Во вторник было создано четыре комиссии: три для экуменических сношений; первая же, и самая важная, для подготовки собора. Эта первая комиссия была составлена из всех глав делегаций, на основе коллегиального принципа.

На пленарном заседании 14 июня предложения, выработанные первой комиссией, были сообщены всем членам конференции. «Отныне православная Церковь», говорится в них, «видит свою цель в созыве в ближайшие годы «святого и великого собора». Вместо «предсобора» будет созван ряд подготовительных конференций на основе «повестки дня», согласованной на Родосе. Вся работа в целом будет координироваться «всеправославной комиссией для подготовки к собору», в которую будет входить епископ и советник (чаще всего светский богослов) от каждой Церкви–сестры. Комиссия распределит между Церквами рабочие темы, выбранные из «повестки дня», для их изучения и доработки. Затем она разошлет всему Православию результативные документы и доклады, для изучения и поправок. Как только эта работа будет закончена. Вселенский патриархат, после консультации с Церквами–сестрами, созовет подготовительную конференцию, которая, в свою очередь, выдвинет новый список тем для последующего этапа. Когда вся повестка дня, выработанная на Родосе, будет исчерпана, должен быть созван собор.

Для первого этапа были отобраны следующие темы:

1. Из главы «Вера и Догмат», источники божественного откровения

а) Священное Писание. Его богодухновенный характер. Авторитет второканонических книг Ветхого Завета. Научное издание византийского текста Нового Завета;

б) Священное Предание. Его пониятие и границы.

2. Из главы «Литургия». О большем участии верующих в литургической и иной жизни Церкви.

3. Из главы «Управление и устройство в Церкви». Приспособление правил поста к требованиям нынешней эпохи. 4. Препятствия к браку. 5. Проблема календаря. Изучение этой проблемы в контексте Решения Первого Вселенского Собора, касающегося даты Пасхи, и поиск к утверждению средств взаимопонимания между Церквами в этом вопросе. 6. Из главы «Икономия в православной Церкви». а) Точный смысл терминов «акривия» и «икономия» («акривия» – буквальное, строгое применение канонических правил; «икономия» – применение канонических правил с учетом конкретных ситуаций и проявлением любви и уважения к личности, принимая в расчет судьбы и жизненные ситуации); б) икономия: в таинствах (внутри и вне Церкви); в приеме еретиков, схизматиков и отделившихся братьев (через крещение, миропомазание или исповедание веры); в литургии . «Изучение этих тем было распределено следующим образом: первая возлагалась на Константинополь, вторая – на Болгарскую Церковь, третья – на Сербскую, четвертая и пятая – на Русскую и Элладскую одновременно, шестая – на Румынскую Церковь».