Во дворец императора в Константинополе были призваны представители всех христианских толков, и им было объявлено, что христианство как официальная религия отменяется, но что государство не запрещает никакой толк. Римский историк Аммиан Марцеллин (ок. 330—400), язычник, сторонник политики Юлиана, объяснял эту тактику императора тем, что тот считал, что «не было зверей более страшных, чем христиане по отношению друг к другу». Ту же цель преследовала отмена всех ссылок, к которым приговаривали церковные соборы. Возвращение опальных епископов должно было привести к смутам, поскольку их кафедры были заняты. По распоряжению Юлиана епископы, возвратившиеся из изгнания, занять прежнюю должность не могли. Но в Александрии ко времени прибытия туда Афанасия кафедра оказалась свободной, и он стал исполнять свои обязанности. Разгневанный этим Юлиан велел изгнать его из Александрии, а вскоре —и из Египта. Афанасий скрылся в пустыне. Юлиан запретил христианам преподавательскую деятельность, по отношению к ним чинились беззакония, у них отбиралось имущество. Когда они жаловались, Юлиан издевательски отвечал: «В вашем законе говорится: Кто захочет взять у тебя рубашку, отдай ему и верхнюю одежду. Без имущества вам легче войти в царство небесное». В августе 363 г. Юлиан был убит в сражении.

Преемник Юлиана, Флавий Иовиан, был христианином. Он вызвал Афанасия к себе в Антиохию и встретил его с большим почетом. Затем Афанасий вернулся в Александрию, а Флавий в феврале 364 г. умер по пути в Константинополь, и императором стал офицер его охраны Валентиниан. Он сделал соправителем своего брата Валента, поручив ему управление Востоком. Подобно Константу и Констанцию, Валентиниан стал на сторону никейцев, а Валент — на сторону ариан. Валент издал эдикт, направленный против епископов, изгнанных при Констанции и занявших теперь свои кафедры. Афанасию вновь пришлось покинуть Александрию. В течение четырех месяцев он скрывался в гробнице своего отца. Но популярность его в народе настолько возросла, что император был вынужден уступить настойчивому требованию населения Александрии и восстановить Афанасия в должности. Закончилось его последнее изгнание, и до самой смерти 2 мая 373 г. он оставался на своем престоле.

После смерти Афанасия клир избрал архиепископом его брата Петра. Василий Великий (329—378), архиепископ Кесарии Каппадокийской, один из крупнейший деятелей восточной церкви, и римский папа Дамас тотчас признали Петра. Однако Валент желал, чтобы кафедру занял глава александрийских ариан Лукий. По приказу последнего полиция во главе с префектом в сопровождении толпы ариан ворвалась в церковь Феоны, и вновь в ней, как и 17 лет назад, разыгрались сцены насилия и убийства. Девственниц насиловали, влачили обнаженными по улицам города, убивали. Лукий занял кафедру. Начались преследования недовольных среди священнослужителей и мирян. Их арестовывали, ссылали в рудники. В рудник в Фэно был сосла ндаже посланник папы, прибывший в Александрию, чтобы поздравить Петра по случаю избрания. Все восточные кафедры при Валенте были отданы арианам. Его эмиссар в Египте Магн низложил одиннадцать епископов и выслал их в Палестину. Некоторые из них отправились в Антиохию к императору с жалобой, но тот велел сослать их в Неокесарию — область на севере Малой Азии. Петр бежал в Рим к папе Дамасу.

По декрету Валента монахи были признаны военнообязанными. В монастыри Нитрийской пустыни была послана военная экспедиция с целью захвата монахов. Проводниками солдат стали арианские священники. В результате было схвачено пять тысяч монахов.

Между тем, во Фракии вспыхнуло восстание вестготов, которые поселились там около 376 г., оттесненные гуннами. Предоставив вестготам убежище во Фракии, Валент обещал снабжать их пропитанием, но римская администрация не заботилась об этом, и терзаемые голодом поселенцы восстали. Военные действия приняли настолько серьезный оборот, что Валенту самому пришлось отправиться на войну. То ли предчувствуя опасность, то ли из суеверия он отдал приказ о возвращении из ссылки всех священнослужителей. 9 августа 378 г. в битве с готами римская армия потерпела жестокое поражение, а Валент таинственным образом исчез. Ходили слухи, что его перенесли в хижину, чтобы перевязать раны, а хижина сгорела. Во всяком случае, тело его найдено не было. Император Западной империи Грациан, горячий сторонник православия, подтвердил указ Валента о возвращении священников. Петр поспешил вернуться в Александрию. Едва он там появился, как вспыхнуло народное восстание против ариан, и Лукий был изгнан.

Грациан провозгласил одного из своих военачальников, Феодосия, августом и поручил ему управление Восточной империей; это был будущий Феодосий Великий (379—395). В начале 380 г. он принял крещение от епископа Ахолия, приверженца никейского Символа веры. 27 февраля Феодосий издал эдикт, который предписывал всем исповедовать религию, «которую апостол Петр некогда преподал римлянам, и которой в настоящее время держатся папа Дамас и Петр, епископ александрийский, муж апостольской святости». Все прочие объявлялись еретиками.

После кончины Петра в 380 г. александрийским патриархом был избран Тимофей. В том же году на соборе в Константинополе было осуждено учение константинопольского патриарха Македония, полуарианина, отрицавшего божественность Святого Духа. Тимофей, по отзыву Созомена, был душой этого собора. Преемником Тимофея в 385 г. стал Феофил. При нем произошла знаменитая осада Серапеума, которую, в частности, описал Георг Эберс в своем романе «Сестры».

В Александрии стоял бывший языческий храм, при императоре Констанции перестроенный для арианского богослужения. Феофил занялся переделкой его в православный храм. При этом были обнаружены предметы языческого культа, в том числе дарственные приношения за исцеление в виде изображений разных частей тела, в том числе непристойных. Для обличения язычников Феофил велел пронести изображения по городу. Это вызвало мятеж язычников. Во время уличного боя они были оттеснены и забаррикадировались в Серапеуме, храме Сераписа, в котором находилась гигантская статуя этого бога, как передают, чудо искусства. Этот огромный храм вместе с подсобными строениями стоял на искусственном холме, и к нему вела лестница в сто ступеней. Язычники совершали временами вылазки и захватывали христиан, которых пытками принуждали к отречению; некоторые при этом погибали. О происходящем уведомили императора Феодосия, который не стал карать мятежников, но велел уничтожить культ Сераписа, и статуя была уничтожена.

Преемником Тимофея в 412 г. стал его племянник, Кирилл I Великий. Он приобрел такой авторитет и такую власть, что враги прозвали его «фараоном». Он стал организатором третьего вселенского собора, созванного по поводу несторианской ереси, и председательствовал на нем. Вместе с ним на соборе был и упомянутый выше архимандрит Шенуте, виднейший деятель коптского христианства.

Константинопольский патриарх Несторий утверждал, что Сын Божий только обитал в человеке Иисусе Христе, почему Деву Марию следует называть не Богородицей, а Христородицей. Несторий рассылал свои письма по египетским монастырям. Призыву Кирилла вернуться к православию Несторий не внял, и тогда Кирилл обратился с посланиями к императору Феодосию II (408—450), его супруге Евдокии, его сестре Пульхерии и к папе Селестииу I. По велению императора в 431 г. был созван собор в Эфесе, городе, в котором прошли последние годы жизни Девы Марии. Собор утвердил 12 анафематизм, представленных Кириллом, осудил Несто- рия и вместо него избрал константинопольским патриархом Максимиаиа.

После Кирилла александрийским патриархом стал Диоскор (444—451), о котором говорили, что «один фараон наследовал другому». Он председательствовал на новом Эфесском соборе, созванном в 449 г. Поводом к собору послужило следующее. Константинопольский патриарх Флавиаи созвал в 448 г. поместный собор по поводу обвинения в ереси епископом Евсе- вием архимандрита одного из монастырей близ Константинополя Евтихия. Последний, ссылаясь на Кирилла и Афанасия, утверждал, что во Христе было два естества, божеское и человеческое, «до соединения», а после соединения и воплощения «уже ие два естества, а одно», иными словами, в Иисусе Христе после соединения человеческое естество было поглощено божественным, которое имело только видимый человеческий образ. Таким образом, тело Христа ие было единосущным телу людей. Признание одного, божественного естества во Христе, — основа монофизитства, вероучения, которого до сего дня придерживается коптская церковь.

Собор обвинил Евтихия в «смешении и слиянии» и лишил его саиа. Однако египетское и вообще восточное монашество в массе своей оказалось на стороне Евтихия. По инициативе Диоскора был созван вселенский собор, в котором участвовало всего 138 человек. Хотя на соборе присутствовали представители папы Льва I, патриархи Константинополя, Антиохии и Иерусалима, сила была на стороне Диоскора. Он отверг предложения о постановке вероисповедального вопроса, и дело свелось к оправданию Евтихия и обвинению его сторонников. Папа Лев I был отлучен. Решение было принято под явным давлением Диоскора, который угрожал даже военным вмешательством. В историю православной церкви этот собор вошел как «разбойничий».

В 450 г. скончался Феодосий II, который поддерживал Диоскора, и на престол вступил Маркиан, сторонник папы Льва. В 451 г. был созван новый вселенский собор. Местом его проведения была назначена Никея, ио поскольку туда стеклось множество сторонников Диоскора, главным образом, монахов, Маркиаи велел перенести собор в Халкедон. Диоскор на собор не явился и после троекратного приглашения был низложен за неявку и за отлучение папы Льва. Главная цель — низложение Диоскора — была достигнута, а обвинить его в еретических взглядах опасались, потому что у него было много сторонников иа Востоке, особенно в Египте и среди монашества. В поддержку решений Халкедоиского собора император издал в следующем году эдикт, который под страхом изгнания, лишения сана и звания запрещал всякие публичные диспуты о вере. Против монофизитов были приняты строгие меры: им запретили собрания, организацию монастырей; они лишались права завещания и наследования; их книги сжигались, распространителям книг грозила конфискация имущества и ссылка. Преследование монофизитов вызвало на Востоке массовое недовольство. В Палестине вспыхнуло народное восстание, зачинщиком которого стал египетский монах Феодосий во главе десяти тысяч монахов. Иерусалимский епископ Ювеиал был изгнан, и Феодосий занял его место.

В Египте смещение Диоскора вызвало бурю протеста. Египтяне отказались принять присланного вместо него патриарха Протерия. Кончина Диоскора в 454 г. не изменила ситуации, волнения продолжались. Протерий был водворен военной силой, и губернатор принял для подавления мятежа жесткие меры. Но в 457 г. священник Тимофей Элур и диакон Петр Монг с восставшими ворвались в церковь, где Протерий пребывал под охраной, и убили его, а Элура избрали патриархом. По приказу императора Льва I (457—474) ои был, однако, сослан.