About a year after leaving the throne, Nikon recalled, the tsar sent a messenger to warn him about the Tatar raid and asked him to take refuge in the Makariev Kalyazin Monastery, which had strong walls. Knowing the temper of the Quietest, the disgraced patriarch suspected a trap and replied sharply: "Rather than go to Kalyazin, it is better for me to be in the Conception Monastery, which is in the corner of Kitay-Gorod!"

- About which His Holiness the Patriarch of the Zachateya Monastery says that it is better than the Kalyazin Monastery? asked the king's envoy.

"The one," Nikon answered, "is on the Barbarian Sacrum under the mountain at the Conception.

"Well, it's a prison, not a monastery," the messenger objected.

"So tell the great sovereign," said Nikon, "that I am going to the Conception Monastery to report on my needs.

Hastily arriving at Moscow, he stopped at the Iberian metochion and informed the tsar that he wished to talk with him, give his blessing and go back as soon as the Tatar danger ended. Then the tsar and the boyars were frightened, began to hold a council among themselves, and on the first day Nikon was not allowed into the palace. On the second day, after consulting, they sent the Duma clerk Almaz Ivanov to the Patriarch to ask what he wanted to talk about with the Emperor. Nikon refused to answer the clerk and did not give his blessing to the tsar in absentia; He was very anxious and did not eat anything until the evening of the third day, when, after stormy disputes in the palace, he was nevertheless invited to the Emperor.

Accompanied by crowds of people rejoicing over the return of the archpastor and the retreat of the Crimean Tatars, Nikon marched into the palace. The Tsar met him on the front porch and escorted him to the chamber, where they talked about the sovereign's family, military affairs and soul-saving things, as before. Then Nikon went to the Tsarina and the children of Alexei Mikhailovich, lingering on the women's side until four in the morning in prayers. Not a single word was said about his return. Refusing to come to the morning feast in the palace, Nikon left the capital at dawn, where he imagined conspiracies at every step.

But the enemies did not lag behind a single step and almost caught up in the safest, it would seem, place: in the Monastery of the Cross on the White Sea, where Nikon built the stone cathedral church of the Exaltation of the Cross and dug a great well in the wild stone ("on Kiy Island the scarcity of water was considerable"). His cell-attendant to Theodosius turned out to be sent by Metropolitan Pitirim of Krutitsa and Archimandrite Paul of Chudov. They promised Theodosius the rank of Metropolitan of Novgorod if he poisoned Nikon. Once Theodosius presented the disgraced Patriarch with a drink in a crystal mug, and Nikon poured out the poison, saying: "The drink is much cloudy, pour fresh drink." Only by chance was Theodosius seen preparing a vicious poisonous potion, captured and interrogated.

The handwritten confession of the agent Pitirim and Paul was sent to Moscow by order of Nikon, and Theodosius and his accomplice were also sent there. The tsarist investigators fully confirmed the existence of a conspiracy against Nikon's life, but his enemies, the church hierarchs, got away with it. Theodosius alone was executed. In response, Nikon declared that he had left only the Moscow patriarchal throne, but did not renounce the rank of patriarch, that all the bishops who had been ordained by him should revere him, and Pitirim of Krutitsa had illegally committed adultery.

Не хотел и царь оставить Никона в покое. Алексей Михайлович крайне обеспокоился доносом дворянина Романа Бобарыкина, будто бывший патриарх проклинает самодержца и поет на молебне неприличные псалмы: «Да будет двор его пуст, и жена его вдова, и чада его сироты», и подобные. Немедля в Москве был созван собор русских и иностранных архиереев, постановивший сослать Никона в дальнюю и жестокую ссылку; но единомыслия не было — один или два архиерея настаивали на расследовании. Царь согласился с последними.

Царский прихвостень Паисий Лигарид, митрополит Газский, с толпой духовных лиц и придворных, с воинством полковника Василия Философова окружил Воскресенский монастырь. Они не стали слушать объяснения Никона, что он проклинал не царя, а своего супостата Романа Бобарыкина, оттягавшего в суде часть монастырской земли. На месяц, пока велось жестокое следствие, монастырь был заперт и окружен стражей, а его мирские работники томились в тюрьме в колодках. Следствие ничего не дало, но Новый Иерусалим остался под стрелецкой охраной.

Никон видел, что его попытка уйти от мира несостоятельна. То и дело в монастырь по новым доносам набегали следователи. Царя особенно волновало пребывание в Новом Иерусалиме множества иноземцев — греков, поляков, украинцев, белорусов, новокрещеных немцев и евреев, монахов и бельцов, с которыми Никон вел довольно откровенные беседы о положении Православной церкви в России. Выговоры из Кремля сыпались на Никона один за другим, однако царь не забывал посылать своему бывшему другу и наставнику множество гостинцев, которые Никон делил с братией за общей трапезой.

Эта непоследовательность великого государя склонила Никона к мысли поддаться на уговоры хитроумного царского придворного Никиты Зюзина, писавшего в Новый Иерусалим, что Алексей Михайлович через своих приближенных — Афанасия Лаврентьевича Ордина–Нащокина, Артамона Сергеевича Матвеева и других — выражает настойчивое желание, чтобы патриарх вновь занял свое место в столице. Никон опасался коварства своих врагов, но в посланиях Зюзина царская воля была изложена весьма убедительно и подробно. Указывалось число, когда патриарх должен прийти к Москве, и время — к воскресной заутрене; говорилось, что Никон должен представиться у городских ворот архимандритом Саввино–Сторожевского монастыря.

В Успенском соборе, сев на патриаршее место и опершись на оставленный там при сошествии с кафедры посох святого Петра митрополита, Никон должен был принять одну за другой три делегации царских посланных и наконец взять из их рук ключи от патриаршего дворца. На этом затянувшуюся ссору царя и патриарха считалось возможным прекратить. Не без колебаний Никон поддался убеждениям Зюзина и поехал в столицу, выполняя все данные ему от имени царя предписания.