Всего шесть годов правил Никон Русской церковью, а распря его с государем и боярами длилась уже более восьми лет. Наконец Алексей Михайлович и его советники исхитрились собрать в Москве множество православных архиереев из разных стран — и среди них двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Полюбовно договорившись с архиереями–милостынесобирателями и взяв собственноручные подписки с русских иерархов, великий государь организовал осуждение Никона церковным собором. Святейший знал, что приговор предопределен, что его слишком боятся, чтобы оставить на свободе, но не смирился и не сложил оружие.

В конце ноября 1666 г. большой военный отряд окружил Новый Иерусалим. Богатые возки въехали на монастырский двор и выгрузили перед кельей патриарха целую делегацию священнослужителей. Шурша дорогими тканями одежд и сверкая драгоценностями, перед одетым в овчину и подпоясанным веревкой Никоном предстали архиепископ Псковский Арсений, архимандриты и игумены многих монастырей, стрелецкий полковник и прочие царские посланцы. Торжественно объявив титулы царя и восточных патриархов, они передали повеление явиться на собор и дать ответ, почему он, Никон, оставил престол.

Никон не отказал себе в удовольствии заметить, что восточные патриархи не знают церковных правил. За архиепископом или епископом, оставившим епархию, полагалось до трех раз присылать двух или трех архиереев, а не каких–то архимандритов и игуменов! Судить же его имеет право либо Константинопольский, либо Иерусалимский патриарх, которые ставят на патриаршие престолы, а не Александрийский, живущий в Египте, и не Антиохийский патриарх, обитающий в Дамаске!

В ответ раздались бесчинные вопли, особенно надрывался Спасо–Ярославский архимандрит Сергий: «Мы тебе не по правилам говорим, а по государскому указу!» Довольный произведенным впечатлением, Никон заметил, что с ними, чернецами, он и говорить не будет, а архиепископу сказал, что, хотя судить его права не имеют, он придет в Москву обсудить кое–какие духовные дела. Пока приезжие устраивались на гостином дворе и строчили в Москву первые доносы, святейший быстро собрался в дорогу.

Он брал с собой лишь несколько книг и большой крест, который должны были нести перед ним соответственно сану. Затем Никон служил заутреню, исповедался и причащался. Посланные от церковного собора желали его поторопить «ради государева дела», патриарх же запретил их пускать, сказав: «Я ныне готовлюсь к небесному Царю». Во время торжественной литургии приезжие вновь начали шуметь, особенно архимандрит Сергий, заспоривший о новых книгах и греческом пении. Патриарх велел выдворить Сергия — за ним вышли на крыльцо и другие посланцы собора, крича нелепыми голосами: «Чего ради держишь нас, ни откажешь, ни прикажешь?!» Однако они не могли нарушить чинности службы, во время которой Воскресенская братия с особым старанием пела по–гречески, киевским согласием, а Никон говорил поучение о терпении. Причастившись святых тайн и приготовившись к смерти, патриарх сел в простые сани и поехал к Москве.

У креста на Елеонской горе он простился с братией и монастырскими работниками, со слезами провожавшими его от самого монастыря. Был вечер 1 декабря. Несмотря на мороз и ветер, люди долго плакали у Елеонской горы, не чая больше видеть духовного отца своего. А власти нервничали и посылали из Москвы посланца за посланцем. Один из них, архимандрит Филарет, остановил обоз с Никоном за две версты от села Чернева и прочел патриарху выговор великого государя и собора, что–де он посланных обесчестил и к Москве не едет. Другой, архимандрит Иосиф, остановил обоз на темной улице села Чернева. При свете факела он прочел то же, что и Филарет, с прибавлением, что–де Никон и Филарета обесчестил, и в Москву не едет. Притом в приказе значилось, что патриарх должен быть в Москве рано утром 3 декабря, за три или четыре часа до света.

«Ах вы, — воскликнул Никон, — лжи и неправды исполненные! Давно ли отошел от нас Филарет — и ныне здесь — и чем обесчещен? И как это я не еду? Горе вашей лжи и неправде! Не для того ли повелеваете мне ждать ночами с малыми людьми, чтобы так же задушить, как митрополита Филиппа?!»

Действительно, стрельцы задержали Никона в Тушине, поместив до срока в пустом доме, но полковник, введенный словами патриарха в подозрение, немедленно послал в Москву гонца, и приказ был изменен. За несколько часов до рассвета обоз въезжал в Москву. В Смоленских воротах и на Каменном мосту горели яркие огни — свиту Никона осматривали и пересчитывали, как неприятельский отряд. В Кремле Никольские ворота были захлопнуты перед патриархом «для дела великого государя». Они распахнулись лишь тогда, когда шпионы опознали, а стрельцы схватили верного Никону слугу Иоанна Шушерина.Похоже было, что чем ближе подступал час суда над патриархом, тем более власти беспокоились. Никона и человек тридцать монахов и мирян, что были оставлены с ним, поместили на одиноко стоящем дворе, окружив его многочисленной стражей, которая никого и мимо пройти не допускала. А обоз с продуктами, взятыми из Нового Иерусалима, отогнали на Воскресенское подворье, так что Никону и всем бывшим с ним совсем нечего было есть. Так, голодным и бессонным повлекли патриарха на суд, по дороге много раз останавливая его с требованием, чтобы он шел без креста.Патриарх упорствовал, скороходы так и сновали непрестанно между его санями и дворцом. Видя, что не могут Никона одолеть, члены церковного собора оставили его идти с крестом, но при том постарались всячески досадить. Сани патриарха медленно пробирались между великими толпами народа мимо Благовещенского собора, из врат которого доносилось пение. Никон хотел войти туда помолиться, но двери были захлопнуты перед ним. У паперти стояли богато украшенные упряжки восточных патриархов, даже кони их были увешаны соболями. Никон принял вызов и приказал поставить рядом с ними свою клячонку и бедные крестьянские санишки.Далее он пошел пешим, кланяясь каждой церкви, двери которых неизменно запирались. Захлопнулась на глазах у патриарха и дверь Столовой царской палаты, где уже собрались царь, бояре и все архиереи. На открытом месте, не изъявляя никакого беспокойства, простоял Никон около часа, пока в Столовой спорили — вставать или не вставать при его появлении. Порешили не вставать. Никон, слышавший выкрики сквозь закрытую дверь, усмехнулся. Он вступил в палату, приказав нести впереди себя крест, и все присутствующие, хоть и не хотели, встали.Царь Алексей Михайлович сохранял вид судьи, стоя на высоком помосте перед своим троном. Слева от трона были устроены сверкающие драгоценностями кресла патриархов. Перед ними у помоста стоял покрытый златотканым ковром стол с позолоченным ковчежцем и книгами в дорогих переплетах. К нему–то и подошел Никон, спокойно прочел молитву, троекратно поклонился царю, патриархам, в сторону, где стояли вдоль стен архиереи, и в другую — царскому синклиту. Тем временем слуга его поставил патриарший крест справа от престола. Алексей Михайлович, явно стесненный таким соседством, еле шевеля губами и показывая рукой, тихонько просил Никона сесть справа от себя в углу на простую лавку.Патриарх демонстративно оглянулся вокруг себя, как бы ища места, и громко ответил: «Благочестивый царь, не ведал я твоего намерения и потому места, на котором должен сидеть, с собой не принес, а мое место здесь занято. Но говори, чего ради призвал нас на собранное тобою здесь соборище?» Тогда и слуга Никона осмелел и стал с крестом у стола, прямо перед лицами царя и патриархов. К ужасу собравшихся царь Алексей Михайлович спустился с помоста и стал на одном уровне с Никоном у стола, прося восточных патриархов рассудить его с покинувшим свой престол архипастырем.В голове Никона мутилось от голода, ибо он третий день не ел. Патриарх помнил, как Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский задавали ему вопросы через толмача, особенно интересуясь, зачем он писал о своих делах Константинопольскому патриарху Дионисию. Это рассматривалось чуть ли не как государственная измена, и верные царские клевреты митрополит Сарский Павел, митрополит Рязанский Иларион и епископ Мстиславский Мефодий нелепыми гласами вместе кричали на Никона так, что сами восточные патриархи пришли в замешательство и отложили заседание на другое утро.