Все обвиняемые, однако, несмотря на усилия следователей, категорически отказались признать наличие каких бы то ни было религиозных мотивов в убийстве. «Вы в Бога веруете?» — спросил следователь Григория. Тот только выругался в ответ.

В конце апреля 1923 года выездная сессия Московского Губернского суда в Волоколамске рассмотрела дело в публичном заседании. Суд продолжался в течение двух дней с утра и до позднего вечера, и его ход освещался в центральных газетах. Процесс проходил в городском театре. Протодиакона Николая приводили на суд под усиленным конвоем, но в зале суда он сидел отдельно от остальных обвиняемых. Центральная газета «Известия» так описывала этот процесс. Одним из последних был допрошен протодиакон волоколамского собора Цветков. Его в округе считают чуть ли не за святого. Он раздавал бедным девицам «счастливые» рублики. И был также всеобщим молитвенником. В данном деле предварительным следствием было выяснено, что Цветков неоднократно отзывался о покойном Семенове как о чернокнижнике и человеке, в котором сидит дьявол. Давая показания суду, протодиакон отрицает какое‑либо участие в подстрекательстве к убийству. Он будто бы всегда проповедовал идею всепрощения и любви к ближнему. Все же, в конце концов, подсудимому приходится признаться, что он относился враждебно к толстовскому учению и недолюбливал Семенова, который был последователем и распространителем этого учения.

На суд защитой были вызваны крестьяне, которые пытались показать в пользу протодиакона Цветкова, характеризуя его добрым, отзывчивым человеком, помогавшим бедным и обездоленным.

Старшая дочь Григория Вера показала, что ходила к волоколамскому святому протодиакону Цветкову, который сказал ей о Семенове: «Раз он своих детей не крестит, в церковь не ходит, икон дома не держит, стало быть, в нем дьявол, дьявольская сила».

Спрошенный о том, протодиакон ответил: «Не упомню… может, и говорил насчет дьявола… Счастливые рубли давал молодым девицам… и старым девам, многодетным…» Судья, прочитав отрывок из дневника, в котором протодиакон записал свои помыслы, стал спрашивать, каким образом он согрешил с девицей. Отец Николай в ответ на это вздохнул и спросил: «А там как написано, в помыслах или на деле?»

Судья снова стал зачитывать отрывки из дневника подвижника, стараясь его всячески высмеять. Отец Николай спокойно и с достоинством отвечал, что в дневнике изложены его мысли. Он уже не пытался оправдаться, он видел, что его решили осудить, и принял все происходящее как волю Божию. Он не подходил новой власти, и она решила его уничтожить.

Девять часов совещался суд, прежде чем принять решение о виновности и степени наказания подсудимых. Наконец был зачитан приговор, в котором обвиняемые были приговорены к десяти, девяти и восьми годам заключения. Протодиакон Николай был приговорен к десяти годам тюремного заключения и к трем годам ссылки.

После приговора отец Николай содержался в тюрьме в Волоколамске. В это время умерла от тифа его старшая дочь, которой был тогда двадцать один год. Отец Николай просил администрацию тюрьмы отпустить его проститься с дочерью, но ему не позволили, и дочь похоронили без отца.

Вскоре протодиакона Николая перевели из Волоколамска в пересыльную тюрьму в Москве, а затем — в Лефортовскую тюрьму, где он пробыл шесть лет, из них два года — в одиночной камере. Зимой камера не отапливалась и стены покрывались инеем. Вместо отопления, вносили жаровню с горящими угольями, которая давала мало тепла, но зато нещадно чадила, и от угарного дыма вскоре начинала болеть голова.

Через некоторое время администрация тюрьмы позволила передать узнику иконки, восковые свечи, кое–какие книги; в тюрьме он много молился и вполголоса служил молебны. Ему разрешили вести переписку. Верующая благочестивая девушка однажды написала ему: «Я хочу подражать святым девам». «Вы пишете мне, что вы хотите подражать святым девам, — написал в ответ отец Николай. — Это гордость, гордость. Нам бы хоть немно–ожко быть похожими на них».

В 1929 году протодиакон Николай был по амнистии освобожден. За время его заключения власти отобрали дом, где жили его жена с дочерью, и они уехали в Москву. Отец Николай поселился в селе Ярополец неподалеку от Волоколамска у своего брата, диакона Сергия, служившего в местном храме. Затем он жил у своих духовных детей то в Москве, то в Волоколамске, то в селе Парфеньково, опасаясь находиться на одном месте продолжительное время, чтобы не подвергнуть неприятностям приютивших его хозяев. Весть об освобождении протодиакона Николая быстро облетела окрестности, люди стали идти к нему, прося помолиться, испрашивая совета. Вскоре об этом узнали власти и искали удобного случая, чтобы арестовать праведника.

24 сентября 1931 года председатель Парфеньковского сельсовета Василий Юдин пришел в дом председателя церковного совета Казанской церкви в селе Парфеньково Марии Шишаевой, у которой в то время остановился отец Николай, и арестовал его. Вместе с ним была арестована насельница уже закрытого Бородинского монастыря Прасковья Булеева, которая пришла в этот день к Марии, чтобы помочь ей убрать картофель. Когда узнали об аресте отца Николая и послушницы, к дому Марии стали приходить верующие, пытаясь убедить председателя сельсовета освободить ни в чем не повинных людей, и говорили ему: «Зачем забираешь нашего отца, он никому ничем не мешает».

В тот же день председатель сельсовета отправил арестованных к уполномоченному Волоколамского ОГПУ, послав с ними сопроводительную записку, в которой писал: «Настоящие господа держали прочную связь с председателем церковного совета Марией Шишаевой, каковая во время ареста устроила целую демонстрацию. Подробно мы можем поговорить после, наедине, но только, пожалуйста, избавьте нас от этих гостей, которые держат всю несознательную бедноту в своих руках».

Арестованные протодиакон Николай и послушница Прасковья были заключены в Волоколамскую тюрьму. 29 сентября власти допросили отца Николая. Отвечая на вопросы следователя, отец Николай сказал: «Мария Владимировна Шишаева попросила меня заехать к ней денька на два, то есть до 25 сентября. Я исполнил ее просьбу и остановился у нее. Пробыв у нее два дня, я был задержан председателем сельсовета и отправлен в милицию. Со мной вместе была задержана Прасковья Николаевна Булеева из села Гарутино, которая работала у Марии Владимировны Шишаевой. Меня многие желали повидать и поговорить со мной, но из‑за боязни — разговаривать остерегались, чтобы не повредить мне».