть, и просила себе с семьей муки на пропитание. Даниил наполнил ей мукой мешочек, помолился Богу, благословил остальную муку и торжественно сказал келарю: «Не нарушь повеления нашего, не обидь голодных людей, которые будут приходить в монастырь за помощью, не отпускай из него никого без пропитания, и Господь защитит нас по воле Своей». Приказания старца были свято исполнены: всем приходившим давали довольно, но остатка муки хватало на прокормление иноков, простых людей, нищих и голодных, которые являлись за подаянием. И жившие в монастырском селе питались тем же остатком муки, пока не поспел новый хлеб и не прекратился голод. Только за полмесяца до свежего урожая прослышали о недостатке хлеба в Данилове монастыре христолюбивые вельможи Феодор Шапкин да Никита Зезевитов и прислали 80 четвертей ржи на пропитание братии.

Заботясь о пище телесной, больше всего преподобный старался питать братию хлебом духовным. Он наставлял монахов совершать молитвы в церкви и келлиях со страхом и благоговением не только днем, но и ночью. Он требовал также, чтобы после вечернего правила никто не вел праздных разговоров, но пребывал в безмолвии и в меру предавался сну. Когда один монах, состоявший при хлебенной службе, после вечернего правила был вынужден вступить в тайную беседу с другим монахом, Даниил утром вразумил его: «Не следует, брат, после вечернего правила нарушать в монастыре безмолвие и вести разговоры в келлиях и во всяких службах, а надобно в тиши помышлять о душе. Ты же этой ночью беседовал в хлебопекарне. Оставь это, брат». Виновный упал к ногам преподобного и просил прощения, которое и получил.

Среди учеников подвижника был уроженец немецких стран Нил, знакомый с лекарскими науками. Он жил богато в мире, но презрел прелести его, пришел к Даниилу и принял пострижение в возрасте около 40 лет. Он с жаром отдался иноческим подвигам: мыл братиям власяницы, носил воду и ставил ее около келлии каждого, одевался в плохие одежды, никогда не выходил из обители, даже не стаивал у ее ворот, питался хлебом и водой и то через день и помалу старался всем угодить. Воспитывая в себе умиление духа и беспрекословное послушание, даже, по благословению преподобного, возложил на себя железные вериги. Считая себя грешнее всех людей, Нил всех просил молиться за него и сам всегда благодарил Господа, говоря: «Я на себе постиг, что Христос, Бог наш, воистину человеколюбив, ибо меня, столь мерзкого и нечистого, Он не возгнушался привести от немецкой прелести в благочестивую православную веру и сопричислить к чину иноков, Ему работающих».

Этот брат всегда помнил о часе смертном и скорбел, что придется дать ответ на Страшном суде и, может быть, терпеть вечные муки. Постоянные размышления об одной смерти без воспоминания о бесконечной любви Божией навели на душу Нила глубокое уныние, которое легко могло перейти в отчаяние. Преподобный Даниил понял опасность, в какой находился брат, и поспешил дать ему руку помощи: «Кто хочет избежать смерти, пусть верует от всей души Богу и никогда не умрет», — поучал он.

Нил обиделся на Даниила и в раздражении воскликнул: «Что это? Никогда я не слышал глумления из уст твоих, теперь же думаю, что ты, издеваясь надо мной говоришь: кто не хочет умереть, тот не умрет во веки. Все мы, люди, подчинены смерти: уж не думаешь ли ты один избежать ее? Перестань глумиться надо мной».

Преподобный не оскорбился, слыша эти укоризны, но еще сильнее убеждал Нила не отчаиваться, верить в бессмертие души. Нил слабо поддавался утешению, сердился на старца и плакал. Тогда преподобный велел одному из пришедших в монастырь увещевать страдальца, и этот сказал Нилу: «Зачем ты ропщешь на отца? Он говорит сущую правду, что живущие здесь богоугодно не увидят смерти. Душа человека праведного разлучается с телом и переселяется в вечную жизнь со святыми, которую уготовал Бог любящим Его (1 Кор. 11, 9)».Под влиянием этих слов Нил задумался, упал к ногам преподобного и с рыданием воскликнул: «Прости Христа ради, я сильно грешил пред тобой и спорил по неведению; теперь я вполне понял, что угодившие Богу не умирают. Не поднимусь от твоих ног пока не простишь меня совершенно».Преподобный Даниил утешал скорбящего, а Нил до конца дней своих сохранил ясность душевную и умиление.Один из монахов, живших в Даниловом монастыре, отпускал жито для приготовления братского кваса, кроме обычной доли в две осмины, без разрешения настоятеля прибавил третью, чтобы питье было лучше. Но квас оказался прогорклым и похожим на уксус. Даниил сделал выговор брату и приказал изготовить новый квас. Когда стали разводить сусло и влили обычное количество воды, подвижник велел принести еще воды, и так носили воду до тех пор, пока не осталось ее в колодце. Даниил приказал носить воду из горного пруда и ею наполнили всю монастырскую посуду. Братия дивились и говорили: «Что это будет, и какой-то получиться квас при таком обилии воды?»Преподобный же помолился Богу и благословил квас: и его молитвами множество воды превратилось в квас сладкий, с приятным запахом и видом. И все с удовольствием вкушали напиток, который не старел, но казался пьющим его неизменно новым. То же случалось и с пищей: самые простые кушанья через благословение Даниилово представлялись сладкими и полезными; а больные, с верою пившие братский квас, выздоравливали.Как-то обходил преподобный с братией обитель и увидел у ограды монастырской трех, никому не ведомых калек, очень больных. Даниил сказал одному из монахов: «Возьми этих трех мужчин в свою келлию и позаботься о них; Господь послал их для нашей пользы».Их взяли в монастырь и упокоили. И многие из горожан и поселян, зная Даниилово нищелюбие, приносили к его обители болящих, которые совсем не владели собой или были еле живы от укусов зверей. Таких недужных их родные подбрасывали в обитель тайно, не имея сил кормить их и ходить за ними.