В это число не входил грузинский экзархат с 13 епархиями, присоединенный к синодальному управлению в 1783 году.

Замещение архиерейских вакансий производилось Синодом, который представлял избранных кандидатов (вначале двоих, а с 1822 года — троих) для Высочайшего утверждения одного из них к поставлению.

В пределах своей епархии епископ был совершенно самостоятельным, главой всех епархиальных учреждений и всего духовенства.

Органы епархиального управления долгое время оставались прежними. Коллегиальная система, данная Петром I высшему церковному управлению, была перенесена на епархии только в 1744 году. Вместо архиерейских приказов велено было учредить Консистории, существовавшие раньше только в южнорусских епархиях. Консистории представляли собой как бы канцелярию епископа.

В 1883 году Консистории получили новый устав. Согласно ему, "духовная Консистория есть присутственное место, через которое, под непосредственным начальством епархиального архиерея, производится управление и духовный суд в поместном пределе православной российской церкви, именуемой епархией".

При образовании Консисторий ее членами могли быть только монашествующие. Позднее получили доступ и представители белого духовенства. Консистории делились на присутствие и канцелярию. Они находились в ведении Синода и их начальник назначался Синодом.

Вспомогательными учреждениями и лицами у архиерея были:

* викарии, * благочинные с благочинническими советами, * епархиальные попечительства о бедных духовного звания (учреждены в 1823 году при Консисториях), * депутаты. Депутатами были духовные лица, вызываемые для следствий о духовных же лицах, члены училищных и общеепархиальных съездов, присутствующие в заседаниях земств и городских дум при разбирательстве дел, связанных с церковными землями. В качестве хозяйственного епархиального управления при епископе имелся т.н. архиерейский дом. Если при Петре I в России насчитывалось 15 миллионов православных, то при Николае II их было 115 миллионов. Если в патриарший период Русская Церковь имела 20 епархий с двадцатью же епископами, то к концу императорского периода (синодального) в ней было 64 епархии и 40 викариатств с более чем 100 епископами. Со времени Петра I благочиннические обязанности стали поручаться особым лицам, уже не выборным, а определяемым на должность самим архиереем. Благочинные заменили выборных поповских старост, выполнявших финансовые обязанности (до 1764 года, когда были отменены архиерейские сборы с духовенства). С конца XVIII века появилась новая должность благочинных над монастырями (из почетнейших настоятелей монастырей). В 1766 году Синод добился смягчения административных наказаний: последовал Указ об отмене по духовному ведомству телесных наказаний для всех священнослужителей белого и черного духовенства. Появились архиереи нового склада, старавшиеся поднять духовенство из его приниженного состояния. Особенно выделялся в этом отношении святитель Тихон (Соколов), епископ Воронежский. Он еще до синодального указа отменил в своей епархии телесные наказания духовенства. Преимущественное внимание епископов было обращено на воспитание юношества. Пока духовные училища не были открыты в каждой епархии, для испытания и обучения ставленников определены были при каждом епископе два экзаменатора. Заведывание монастырями и иконописанием было поручено строгому надзору епископов. Подтверждено было правило, чтобы епископ обозревал епархию, по крайней мере, раз в два года, если не каждый год. Существовала проблема, вызванная традицией передавать священнические места своим детям, и проблема, связанная с претензией прихожан располагать церковными должностями по их произволу. Полномочия епархиальной власти, согласно законам Петра I, должны были распространяться на все церковные учреждения и всех лиц епархии, без исключения. Но таковые (исключения) остались. Кроме ставропигиальных монастырей, из круга епархиального ведомства было выделено придворное духовенство, подчиненное непосредственно Синоду в лице протопресвитера, духовника Их Величеств. В особое ведомство при Павле I было выделено военное духовенство. В прежние времена оно находилось в подчинении епархиального начальства по месту расположения воинских частей. При Павле I в 1800 году учреждена была должность постоянного обер-священника, который был поставлен во главе всего духовенства армии и флота.