В приветственном слове царь повелел Патриарху Московскому Иову именоваться главою епископов, отцом отцов, патриархом всех земель северных и вручил ему жезл святителя Петра. В свою очередь Патриарх Московский и всея Руси Иов благословил всю паству, радовавшуюся введением Русской Церкви в священное достоинство патриаршества.

Состоялись торжественная трапеза и угощение народа, затем Патриарх Иов совершил "шествие ослята", обойдя Кремль и Китай-город, благословив всех крестом и окропляя святой водой.

Торжества по установлению патриаршества завершились возведением в сан митрополита Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского. Чин возведения архиепископа в митрополичий сан совершил Патриарх Иов.

Спустя некоторое время была подготовлена "уложенная грамота", в которой излагались события рождения патриаршества в Москве.

В 1598 году в Константинополе состоялся собор восточных православных Патриархов и многочисленных архиереев (более 80 человек), который канонически утвердил и благословил деяния Вселенского Патриарха Иеремии по учрежденью Московского патриархата. Собор определил русскому Патриарху пятое место в диптихе православных Патриархов.

Святейший Иов, заботясь о церковном устроении учредил четыре митрополии: Новгородскую, Казанскую, Ростовскую и Сарскую (Подонскую). Весьма важным его деянием явилось и введение "поповских старост" (благочинных) в больших городах, в частности, в Москве. На каждые сорок приходов назначался один "поповский староста", который должен был следить за церковным благочинием вверенного в его ведение приходского церковного округа, доводя до приходов волю и указания архиерея.

В свое время Стоглавый собор при царе Иоанне IV был озабочен состоянием духовного образования на Руси, но и ко времени Патриарха Иова улучшений в этом вопросе не произошло. Святейший Иов, будучи весьма книжным церковным деятелем, ясно сознавал необходимость регулярных школ, но его желание наталкивалось в основном на отсутствие православных учителей. Церкви православного Востока, откуда можно было призывать учителей, находились в угнетенном состоянии, а сколько-нибудь грамотные греки бежали в католические города и государства.

Патриарх предостерегал царя Бориса от приглашения иностранных вероучителей. Иов говорил по этому поводу: "...В настоящее время во многих странах разгорелся великий пламень зло-хитрых ересей, так что даже и Трисвятого Божества коснуться дерзают".Строгое Православие и забота о его чистоте ясно обнаруживались в распоряжениях святителя Иова.Уже целое столетие Русская Церковь была озабочена исправлением богослужебных книг: началась книжная справа при преподобном Максиме Греке, продолжилась она в форме книжного собирательства при святителе Макарии Московском и встала перед Патриархом Иовом как важнейшее средство миссионерства и просвещения народов, живущих к востоку от Казани.Исправление книг было ответственным и важным мероприятием. Святейший Патриарх Иов предпринимает поиски наименее поврежденных текстов и размножение их типографским способом. Учитывая неизбежность поврежденности рукописных текстов, Патриарх приносит в каждой отпечатанной книге послесловное извинение за возможные несовершенства переписки и печати этих книг.В годы патриаршества Иова печатаются следующие богослужебные книги: Триодь Постная (1589), Триодь Цветная (1592 — 1594; 1604), Псалтирь (1591, 1602), Октоих (1594), Апостол (1597), Часослов (1598), Минея общая, Чиновник (1600) и другие. Все книги, кроме Псалтири, Апостола и Часослова, были изданы впервые.Несмотря на то, что на Руси в последние годы правления царя Бориса свирепствовал опустошительный голод, книги печатались, и эта работа рассматривалась церковной и государственной властью как важнейшее средство духовного образования россиян. К концу XVI века была покорена Москвою сибирская страна; возникли опорные миссионерские городки Тюмень и Тобольск.Русь издревле выработала способ христианского просвещения покоренных или осваиваемых земель — образование монастырей как центров культуры. Первые подвижники, стремившиеся привести к Богу души туземцев, терпели величайшие опасности, не ожидая при этом для себя никакой материальной выгоды. Так, содействием и по благословенью Патриарха Иова возникают монастыри, выдвинутые далеко на восток и в глубь Сибири — Спасский Енисейский (1593) и Николаевский Верхотурский (1604). По В. В. Зверинскому, в 1605 г. основана приходская Воскресенская церковь, в 1635 г. при ней основан монастырь Воскресенский Березовский (1635) и Знаменский Тобольский (1605). Царский двор содействовал Патриарху и предоставлял всевозможные льготы строителям этих монастырей: монахи и священнослужители, переселявшиеся в Сибирь, получали особое царское хлебное и денежное содержание.