Первым мероприятием Митрополита Анастасия была реорганизация нашей Русской Зарубежной Церкви, которая была вся разделена на 4 Митрополичьих округа – Ближне-Восточный, Дальне-Восточный, Западно-Европейский и Северо-Американский. К ним позже, в годы Второй Мировой Войны, был присоединен еще пятый – Средне-Европейский.

В августе 1938 года Митрополит Анастасий осуществил второе важное мроприятие – в Сремских-Карловцах, под его председательством, был созван Второй Всезарубежный Церковный Собор из Епископов, клира и мирян, деяния которого были напечатаны отдельной книгой.

С перемещением Архиерейского синода из Сремских-Карловцев в Белград, сюда переехал и его Председатель Митрополит Анастасий, управлявший одновременно на правах епархиального архиерея русскими приходскими общинами в Югославии. Здесь же он на столь хорошо знакомой русским белградцам Крунской улице № 20, неподалеку от русской Св.-Троицкой церкви, являвшейся фактически его кафедральным собором, провел и первые годы Второй Мировой Войны, повлекшей за собой германскую оккупацию Белграда и всей Югославии.

Ежедневно Владыка Митрополит Анастасий, являвший всем пример строго-иноческой жизни, посещал Божественную литургию в Св.-Троицкой церкви и до поздней ночи занимался церковными делами. Во все воскресные и праздничные дни он сам совершал Богослужение и неизменно сам же проповедовал. Проповеди его захватывали слушателей особенно художественностью стиля, тонкой отделкой мысли и разносторонней содержательностью.

Будучи ценителем подлинной науки и научного знания, в особенности, конечно, богословского, Владыка Митрополит Анастасий объединил вокруг себя лучшие умы ученых и общественных деятелей и наиболее просвещенных служителей Церкви, собирая их периодически на совещания в своих покоях на Крунской улице, а при Архиерейском Синоде учредил особый Ученый Комитет, возглавленный бывшим инспектором Киевской Духовной Академии магистром богословия Архиепископом Тихоном (Лященко).

Личным своим примером Владыка Анастасий вдохновлял и многих своих сотрудников, вследствие чего русский Белград жил весьма напряженной духовной жизнью. Так, в Русском Доме функционировали Миссионерские Курсы по борьбе с безбожием, религиозно-национальные кружки молодежи имени св. равноап. вел. князя Владимира, дважды в неделю велись религиозно-нравственные чтения и собеседования, периодически устраивались разные церковно-юбилейные торжества. И несмотря на множество обще-церковных дел, Владыка находил время во все это сам входить, посещал нередко эти собрания, давал указания и был душой всего этого в высшей степени духовно-благотворного делания.

Когда началась Вторая Мировая Война (6 апреля 1941 г.), Владыка Митрополит Анастасий разделил с своей белградской паствой все ее ужасы и длительные лишения. Неожиданная германская бомбардировка Белграда 6 апреля 1941 г., решившая в короткий срок судьбу Югославии, произвела такое потрясающее впечатление, что столица была совершенно оставлена, как правительственными органами, так и рядовыми жителями, бежавшими в неописуемой панике за много десятков километров. Среди полного разгрома только в жизни белградской русской церкви не произошло существенных перемен: своим чередом шли положенные уставные службы, а священники ходили со Святыми Дарами по городу, напутствуя раненых и совершая молебные пения по убежищам. Во время налета, Митрополит Анастасий оставался на своем архиерейском месте в алтаре, а чредное духовенство служило молебен перед чудотворной иконой Божией Матери Знамения Курской-Коренной. И это несмотря на то, что в непосредственной близости от нашей церкви упало целых пять бомб, сгорела соседняя сербская церковь св. Марка, а у самой церковной стены двое суток пылал гигантский костер из зажженного бомбой склада бревен На второй день, 25 марта/7 апреля, в самый праздник Благовещения, когда происходила особенно сильная бомбардировка, Владыка Митрополит присутствовал на Божественной литургии, которую совершал в подвале Русского Дома один из священников для множества укрывавшихся там русских людей. Эта литургия, совершенная в обстановке, напоминавшей катакомбы древних христиан, на всю жизнь запечатлелась в памяти у тех, кто на ней причащались. А причащались, по благословению Владыки Митрополита, все, до 300 человек, после общей исповеди, в виду явно грозившей всем смертной опасности.

Ровно через неделю, в Лазареву субботу, в совершенно разгромленный и опустошенный город вошли немцы, и начались тяжкие для русской эмиграции в Югославии годы. Вместе со всей своей белградской паствой Владыка Митрополит благодушно переносил и голод и холод и всевозможные стеснения и лишения, разные неприятности со стороны оккупационных германских властей и выпады враждебного отношения со стороны известной части сербского населения, поддавшейся коммунистической пропаганде.Вскоре после оккупации Югославии германскими войсками, чины Гестапо произвели в покоях Владыки Митрополита Анастасия тщательный обыск, а затем изъяли делопроизводство Архиерейского Синода. Им пришлось, однако, убедиться, что Владыка, как истинный Архипастырь Церкви Христовой, глубоко чужд всякой политики, и они оставили его в покое. Несколько позже они сделали попытку использовать в своих целях авторитет Владыки – предложили обратиться к русскому народу с призывом – оказать содействие немцам, в их походе против большевиков. Но несмотря даже на то, что в начале войны многие русские люди доверяли немцам, Владыка Митрополит мужественно отклонил это предложение, считая что цели немецкой политики в отношении России сомнительны и что он не вправе сделать такой призыв.Никогда Владыка Митрополит ни в чем не проявил какой-либо крайности, а всегда держал себя с полным достоинством, как истинный Архиерей Божий. О таком поведении его дал важные показания в Лондоне разным церковно-общественным кругам Сербский Патриарх Гавриил, подчеркнувший, что Митрополит Анастасий с великой мудростью и тактом держался при немцах, несколько раз подвергался обыскам и не пользовался доверием немцев.В сентябре 1941 года Владыка Митрополит дал благословение русским патриотам, надеявшимся, что наступил час освобождения русского народа от кровавого гнета большевизма, на образование Русского Корпуса. Однако, этот Корпус не был допущен немцами к участию в военных действиях на Восточном фронте, а был оставлен в Югославии для защиты от местных коммунистических банд.Когда очутившаяся, в результате войны, в критическом положении советская власть решила, ради самосохранения, опереться на религиозные и национальные чувства русского народа, и Соборе еще уцелевшего российского епископата в составе 18-ти лиц избрал 8 сентября 1943 года в Москве митрополита Сергия (Страгородского) патриархом, многие наивные русские люди склонны были радостно приветствовать это событие. Тогда Владыка Митрополит 21 октября 1943 года в Вене созвал совещание 8 заграничных епископов, которые установили полную неканоничность этого избрания и невозможность вследствие этого признать митрополита Сергия законным патриархом.С Пасхи 1944 года начались почти ежедневные налеты на Белград англо-американских бомбардировщиков, уносившие множество жертв. Несмотря на явную угрозу жизни, Владыка Митрополит ни в чем не изменял своего обычного образа жизни, так же служил и проповедовал по всем воскресным и праздничным дням, навещал раненых, хоронил убитых, утешал разоренных и обездоленных, всегда тщательно справляясь, не пострадал ли кто-либо из его паствы. Воодушевляемое им духовенство ежедневно обходило с чудотворной иконой Божией Матери Знамения дома прихожан. Отмечен был целый ряд поистине чудесных случаев.В сентябре 1944 года, когда советские войска уже приближались к Белграду, главная масса русских обитателей его устремилась в Вену. Туда же эвакуировался вместе со всем составом Архиерейского Синода и его канцелярией и Митрополит Анастасий. И в Вене он не переставал совершать богослужения в наших двух церквах – старой посольской и новой домовой, буквально под бомбами и среди пылающих пожаров. И здесь Чудотворная икона ежедневно обходила дома и убежища русских людей и даже некоторых австрийцев, проникнувшихся величайшим уважением к нашей святыне, вслдствие бывших от нее явно-чудесных знамений.