Дойдя до этого места в изложении жизни Алексия, Пахомий сразу пропускает несколько десятков лет, и читатель находит Алексия уже в Константинополе, поставленного митрополитом Киевским и всея Руси [465]. Пропущено даже описание периода жизни Алексия, начиная с его прихода в Богоявленский монастырь, знакомства со Стефаном, братом Сергия до поставления его Феогностом в сан епископа Владимирского и даже до всего того, что непосредственно предшествовало поездке в Константинополь [466].

Зато подробнее освещается в «Житии» то время, когда злочестивый царь Бердебекъ, избивь братью свою 12, лютъ сии зело немилостивъ, покушаашеся и на хрестианьство ити. […] Сиа же слышавше православие, въ страсе утешняемо бяше, ведяще буость варвара того. И тогда великий князь Иван, возложив всю надежду на Бога, умолил Алексия ити въ Орду къ злоименитому царю, яко да утолитъ гневъ. И Алексий отправился в Орду и сумел смирить гнев безбожных татар, и они дивились премудрости святителя и высоко оценили его ум.

Следующий эпизод «Жития» Алексия. — приход его в Троицу к Сергию с просьбой дать ему в помощь одного из своих учеников, потому что он, Алексий, задумал основать в Москве монастырь во исполнение обета, данного во время бури на море при возвращении Алексия из Константинополя на Русь, о чем см. выше. Существенно свидетельство явленной при встрече любви Алексия к Сергию — «Възлюбленне, едино хощу просити у тебе благодетельство, яко да дарует ми духовная ти любовь».

Далее, естественно, «Житие» сообщает с подробностями о воздвижении Андроникова монастыря, к чему присовокупляется и рассказ о воздвижении при приезде Алексия в Нижний Новгород каменной церкви Благовещения, о воздвижении во Владимире храма во имя равноапостольного Константина и матери его Елены.

И тако сему бывающу, — продолжает «Житие», — и за премногую святого премудрость и слова разумное и съ всеми благоприветливое, наипаче к Богу молебное, и житиа великое повсюду о немъ, больми слова происхождааше, не токмо во своих странах или окрестных, но и в далных и безбожных татаръ, иде же Христос незнаемъ бяше, у Христовъ служитель Алексия хвалимъ бывааше, и промежю техъ святого Алексия имя яко же некое священие обношаашеся.

Так молва об Алексии дошла и до татарского царя Амурата, и он обратился к великому князю Димитрию Ивановичу, моля его, яко да послать человека Божiа Алексиа, въ еже помолитъ Бога о царици, яко да прозритъ […]. И обещал — И аще исцелеет царица, миръ имети имаши съ мною. Но и предупредил: Аще ли не пустиши его, то имамъ землю твою пленити. И хотя Алексий в ответ на просьбу великого князя сказал, что это прошение и дело выше его меры, он с надеждою на Бога отправился в Орду. В церкви, где Алексий перед отъездом пел молебен, внезапно сама по себе возгорелась свеча, и это был первый знак благого исхода всего предприятия. А пока Алексий добрался до Орды, царице снился сон. Она видела во сне митрополита Алексия, пришедшего в архиерейском одеянии, и священников, одетых сообразно их сану. И яко же виде того блаженаго и створие по тому же образу ризы святительскые и всемъ прочимъ священникомъ. Готовился к приезду Алексия и царь, который сретаеть его с великою честью и дароношениемъ (И бяше видети реченное: «Левъ и агнець вкупе почиютъ», — не удерживается Пахомий от известной паремии). Алексий, имея при себе свечу, которая зажглась само собою, совершил молебно пение и покропил царицу святою водой, и она в томъ часе прозре. С великой честью и богатыми дарами провожали Алексия в Орде. С радостью и честью, принося Богу хвалу, встречали его в Москве. И от того часа имеаху велика и славна быти пред Богомъ. После этого откровениемъ Божиимъ Алексий и задумал воздвигнуть церковь во имя архистратига Михаила и честнаго его чюдесе, еже и бысть. Здесь же был воздвигнут и придел во имя Благовещения Богородице и ту себе гробъ заложи своима рукама. Церковь же была всяческыми добротами украшена — иконами же и книгами и инеми утварми. Если бы не был Алексий угодником Божиим, — рассуждает Пахомий Логофет, — не внушил бы он такую веру к себе варвару. Серией соответствующих случаю цитаций составитель пытается подтвердить им сказанное и закрепить это в сознании читателя. Алексий — человекъ Божий, и это определение теперь приобретает почти формальную силу.

А между тем Алексий был уже стар и виде себе от старости изнемогша и ко къньцу уже приближающуся. Тогда–то он и призывает к себе самого достойного из тех, кто мог бы по недолгом времени занять освободившую митрополичью кафедру — Сергия. В подтверждение серьезности этого предложения Алексий повелел вынести крестъ с парамандом, златом же и бисеромъ украшенъ и дарует его преподобному. Следует уже известный ответ: «Прости мя, владыко, яко от юности моеа не бых златоносець, въ старости же наипаче хощу в нищете пребывати». Алексий просит Сергия исполнить послушание и принять его благословение. «Да будет тебе известно, зачем я призвал тебя», — примерно с такими словами обращается Алексий к Сергию, и тот, обладая редким провидческим даром и, к тому же, не будучи спрошен, отвечает вопросом на обращение Алексия — «И како могу ведети?» Алексий подробно объясняет свое намерение видеть после себя на митрополичьей кафедре именно его. Ответ Сергия со словами, что просьба Алексия «выше моея веры есть», известен.

Надежда и упование митрополита не осуществились. Алексию пришлось отказаться от своих планов. Оставалось надеяться, но, конечно, уже в ином плане, на великого князя. Перед смертью Алексий призывает его к себе, дает милость, мир и благословение ему, всем благоверным князьям и боярам, вельможам и всем православным, и целова, их конечнымъ целованиемъ, и нача собе молитву творити отхождениа душа своея. Еще же молитве во устехъ его, душа же от тела исхождаше, самому рукы на небо въздеющи, и тело убо честное на земли оста.

«Житие» завершается похоронами Алексия. Присутствующих поражало, что, когда уже жизнь полностью ушла из тела покойного, лице же его светящеся, аки светъ, а не яко же обычаи есть мертвымъ, но аки солнце просветися. Все скорбели. По отпевании князь Димитрий Иванович своими рукама святое его тело гробу предаша.

К «Житию», составленному Пахомием, приложен текст на обретение честного телесе святого чюдотворца Алексиа. Он состоит из двух частей. Первая посвящена собственно обретению тела. Как граду, на верху горы стоящему, не укрыться, так и «светилнику не под землею быти, но всеми видиму быти». Это и произошло, когда была вскрыта гробница и увиденное было воспринято всеми как чудо:

[…] и абие обретоша тело блаженаго Алексиа цело и невредимо, и ризы его не истлевше. О превеликое чудо! Толикымъ летомъ минувшимъ, святому въ гробе лежащу, не изменися святое его тело и ризы его яко въчера оболчены […] И сему светильнику не мощно на толико летъ съкровену быти под землею. Се же все бысть всемудраго Бога промышлениемъ.