Однажды принесли к отцу Николаю девочку пяти лет, у которой был паралич ног. Врачи отказались ее лечить, заявив, что они бессильны и ничем помочь ей не могут. Отец Николай послал мать с ребенком в собор отслужить молебен перед иконой Божией Матери «Взыскание погибших». После молебна девочка выздоровела.

Слава о подвижнике, молитвы которого угодны Богу, стала расходиться все шире, и с каждым годом все больше людей приходило к отцу Николаю. В округе его почитали как святого и праведника.

Но пришли к власти безбожники, и начались гонения. В 1918 году власти арестовали отца Николая и заставили чистить уборные в городе; они запрягали его вместо лошади, и он вывозил из города бочки с нечистотами. Им хотелось опозорить того, кого народ почитал святым, но для него это была слава и честь — пострадать за Христа. Праведник со смирением переносил все издевательства. В дьявольской ненависти к Церкви безбожники однажды арестовали икону–скульптуру святителя и чудотворца Николая и заключили ее в сарай под замок, а с ней вместе поместили в тот же сарай протодиакона Николая.

Но и этого безбожникам показалось мало. Вблизи Волоколамска в деревне Андреевской жил сочинитель рассказов на тему крестьянского быта Сергей Терентьевич Семенов. В юности он встретился с писателем графом Львом Толстым, который лестно отозвался о первых рассказах крестьянского юноши. Впоследствии Семенов уехал в Англию, в 1904—1905 годах жил у толстовца В. Г. Черткова и присоединился к обществу толстовцев, разделив ихрелигиозное учение. Когда Семенов вернулся в Россию, правительство арестовало его за антигосударственную пропаганду, и он был приговорен к ссылке, которая была заменена разрешением на выезд за границу. Большевистские идеологи писали о нем как о выдающемся деятеле, который вернулся в деревню, чтобы «отдаться в ней до конца жизни всевозможной культурной, просветительской, реформистской работе, борясь со всевозможными препятствиями, борясь с властью духовной тьмы, окружавшей его, подвергаясь сыску и преследованиям царской власти, выславшей его на несколько лет за границу за»вредное влияние на население»».

3 декабря 1922 года Семенов был убит недалеко от села. В убийстве были обвинены местный зажиточный крестьянин Григорий, одно время бывший председателем местного совета, и его семья — жена, сыновья, дочери, а также муж дочери, начальник районного отделения милиции. Крестьяне, будучи арестованными, признали себя виновными в убийстве, объяснив, что мотивом убийства явилось многолетнее преследование и домогательство Семеновым жены Григория, Аграфены, закончившееся изменой мужу. Воинствующие безбожники решили превратить этот процесс из уголовного в антирелигиозный и арестовали вместе с убийцами протодиакона Николая, зная, что народ почитает его за святого. Основанием для обвинения явилось знакомство Аграфены с отцом Николаем и то, что она ездила к нему за советом, как поправить неустройство и отсутствие мира в семье. «И сказал ей один раз волоколамский соборный дьякон, — писала месяц спустя после убийства центральная газета»Правда», — почитают его все за святого:

— Надо внутреннего врага извести».

При аресте у отца Николая был изъят его дневник, в котором он делал записи не только о внешних событиях жизни, но главным образом записывал помыслы, хорошо понимая, что только тот будет успешен в борьбе с врагом спасения человека — дьяволом, кто побивает его на подступах, когда он приступает к человеку, нашептывая те или иные греховные помыслы, пытаясь вовлечь в беседу с собой и отвлечь от Господа.

Все обвиняемые, однако, несмотря на усилия следователей, категорически отказались признать наличие каких бы то ни было религиозных мотивов в убийстве. «Вы в Бога веруете?» — спросил следователь Григория. Тот только выругался в ответ.В конце апреля 1923 года выездная сессия Московского Губернского суда в Волоколамске рассмотрела дело в публичном заседании. Суд продолжался в течение двух дней с утра и до позднего вечера, и его ход освещался в центральных газетах. Процесс проходил в городском театре. Протодиакона Николая приводили на суд под усиленным конвоем, но в зале суда он сидел отдельно от остальных обвиняемых. Центральная газета «Известия» так описывала этот процесс. Одним из последних был допрошен протодиакон волоколамского собора Цветков. Его в округе считают чуть ли не за святого. Он раздавал бедным девицам «счастливые» рублики. И был также всеобщим молитвенником. В данном деле предварительным следствием было выяснено, что Цветков неоднократно отзывался о покойном Семенове как о чернокнижнике и человеке, в котором сидит дьявол. Давая показания суду, протодиакон отрицает какое‑либо участие в подстрекательстве к убийству. Он будто бы всегда проповедовал идею всепрощения и любви к ближнему. Все же, в конце концов, подсудимому приходится признаться, что он относился враждебно к толстовскому учению и недолюбливал Семенова, который был последователем и распространителем этого учения.На суд защитой были вызваны крестьяне, которые пытались показать в пользу протодиакона Цветкова, характеризуя его добрым, отзывчивым человеком, помогавшим бедным и обездоленным.Старшая дочь Григория Вера показала, что ходила к волоколамскому святому протодиакону Цветкову, который сказал ей о Семенове: «Раз он своих детей не крестит, в церковь не ходит, икон дома не держит, стало быть, в нем дьявол, дьявольская сила».Спрошенный о том, протодиакон ответил: «Не упомню… может, и говорил насчет дьявола… Счастливые рубли давал молодым девицам… и старым девам, многодетным…» Судья, прочитав отрывок из дневника, в котором протодиакон записал свои помыслы, стал спрашивать, каким образом он согрешил с девицей. Отец Николай в ответ на это вздохнул и спросил: «А там как написано, в помыслах или на деле?»Судья снова стал зачитывать отрывки из дневника подвижника, стараясь его всячески высмеять. Отец Николай спокойно и с достоинством отвечал, что в дневнике изложены его мысли. Он уже не пытался оправдаться, он видел, что его решили осудить, и принял все происходящее как волю Божию. Он не подходил новой власти, и она решила его уничтожить.Девять часов совещался суд, прежде чем принять решение о виновности и степени наказания подсудимых. Наконец был зачитан приговор, в котором обвиняемые были приговорены к десяти, девяти и восьми годам заключения. Протодиакон Николай был приговорен к десяти годам тюремного заключения и к трем годам ссылки.