Послали за Никоном вдогон его врагов: Павла, что был архимандритом Чудовским, а стал митрополитом Сарским и Подонским, пришедшего на его место архимандрита Иоакима, окольничего Родиона Стрешнева и думного дьяка Алмаза Иванова с полковником и стрельцами многими. Настигли они патриарха уже в монастырском селе Черневе, он же, в великом огорчении, посоха не отдал и про смуту не известил. Но враги были упорны: два дня держали они Никона в Черневе, не отступая от него ни днем, ни ночью, а вокруг стерегли село многочисленные стрельцы.

Не стерпел Никон такого озлобления — послал врагам посох Петра митрополита с Воскресенским архимандритом Герасимом, а царю велел передать письма, которые писал к нему бедный Никита Зюзин. С тем Никона и отпустили восвояси, а во дворце, когда царь прочел письма, началась великая смута. Матвеев и Нащокин долго доказывали государю, что не говорили от его имени с Зюзиным — да и трудно было Алексею Михайловичу поверить, что такие два врага друг с другом в каком–то деле согласно действовали. Разгневался царь на одного Зюзина и повелел его допросить с жестокими пытками.

Как пришли солдаты к Зюзину в дом, жена его Мария, видя мужа схваченным и на пытки влекомым, тут же от горя умерла. Зюзина страшно пытали и порешили казнить смертью, но царь смиловался и сослал его в Казань в самом младшем чине. Из носивших Никону письма Зюзина один — иерей Сысой — был сослан на Соловки, а другой — иподьякон Никита — на розыске умер. Тело его было доставлено в Новый Иерусалим. Никон встретил его как великомученика, собственноручно омыл и похоронил в строящемся храме, под лестницей, ведущей на Голгофу.

Видел Никон, что приходят жестокие дни, и еще более в монашеском подвиге стремился преуспеть. Во всех своих монастырях приказал он странников и богомольцев по три дня каждого поить и кормить довольно, в монахи всех безвкладно принимать и платье всем казенное давать. В праздники патриарх всегда с братией трапезовал и сам богомольцам ноги омывал, и не только богомольцам, но и заезжим воинам и путникам, человекам двумстам или тремстам в день.

Ел Никон повседневно вареную капусту с сухарной крошкой, в разрешенные дни — огурцы и уху из малых рыб. Ходил в овчине и грубой шерстяной рясе цвета пепла, в церковь надевал еще мантию из черного сукна. Работал же в простой одежде, подпоясанной широким кожаным поясом, посох носил из ветви. Часто патриарх рыбу ловил и от своих трудов братию питал. В посты уходил в специально построенную пустынь и там жестоко плоть свою поклонами и молитвами истязал.

Тем временем власти московские не унимались — все думали, как Никона патриаршества лишить и своего, послушного человека патриархом учинить. Собирал царь на Никона церковные соборы, копил подаваемые на него доносы — но все без дела. Не находили русские архиереи правила, чтобы патриарха законным путем сана лишить, а Никон упорно стоял на том, что покинул патриарший престол временно и от Москвы не в дальние места отошел; как царское величество гнев на милость положит — так святейший и придет назад.

Низвержение

Всего шесть годов правил Никон Русской церковью, а распря его с государем и боярами длилась уже более восьми лет. Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Полюбовно договорившись с архиереями–милостынесобирателями и взяв собственноручные подписки с русских иерархов, великий государь организовал осуждение Никона церковным собором. Святейший знал, что приговор предопределен, что его слишком боятся, чтобы оставить на свободе, но не смирился и не сложил оружие.В конце ноября 1666 г. большой военный отряд окружил Новый Иерусалим. Богатые возки въехали на монастырский двор и выгрузили перед кельей патриарха целую делегацию священнослужителей. Шурша дорогими тканями одежд и сверкая драгоценностями, перед одетым в овчину и подпоясанным веревкой Никоном предстали архиепископ Псковский Арсений, архимандриты и игумены многих монастырей, стрелецкий полковник и прочие царские посланцы. Торжественно объявив титулы царя и восточных патриархов, они передали повеление явиться на собор и дать ответ, почему он, Никон, оставил престол.Никон не отказал себе в удовольствии заметить, что восточные патриархи не знают церковных правил. За архиепископом или епископом, оставившим епархию, полагалось до трех раз присылать двух или трех архиереев, а не каких–то архимандритов и игуменов! Судить же его имеет право либо Константинопольский, либо Иерусалимский патриарх, которые ставят на патриаршие престолы, а не Александрийский, живущий в Египте, и не Антиохийский патриарх, обитающий в Дамаске!В ответ раздались бесчинные вопли, особенно надрывался Спасо–Ярославский архимандрит Сергий: «Мы тебе не по правилам говорим, а по государскому указу!» Довольный произведенным впечатлением, Никон заметил, что с ними, чернецами, он и говорить не будет, а архиепископу сказал, что, хотя судить его права не имеют, он придет в Москву обсудить кое–какие духовные дела. Пока приезжие устраивались на гостином дворе и строчили в Москву первые доносы, святейший быстро собрался в дорогу.Он брал с собой лишь несколько книг и большой крест, который должны были нести перед ним соответственно сану. Затем Никон служил заутреню, исповедался и причащался. Посланные от церковного собора желали его поторопить «ради государева дела», патриарх же запретил их пускать, сказав: «Я ныне готовлюсь к небесному Царю». Во время торжественной литургии приезжие вновь начали шуметь, особенно архимандрит Сергий, заспоривший о новых книгах и греческом пении. Патриарх велел выдворить Сергия — за ним вышли на крыльцо и другие посланцы собора, крича нелепыми голосами: «Чего ради держишь нас, ни откажешь, ни прикажешь?!» Однако они не могли нарушить чинности службы, во время которой Воскресенская братия с особым старанием пела по–гречески, киевским согласием, а Никон говорил поучение о терпении. Причастившись святых тайн и приготовившись к смерти, патриарх сел в простые сани и поехал к Москве.У креста на Елеонской горе он простился с братией и монастырскими работниками, со слезами провожавшими его от самого монастыря. Был вечер 1 декабря. Несмотря на мороз и ветер, люди долго плакали у Елеонской горы, не чая больше видеть духовного отца своего. А власти нервничали и посылали из Москвы посланца за посланцем. Один из них, архимандрит Филарет, остановил обоз с Никоном за две версты от села Чернева и прочел патриарху выговор великого государя и собора, что–де он посланных обесчестил и к Москве не едет. Другой, архимандрит Иосиф, остановил обоз на темной улице села Чернева. При свете факела он прочел то же, что и Филарет, с прибавлением, что–де Никон и Филарета обесчестил, и в Москву не едет. Притом в приказе значилось, что патриарх должен быть в Москве рано утром 3 декабря, за три или четыре часа до света.«Ах вы, — воскликнул Никон, — лжи и неправды исполненные! Давно ли отошел от нас Филарет — и ныне здесь — и чем обесчещен? И как это я не еду? Горе вашей лжи и неправде! Не для того ли повелеваете мне ждать ночами с малыми людьми, чтобы так же задушить, как митрополита Филиппа?!»