Но и это единение оказалось непрочным. После избрания митроп. Сергия на московский патриарший престол, Собор епископов Северо-Американской митрополии 26-27 октября 1943 года предложил митроп. Феофилу возносить его имя за богослужением, наряду с поминовением "Православного епископства гонимыя Церкве Российския..." и именем митроп. Анастасия. Митроп. Феофил вслед за тем издает распоряжение творить такое поминовение во всех храмах митрополии.

На Московский Собор 1945 года, для избрания патриарха, митроп. Феофил приглашения не получил, но тем не менее митрополия отправила свою делегацию с наказом испросить у Собора для Американской митрополии автономию и объяснить, что русские православные, как американские граждане, живущие полтора столетия в Америке, никакой лояльности советской власти обещать не могут.

Делегация прибыла в Москву только по окончании Собора. К совместному служению ее не допустили, объяснив, что американская иерархия находится под запрещением с 4 января 1935 года. Она уехала домой с Указом, в котором, среди прочего, содержалось требование к Американской Церкви с отказом от политических выступлений против Советского Союза.

Собор американских епископов в Чикаго в мае объявил, что принять этот Указ к исполнению он не может.

16 сентября 1945 года из Москвы в Америку прибыл делегатом от Московской Патриархии архиепископ Алексий. Он пробыл здесь до 5 марта 1946 года, внося смуту и беспокойство в церковную жизнь. Он усиленно добивался признания главой Американской Церкви патриарха Алексия и прекращения молитвенного и административного общения с Заграничным Синодом.

На Архиерейском Соборе 12-14 декабря 1945 года четверо из одиннадцати епископов высказались против признания патриарха Алексия своим главой и прекращения общения с Архиерейским Синодом. На одно из заседаний Собора прибыл и архиеп. Алексий и представил письменные условия объединения, первым из которых было требование разрыва с митрополитом Анастасием. "Это предварительное условие для снятия запрещения".

Собор ответил, что не признает самого запрещения, а потому отказывается обсуждать и условия его снятия. Но митроп. Феофил еще до Собора послал митроп. Анастасию телеграмму, в которой потребовал от него сложить свои полномочия Председателя Заграничного Синода и Собора и передать все русские приходы в Европе, Азии, Африке и Америке ему, митрополиту Феофилу.

На Соборе была оглашена ответная телеграмма митрополита Анастасия:

"Предложенное Вами воссоединение с Патриархией имеет не только духовный, но и канонический характер и обязывает Вас последствиями: оно возможно только после тщательного обсуждения вопроса на общем соборе. Подавляющее большинство архиереев, духовенства и верующих, эвакуировавшихся в Европу, решительно против единения с Патриархией, которая не свободна. Существование Синода необходимо для поддержания единства русских православных приходов заграницей и предотвращения анархии. Администрация Американской Церкви не может заменить Архиерейский Синод из-за отдаленности и недостаточной осведомленности в жизни заграницей".

Майский 1946 года Собор американских епископов назначил созыв Всеамериканского Собора клира и мирян на ноябрь в Кливленде. В период подготовки Собора церковные деятели, которые переехали в Америку из Европы, активно выступили за переход в Московскую юрисдикцию и за откол от Архиерейского Синода.

Хотя этот Собор сообщил Первоиерарху Зарубежной Церкви, что американский округ "будет продолжать братски сотрудничать с Заграничным Синодом", но фактически связь с Синодом стала только номинальной.

В итоге Кливлендский Собор вынес резолюцию: "Постановляем просить его святейшество Патриарха Московского воссоединить нас в свое лоно и пребывать нашим духовным отцом, при условии сохранения нашей полной автономии, существующей в настоящее время... Так как священноначалие патриаршее несовместимо с священноначалием Заграничного Синода Русской Православной Церкви, Американская Церковь прекращает какое-либо административное подчинение Заграничному Синоду... Нашей высшей законодательной инстанцией должны оставаться всеамериканские периодические церковные Соборы; на них мы вырабатываем свои уставы и всецело руководим своей жизнью".

Митроп. Феофил сообщил резолюцию Собора московскому патриарху Алексию. Патриарх телеграммой принимает его епископат и клир в общение и обещает прислать делегата для "миролюбивого обсуждения вопросов автономии". Митроп. Феофил в своем ответе выражает надежду на скорый Указ об автономии, но и против делегата "препятствий не имеет" и верит в мирный исход. Но, послав последнюю телеграмму, тут же пишет совершенно иное: "Вести какие-либо соглашения или ставить какие-либо условия — бесполезно... нет смысла в личном разговоре... красные слова мало имеют силы".

Когда же в Америку приехал как делегат Патриархии митроп. Григорий (июль 1947), митроп. Феофил, официально уже принятый патриархом Алексием, не захотел с ним даже встретиться для разговора. Митроп. Григорий терпеливо дожидался встречи, запрашивал митроп. Феофила, где и когда будет ему угодно встретиться. Ответа не было. Через десять дней митроп. Григорий отправляет ему телеграмму. Опять молчание. Тогда митроп. Григорий посылает Указ "духовного главы", т.е. патриарха Алексия, объясняя, что он прибыл от автора Указа с проектом самой широкой автономии, предельной, какая допускается канонами.