Протоиерей Роман благополучно добрался до Москвы и направился к Патриарху Тихону, который благословил его служить и проповедовать в московских храмах.

В мае 1918 года ВЧК арестовала настоятеля храма Василия Блаженного протоиерея Иоанна Восторгова, и в сентябре того же года он был расстрелян. Когда об этом стало известно, Патриарх Тихон назначил настоятелем храма протоиерея Романа. В это время при храме уже существовала большая община, и отец Роман с усердием поддержал сделанное его предшественником — вдохновенными проповедями, беседами на евангельские темы, неспешно проводимой исповедью. Вот как описывает свое первое впечатление от проповеди священника одна из его духовных дочерей: «Это было в 1918 году, когда я… переселилась в Москву и квартировала сначала вблизи Красной площади… В одно из воскресений меня потянуло в знаменитый храм Василия Блаженного. Войдя в храм, я встала впереди, непосредственно к амвону, и когда вот этот наш самый батюшка вышел на амвон с проповедью, я по–детски не отрывалась от него глазами, слушала, как говорится, раскрыв рот животворящие глаголы… По окончании службы батюшка стоял у раки мощей блаженного Василия, на которой лежали чугунные вериги святого… Когда приблизилась моя очередь к ним приложиться, батюшка положил руку мне на затылок и крепко прижал голову к одному из крестов чугунных вериг. Под этой тяжестью его руки мое сердце всколыхнулось необъяснимым чувством счастья на земле, такой в то время страшной, всесторонне мучительной по своему неустройству и неопределенности».

25 февраля 1919 года власти закрыли храм Василия Блаженного, и Патриарх Тихон назначил протоиерея Романа настоятелем храма святителя Алексия, митрополита Московского, в Глинищевском переулке. Храм святителя Алексия был построен в 1690 году, позже были пристроены два придела — святителя Николая, Мирликийского чудотворца, и иконы Матери Божией «Всех скорбящих Радость». Во время кампании по изъятию церковных ценностей в 1922 году представители властей забрали из храма почти все сосуды, необходимые для совершения литургии. Были оставлены одна серебряная позолоченная чаша с дискосом, лжица и маленький серебряный крест. В том же году, восполняя утраченное, община, окормляемая протоиереем Романом, приобрела деревянный потир со вставленным в него стеклянным стаканом. В 1921–м и в 1924–м годах община произвела ремонт куполов и крыши храма.

Еще в самом начале церковной деятельности отца Романа в Москве власти не раз его арестовывали, впервые — в 1919 году. Во время одного из арестов его допрашивал председатель ВЧК Дзержинский, который предложил священнику покинуть советскую Россию и уехать на родину в бывшую Холмскую губернию, которая отошла к Польше. Священник отказался и убедил представителя власти, что его отношение к советскому государству вполне лояльное и находится в пределах, определенных апостолами, которые заповедали молиться о властях римских, относившихся в то время к христианской Церкви не менее враждебно, чем советская власть.

В 1919 году по благословению Святейшего Патриарха Тихона протоиерей Роман организовал Братство ревнителей православия в честь святителя Алексия, митрополита Московского. С этого времени для отца Романа начался особый период жизни, продолжавшийся более десяти лет, — период духовного старческого окормления. Многие благодаря чрезвычайным трудам протоиерея Романа нашли путь к Церкви и обрели твердую почву под ногами. Автор книги «Оптина пустынь и ее время» Иван Михайлович Концевич, состоявший в братстве отца Романа, вспоминал: «В этот год, благодаря мудрому руководству Святейшего Патриарха Тихона, церковная жизнь в Москве чрезвычайно оживилась. Москва покрылась сетью братств, кружков и союзов, так как Патриарх отменил границы приходов и разрешил образование междуприходских братств. К деятельности этих братств, руководимых наиболее ревностными пастырями, были широко привлечены и миряне: они пели, читали на клиросе, проводили беседы и даже выступали с проповедями. По вечерам совершались акафисты с общенародным пением и беседами после них. Для детей, лишенных уроков Закона Божия, устраивались беседы с «туманными картинами»[31] из Священной истории, молодежь собиралась отдельно и занималась изучением церковного устава, Евангелия и т. п.

Я принимал близкое участие в братстве Святителя Алексия, митрополита Московского, во главе которого стоял протоиерей Роман Медведь… К братству были приписаны еще несколько приходских церквей в разных концах Москвы, где вели работу члены братства. В самом храме братства ежедневно совершалась ранняя литургия, и члены могли посещать ее еще до своей службы… По вечерам были вечерние богослужения с беседами, члены братства старались ежемесячно приступать к святому причастию и активно участвовали в работе… Я имел возможность посвящать свои силы работе в братстве, а потому это время принесло мне громадную духовную пользу; здесь я окреп духовно и начал жить в ограде Православной Церкви».

Воспоминания современников отца Романа сохранили детали жизни братства: «Шли 1919—1921 годы и все, что с ними было связано: голод, холод, безработица, темнота на улицах — полное неустройство жизни, а в храме святителя Алексия в Глинищевском переулке шла глубокая, интенсивная жизнь, налаживавшаяся… отцом Романом Медведем.

Богослужения в храме святителя Алексия совершались ежедневно утром и вечером, а по четвергам и ночью — полунощница с пением»Се Жених грядет в полунощи». По воскресеньям и утром и вечером после богослужений растолковывалось Евангелие… читалась святоотеческая литература, проводились беседы, в которых объяснялось богослужение. Каждый из присутствующих мог задать вопрос и сам поделиться своими мыслями, после всех говорил отец Роман. Он призывал к решительному покаянию за всю жизнь, сознательному повторению обетов крещения… к обращению ко Христу как к своему личному Спасителю. Отец Роман вводил нас в спасительное лоно Православной Церкви.Не могло устоять ищущее и тоскующее по Богу человеческое сердце — и потянулись ко Христу Спасителю жаждущие Бога души. Исповедь в храме святителя Алексия проводилась частная. Многие откликнулись на призывы доброго пастыря, принесли покаяние за всю жизнь, повторили обеты крещения и встали на путь послушания Церкви… В храме все делалось бесплатно, руками предавшихся Богу людей: мыли полы, зажигали паникадила, лампады, звонили на колокольне, продавали свечи, читали каноны, шестопсалмие и прочее, пели, регентовали — все это делали члены братства. Отец Роман в храме святителя Алексия воплотил в жизнь все, что так долго носил в своем сердце.Давшие обет послушания приносили ежедневное исповедание своих помыслов и деяний через дневники, которые передавались батюшке раз в неделю, и получали наставления по всем вопросам… Шла глубокая духовная работа каждого человека над собственной душой.В то время в Церкви большим авторитетом пользовался старец протоиерей Алексий Мечев[32]. Он очень уважал отца Романа за его ревностную углубленную работу, а когда сам лично побывал в храме святителя Алексия… сказал отцу Роману:«У тебя стационар, а у меня только амбулатория»».Другая духовная дочь отца Романа так вспоминала о жизни общины и подвижнической деятельности священника в те годы: «Одаренный организаторскими способностями, он мудро очищал свою ниву… С его стороны давались исчерпывающие возможности для духовного роста… Знакомился он с духовным состоянием своих пасомых посредством приема в течение недели на частную исповедь. Из этих откровенных с ним бесед он узнавал духовные нужды, болезни и немощи каждого. По прошествии недельного труда, когда у него накапливался материал, он сообразно с духовным состоянием исповедовавшихся на частной исповеди… каждую субботу после всенощной проводил уже общую исповедь, в которой касался всего, что требовало исправления, преподавал соответствующие наставления…Его труд этих первых лет в одиночку можно назвать титаническим, обозрев и перечислив основные моменты его деятельности: ежедневная литургия с вечерним богослужением накануне, прием большинства [духовных чад] в течение недели на откровение помыслов, многочисленные причастники каждое воскресенье, в тот же воскресный день, после вечерни, обширная проповедь на евангельскую тему… Трудно себе представить, как мог он»тащить такую мрежу»один без помощников. Не сверхъестественно ли то, что он выдерживал, причем выдерживал, оставаясь всегда спокойным, доступным и… ангельски кротким. Чему учил, тому был и примером».Первое время отец Роман служил в храме один и весь труд богослужения, окормления паствы нес сам. В 1921 году Патриарх Тихон рукоположил в сан священника духовного сына отца Романа — Петра Степановича Степанова, которому было тогда пятьдесят пять лет, и назначил вторым священником. Другим помощником протоиерея Романа в двадцатые годы стал регент храма Сергей Владимирович Веселов, который также был рукоположен в сан священника. Он был сыном благочестивых родителей, особенно любил и почитал преподобного Серафима Саровского и часто посещал обители Сарова и Дивеева. Отцу Сергию недолго пришлось быть помощником отца Романа. Вскоре после рукоположения врачи обнаружили у него заболевание крови, от которого он и скончался.