Действительно, стрельцы задержали Никона в Тушине, поместив до срока в пустом доме, но полковник, введенный словами патриарха в подозрение, немедленно послал в Москву гонца, и приказ был изменен. За несколько часов до рассвета обоз въезжал в Москву. В Смоленских воротах и на Каменном мосту горели яркие огни — свиту Никона осматривали и пересчитывали, как неприятельский отряд. В Кремле Никольские ворота были захлопнуты перед патриархом «для дела великого государя». Они распахнулись лишь тогда, когда шпионы опознали, а стрельцы схватили верного Никону слугу Иоанна Шушерина.

Похоже было, что чем ближе подступал час суда над патриархом, тем более власти беспокоились. Никона и человек тридцать монахов и мирян, что были оставлены с ним, поместили на одиноко стоящем дворе, окружив его многочисленной стражей, которая никого и мимо пройти не допускала. А обоз с продуктами, взятыми из Нового Иерусалима, отогнали на Воскресенское подворье, так что Никону и всем бывшим с ним совсем нечего было есть. Так, голодным и бессонным повлекли патриарха на суд, по дороге много раз останавливая его с требованием, чтобы он шел без креста.

Патриарх упорствовал, скороходы так и сновали непрестанно между его санями и дворцом. Видя, что не могут Никона одолеть, члены церковного собора оставили его идти с крестом, но при том постарались всячески досадить. Сани патриарха медленно пробирались между великими толпами народа мимо Благовещенского собора, из врат которого доносилось пение. Никон хотел войти туда помолиться, но двери были захлопнуты перед ним. У паперти стояли богато украшенные упряжки восточных патриархов, даже кони их были увешаны соболями. Никон принял вызов и приказал поставить рядом с ними свою клячонку и бедные крестьянские санишки.

Далее он пошел пешим, кланяясь каждой церкви, двери которых неизменно запирались. Захлопнулась на глазах у патриарха и дверь Столовой царской палаты, где уже собрались царь, бояре и все архиереи. На открытом месте, не изъявляя никакого беспокойства, простоял Никон около часа, пока в Столовой спорили — вставать или не вставать при его появлении. Порешили не вставать. Никон, слышавший выкрики сквозь закрытую дверь, усмехнулся. Он вступил в палату, приказав нести впереди себя крест, и все присутствующие, хоть и не хотели, встали.

Царь Алексей Михайлович сохранял вид судьи, стоя на высоком помосте перед своим троном. Слева от трона были устроены сверкающие драгоценностями кресла патриархов. Перед ними у помоста стоял покрытый златотканым ковром стол с позолоченным ковчежцем и книгами в дорогих переплетах. К нему–то и подошел Никон, спокойно прочел молитву, троекратно поклонился царю, патриархам, в сторону, где стояли вдоль стен архиереи, и в другую — царскому синклиту. Тем временем слуга его поставил патриарший крест справа от престола. Алексей Михайлович, явно стесненный таким соседством, еле шевеля губами и показывая рукой, тихонько просил Никона сесть справа от себя в углу на простую лавку.

Патриарх демонстративно оглянулся вокруг себя, как бы ища места, и громко ответил: «Благочестивый царь, не ведал я твоего намерения и потому места, на котором должен сидеть, с собой не принес, а мое место здесь занято. Но говори, чего ради призвал нас на собранное тобою здесь соборище?» Тогда и слуга Никона осмелел и стал с крестом у стола, прямо перед лицами царя и патриархов. К ужасу собравшихся царь Алексей Михайлович спустился с помоста и стал на одном уровне с Никоном у стола, прося восточных патриархов рассудить его с покинувшим свой престол архипастырем.

В голове Никона мутилось от голода, ибо он третий день не ел. Патриарх помнил, как Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский задавали ему вопросы через толмача, особенно интересуясь, зачем он писал о своих делах Константинопольскому патриарху Дионисию. Это рассматривалось чуть ли не как государственная измена, и верные царские клевреты митрополит Сарский Павел, митрополит Рязанский Иларион и епископ Мстиславский Мефодий нелепыми гласами вместе кричали на Никона так, что сами восточные патриархи пришли в замешательство и отложили заседание на другое утро.

Отведенный вновь на свой двор, Никон просил командиров стражи сообщить царю, что приехавшие с ним люди и он сам помирают голодной смертью, однако ответа не получил. Тогда патриарх велел открыть окна в высокой светлице и стал громко кричать на весь Кремль, как их морят голодом. Стража, затем бояре и сам царь испугались такой огласки. Вскоре на двор к Никону прибыли возы с едой и питьем с царского стола, но патриарх отказался расписываться за полученное.«Лучше есть яд, поданный с любовью, чем упитанного тельца, поданного с враждой! — заявил он. — Я сего у царя никогда не требовал и не требую, но просил лишь позволения своим людям входить и выходить со двора свободно». Царь был крайне оскорблен и даже жаловался восточным патриархам, но люди Никона смогли привезти с Воскресенского подворья свои продукты.Утром 3 декабря на заседании церковного собора стали читать грамоту Никона Константинопольскому патриарху, не целиком, но выбирая заранее отмеченные обвинением места. Павел, Иларион и Мефодий сопровождали чтение дикими выкриками и ругательствами, но все остальные светские и духовные люди стояли на своих местах безмолвно. Царь беспокоился все больше и наконец не выдержал.— Бояре, бояре! — закричал он. — Что БЫ молчите и меня выдаете, или я вам не надобен?!При звуке сих ужасных слов как бы колыхнулся строй бояр, некоторые выступили вперед, но ни от кого не прозвучало ни единого возгласа. Лишь бестрепетный военачальник князь Юрий Алексеевич Долгоруков нашел несколько слов в защиту царя и на уничижение Никона. Алексей Михайлович стал впадать в скорбь, а патриарх сказал:— О царь! Ты сих предстоящих тебе и собранных на сию сонмицу девять лет вразумлял, и учил, и к этому дню уготовлял, чтобы против нас говорили. Но все напрасно: не только сказать не могут, но и уст отверзнуть, тщетно учились! Однако я тебе, царь, совет даю: если повелишь им в нас бросать камни, то это они вскоре сотворят, а вот оговорить нас, хоть еще девять лет учи, не сумеют.В ярости бросился царь на престол свой и, спрятав лицо, долго пребывал недвижим. Наконец Алексей Михайлович встал и обратился к премудрому ученому философу Лазарю Барановичу, архиепископу Черниговскому и Новгород–Северскому, стоявшему в ряду архиереев: