Слух о кончине великого подвижника быстро разнесся по окрестностям: и сошлись на погребение его архимандриты, игумены, множество бояр, монахов, белых священников и простого люда из города и сел со свечами и ладаном. Торжественно погребли преподобного Даниила при церкви Святой Троицы, у самой стены, возле святого жертвенника, в монастыре, им устроенном.

В 1652 году, при царе Алексии Михайловиче и патриархе Никоне, последовало открытие мощей преподобного Даниила при таких обстоятельствах.

Боярский сын города Переяславля Залесского Иван Андреевич Дауров, которого родители лишили наследства, ушел из отцовского дома и поселился на житье в Троицком Даниловом монастыре, чтобы приготовить себя к монашескому служению. По повелению настоятеля Иоанн вместе с другими монастырскими рабочими трудился на удаленной от монастыря пустоши Пыжеве. День был жаркий: солнце палило так сильно, что нельзя было продолжать работы, и монастырские трудники старались укрыться в тени дерев. Прилег под деревом Иоанн и уснул. Во сне предстал перед ним благообразный муж в монашеской одежде, и говорит: «Иоанн, Иоанн, встань! Новый исповедник и равноапостольный Филипп, митрополит Московский и всея Руси, не захотел пребывать на Соловецком острове, но пришел на свой престол, в царствующий град Москву. Время и мне явиться: не могу более оставаться в земле, но пусть прославится имя мое, как и блаженного Филиппа».

Иоанн очень испугался и еле мог спросить: «Господин, скажи мне, кто ты и как твое имя?» Явившийся старец ответил: «Я Даниил, игумен Переяславский; встань, иди в обитель Пресвятой Троицы, где мой гроб, и возвести, что ты видишь, настоятелю и братии».

Сказав это, старец стал невидим. Иоанн, поднявшись от сна, не стал задерживаться с рабочими, но немедленно отправился в Троицкий Данилов монастырь, явился к настоятелю архимандриту Тихону и поведал ему о видении. Тихон призвал эконома Никиту и стал совещаться с ним, как устроить свидетельствование мощей. Отдается приказание разыскать чудеса преподобного и с записью их отправиться к царю и патриарху, чтобы они повелели произвести осмотр святых останков подвижника. Благочестивый царь и святейший патриарх, узнав о многих чудесах Даниила, дают эконому Никите грамоту, которой дозволяют осмотреть мощи угодника Божия. Прибыв в монастырь, эконом прочитывает грамоту перед всей братией, установляется на короткое время пост, и затем монастырский собор приходит к Даниилову гробу, над которым был каменный склеп. Пропев «Достойно есть», приступают к осмотру: настоятель, взял лопату, делает знамение креста у головной части гроба и начинает копать; прорыв три ряда (в вышину лопаты), архимандрит передает лопату эконому, который усердно продолжает дело. Отверстие в могиле, словно сделанное руками человека, привело к середине гроба, над которым земля как бы стояла, в высоту с пол-аршина; на верхней крышке гроба, прямо против скважины в земле, оказалось также отверстие, в которое могла пролезть человеческая рука (через это отверстие немного земли попало и в самый гроб). Эконом со свечою в руках начал осматривать через отверстие мощи святого, а за ним и другие: нашли нетленное сокровище и исполнились радости. Начали расчищать место около гроба, чтобы мог сойти к нему и настоятель, который вместе с монахом Иовом клиросным и пекарем из мирян Гавриилом стояли вверху. Вдруг обрушилась земля и засыпала эконома Никиту по шею: архимандрит Тихон стал колом откапывать землю, чтобы освободить эконома, а Иов и Гавриил черпали ее сосудами, и спустя немного времени, отрыли эконома. Теперь оказалось возможным совсем открыть гроб: и нашли мощи преподобного как бы помазанного миром; одежда святого истлела мало; на голове его венец схимный был совсем новым, как будто только что возложен; лице его было обращено направо к церкви Пресвятой Троицы, которую он создал; правою рукою он держал мантию при бедре или коленях; лице святого благоукрашалось сединами. Землю, ссыпавшуюся в гроб, доставали руками и переносили в сосуд, который до сих пор стоит в монастыре: многие из него берут персть земную и получают исцеления от недугов и болезней. Настоятель, отпев панихиду, велел устроить деревянную палатку над гробом святого старца, и братия разошлись по келлиям, славя Господа, Который даровал обители столь великую благодать. Это обретение мощей совершилось 18 ноября; в навечерие пелась у гроба преподобного панихида, а утром — литургия. После этого настоятель с экономом изготовили донесение царю и патриарху об обретении мощей; грамоту повез в Москву эконом Никита. Патриарх спросил посланного: «Кого настоятель с братией хотят для освидетельствования мощей — архиерея, архимандрита или игумена?»

Эконом ответил, что было бы желательно архиерея, и указал на митрополита Ростовского и Ярославского Иону, который имеет сильную любовь к Троицкой обители и ее основателю Даниилу. Патриарх, по совету с царем, дает эконому грамоту, которой Иона уполномочивается совершить свидетельствование мощей. Никита привез грамоту в Ростов 20 ноября и вручил митрополиту. Последний прибыл в Переяславскую обитель Живоначальной Троицы 27 ноября. Было совершено соборное всенощное бдение, а на другой день — Божественная литургия. По окончании ее пошли ко гробу преподобного; отворивши палатку, вошли внутрь. Митрополит Иона сказал присутствующим: «Видите этого нового исповедника, не соблазняйтесь, будьте вместе со мною свидетелями перед царем; не один я вижу этот чудный светильник, это восходящее солнце, но и все вы».

Свидетелями же были, кроме множества священников и народа, игумены и архимандриты Переяславских монастырей. В тот же день прибежали в обитель двое исступленных, которые шумели и кричали: «Горе, горе! Беда, беда!» Иона дал им земли из гроба преподобного Даниила, и они выздоровели. Вошедши в Троицкую церковь, митрополит обратился к предстоящим со словами: «Вот мы исполнили царское повеление; теперь прошу вас, постарайтесь возвестить мне о чудесах преподобного, чтобы я мог отправить к царю донесение вместе с записанными чудотворениями».

Окружающие рассказывали о различных чудесах святого; митрополит записал их и за своею печатью отправил доклад с чудесами в Москву с экономом Никитой. Царь, ознакомившись с делом, приказал построить над гробом святого каменную церковь и расписать ее, а память святого праздновать дважды в году — в день кончины и обретения мощей.Господь прославил Своего угодника многочисленными чудесами.В царствование Грозного был наместником в Переяславле князь Андрей Александрович Алабышев, по прозванию Оленкин. Он имел великую любовь к святому Даниилу при его жизни, а по смерти нес гроб его на своих плечах и помогал своими трудами во время погребения подвижника. Впоследствии давал милостыню монастырю Даниилову и кормил нищих в память почившего старца. Однажды пропала у князя Андрея золотая пуговица с редким жемчугом, застегивавшая его рубашку (быть может фамильная драгоценность); он подозревал своих слуг, хотел расспрашивать их и, если потребуется, наказать. И вспомнил князь о преподобном Данииле и обратился с молитвой к нему: «Преподобный отче! хотя ты телом и ушел от нас, но духом пребываешь с нами. Помоги нам и рассей мои подозрения, чтобы мне избавиться от греха и не наказать домочадцев, если они невинны».И вот смотрел раз Андрей из окна своего дома на уток, которые купались в дождевом потоке и гонялись друг за дружкой. Одна из них держала в носу пропавшую пуговицу, и, будто показав ее князю, бросила на землю. Пуговицу подняли и прославили Господа за избавление от греха. Князь Андрей немедленно пошел в Данилов монастырь, попросил отслужить панихиду над мощами преподобного, сделал покров к его гробу и соорудил каменное надгробье.В походе с царем Иоанном IV под Казань 1552 года был пресвитер, знакомый преподобному Даниилу и всегда призывавший его в своих молитвах. Однажды ночью этот пресвитер погрузился в сон и видит себя как бы в обители Данииловой: преподобный — на каком-то высоком месте, около него стоят необычайные мужи, а он, пресвитер сидит у ног святого старца и имеет на себе монашеское одеяние; предстоящие спросили Даниила: «Что прикажешь об этом человеке, одетом по-монашески, который имеет жену и детей?»Даниил ответил: «Бог хочет теперь пощадить его».Пресвитер проснулся и так живо почувствовал на себе монашеские одежды, что даже стал искать их. Он преисполнился радости, что небесный покровитель защищает его и что ему не суждено умереть под Казанью. Открыв окно, пресвитер среди глубокой ночи видит явственно необычайный свет над городом, а в свете огненные столпы, которые, подобно горящим факелам, понимали свое пламя к небесам. Он разбудил близкого к царю раненого вельможу, чтобы и тот взглянул на чудесное видение; вместе с раненым смотрели на свет другие и сказали: «Это должно быть знамением для христиан».Кроме того, многие (и в числе их царь Иоанн IV) слышали в осажденной Казани звон наподобие звона большого колокола в Московском Симоновом монастыре. Царь и вельможи видели в этих явлениях залог победы над неверными и вознесли свои теплые молитвы к Пречистой Богородице и всем святым; призывался в молитвах и крестный царя преподобный Даниил. Казань, как известно, была взята войсками московского царя.