Дойдя до этого места в изложении жизни Алексия, Пахомий сразу пропускает несколько десятков лет, и читатель находит Алексия уже в Константинополе, поставленного митрополитом Киевским и всея Руси [465]. Пропущено даже описание периода жизни Алексия, начиная с его прихода в Богоявленский монастырь, знакомства со Стефаном, братом Сергия до поставления его Феогностом в сан епископа Владимирского и даже до всего того, что непосредственно предшествовало поездке в Константинополь [466].

Зато подробнее освещается в «Житии» то время, когда злочестивый царь Бердебекъ, избивь братью свою 12, лютъ сии зело немилостивъ, покушаашеся и на хрестианьство ити. […] Сиа же слышавше православие, въ страсе утешняемо бяше, ведяще буость варвара того. И тогда великий князь Иван, возложив всю надежду на Бога, умолил Алексия ити въ Орду къ злоименитому царю, яко да утолитъ гневъ. И Алексий отправился в Орду и сумел смирить гнев безбожных татар, и они дивились премудрости святителя и высоко оценили его ум.

Следующий эпизод «Жития» Алексия. — приход его в Троицу к Сергию с просьбой дать ему в помощь одного из своих учеников, потому что он, Алексий, задумал основать в Москве монастырь во исполнение обета, данного во время бури на море при возвращении Алексия из Константинополя на Русь, о чем см. выше. Существенно свидетельство явленной при встрече любви Алексия к Сергию — «Възлюбленне, едино хощу просити у тебе благодетельство, яко да дарует ми духовная ти любовь».

Далее, естественно, «Житие» сообщает с подробностями о воздвижении Андроникова монастыря, к чему присовокупляется и рассказ о воздвижении при приезде Алексия в Нижний Новгород каменной церкви Благовещения, о воздвижении во Владимире храма во имя равноапостольного Константина и матери его Елены.

И тако сему бывающу, — продолжает «Житие», — и за премногую святого премудрость и слова разумное и съ всеми благоприветливое, наипаче к Богу молебное, и житиа великое повсюду о немъ, больми слова происхождааше, не токмо во своих странах или окрестных, но и в далных и безбожных татаръ, иде же Христос незнаемъ бяше, у Христовъ служитель Алексия хвалимъ бывааше, и промежю техъ святого Алексия имя яко же некое священие обношаашеся.

Так молва об Алексии дошла и до татарского царя Амурата, и он обратился к великому князю Димитрию Ивановичу, моля его, яко да послать человека Божiа Алексиа, въ еже помолитъ Бога о царици, яко да прозритъ […]. И обещал — И аще исцелеет царица, миръ имети имаши съ мною. Но и предупредил: Аще ли не пустиши его, то имамъ землю твою пленити. И хотя Алексий в ответ на просьбу великого князя сказал, что это прошение и дело выше его меры, он с надеждою на Бога отправился в Орду. В церкви, где Алексий перед отъездом пел молебен, внезапно сама по себе возгорелась свеча, и это был первый знак благого исхода всего предприятия. А пока Алексий добрался до Орды, царице снился сон. Она видела во сне митрополита Алексия, пришедшего в архиерейском одеянии, и священников, одетых сообразно их сану. И яко же виде того блаженаго и створие по тому же образу ризы святительскые и всемъ прочимъ священникомъ. Готовился к приезду Алексия и царь, который сретаеть его с великою честью и дароношениемъ (И бяше видети реченное: «Левъ и агнець вкупе почиютъ», — не удерживается Пахомий от известной паремии). Алексий, имея при себе свечу, которая зажглась само собою, совершил молебно пение и покропил царицу святою водой, и она в томъ часе прозре. С великой честью и богатыми дарами провожали Алексия в Орде. С радостью и честью, принося Богу хвалу, встречали его в Москве. И от того часа имеаху велика и славна быти пред Богомъ. После этого откровениемъ Божиимъ Алексий и задумал воздвигнуть церковь во имя архистратига Михаила и честнаго его чюдесе, еже и бысть. Здесь же был воздвигнут и придел во имя Благовещения Богородице и ту себе гробъ заложи своима рукама. Церковь же была всяческыми добротами украшена — иконами же и книгами и инеми утварми. Если бы не был Алексий угодником Божиим, — рассуждает Пахомий Логофет, — не внушил бы он такую веру к себе варвару. Серией соответствующих случаю цитаций составитель пытается подтвердить им сказанное и закрепить это в сознании читателя. Алексий — человекъ Божий, и это определение теперь приобретает почти формальную силу.А между тем Алексий был уже стар и виде себе от старости изнемогша и ко къньцу уже приближающуся. Тогда–то он и призывает к себе самого достойного из тех, кто мог бы по недолгом времени занять освободившую митрополичью кафедру — Сергия. В подтверждение серьезности этого предложения Алексий повелел вынести крестъ с парамандом, златом же и бисеромъ украшенъ и дарует его преподобному. Следует уже известный ответ: «Прости мя, владыко, яко от юности моеа не бых златоносець, въ старости же наипаче хощу в нищете пребывати». Алексий просит Сергия исполнить послушание и принять его благословение. «Да будет тебе известно, зачем я призвал тебя», — примерно с такими словами обращается Алексий к Сергию, и тот, обладая редким провидческим даром и, к тому же, не будучи спрошен, отвечает вопросом на обращение Алексия — «И како могу ведети?» Алексий подробно объясняет свое намерение видеть после себя на митрополичьей кафедре именно его. Ответ Сергия со словами, что просьба Алексия «выше моея веры есть», известен.Надежда и упование митрополита не осуществились. Алексию пришлось отказаться от своих планов. Оставалось надеяться, но, конечно, уже в ином плане, на великого князя. Перед смертью Алексий призывает его к себе, дает милость, мир и благословение ему, всем благоверным князьям и боярам, вельможам и всем православным, и целова, их конечнымъ целованиемъ, и нача собе молитву творити отхождениа душа своея. Еще же молитве во устехъ его, душа же от тела исхождаше, самому рукы на небо въздеющи, и тело убо честное на земли оста.«Житие» завершается похоронами Алексия. Присутствующих поражало, что, когда уже жизнь полностью ушла из тела покойного, лице же его светящеся, аки светъ, а не яко же обычаи есть мертвымъ, но аки солнце просветися. Все скорбели. По отпевании князь Димитрий Иванович своими рукама святое его тело гробу предаша.К «Житию», составленному Пахомием, приложен текст на обретение честного телесе святого чюдотворца Алексиа. Он состоит из двух частей. Первая посвящена собственно обретению тела. Как граду, на верху горы стоящему, не укрыться, так и «светилнику не под землею быти, но всеми видиму быти». Это и произошло, когда была вскрыта гробница и увиденное было воспринято всеми как чудо:[…] и абие обретоша тело блаженаго Алексиа цело и невредимо, и ризы его не истлевше. О превеликое чудо! Толикымъ летомъ минувшимъ, святому въ гробе лежащу, не изменися святое его тело и ризы его яко въчера оболчены […] И сему светильнику не мощно на толико летъ съкровену быти под землею. Се же все бысть всемудраго Бога промышлениемъ.