В богословском отношении св. Игнатий принадлежит к малоазиатской традиции. По терминологии он приближается скорее к св. Иоанну Богослову, нежели к ап. Павлу. Павел пользуется словом сома, «тело», в положительном смысле, тогда как слово саркс, «плоть», в его писаниях имеет отрицательный оттенок. Св. Иоанн говорит о «плоти» положительно: «И Слово стало плотью» (Ин.1:14), и в этом смысле он близок к еврейской традиции, употребляющей слово басар, «плоть», как нечто благое, сотворенное и благословенное Богом. Св. Игнатий, утверждая реальную, плотскую природу Христа, также пользуется словом «плоть» в положительном смысле; иногда его описание Спасителя звучит почти что, как халкидонское вероопределение:

Есть только один врач, телесный и духовный, рожденный и нерожденный. Бог во плоти, в смерти истинная жизнь, от Марии и от Бога, сперва подверженный, а потом не подверженный страданию, Господь наш Иисус Христос.

("К Ефесянам", 7)

Следует повторить, что, настаивая снова и снова на реальном, плотском характере Боговоплощения, Игнатий тем самым утверждает реальность нашего спасения. Чтобы спасти нас, Христос должен был в точности уподобиться нам, а, следовательно, облечься настоящей живой человеческой плотью.

Такая сотериология (учение о спасении) служит также основой христианской нравственности, которая состоит в подражании Христу. Это подражание не ограничивается лишь соблюдением нравственного закона, но - как Спаситель полностью и реально воспринял нашу человеческую участь, так же и мы должны сознательно уподобиться Его жизни и особенно Страстям и смерти:

А если иные, как некоторые безбожники, то есть неверующие говорят, что Он страдал только призрачно, - сами они призрак, - то зачем же я в узах? Зачем я пламенно желаю бороться со зверями? Зачем я напрасно умираю? Значит, я говорю ложь о Господе?... И так как все имеет конец, то одно из двух предлежит нам: смерть или жизнь, и каждый пойдет в свое место. Ибо есть как бы две монеты, одна Божия, другая мирская, и каждая имеет на себе собственный образ, неверующие - образ мира сего, а верующие в любви - образ Бога Отца чрез Иисуса Христа. Если мы чрез Него не готовы добровольно умереть по образу страдания Его, то жизни Его нет в нас.

("К Траллийцам", 10; "К Магнезийцам", 5)

Иными словами, если Христос существовал лишь по видимости (а в такое призрачное существование Христа верили докеты и многие гностики), то тогда и смерть Его была призрачной. Но, по мнению св. Игнатия, как никто из учителей раннего христианства настаивавшего на реальности Боговоплощения. Христос действительно умер на Кресте, и мученичество является совершенным Ему подражанием. Своей смертью за нас Христос победил смерть, и поэтому смерть за веру, во имя Христово - свидетельство бессилия смерти. Гонений как таковых было нетрудно избежать, но христиане сознательно стремились умереть или пострадать за Христа, тем самым демонстрируя истинную преданность Тому, кто страдал и умер за нас и самое смерть обратил в победу. Отсюда и иначе необъяснимые пыл и стремление св. Игнатия претерпеть мученичество. Так, в послании к Римлянам он просит римских христиан не заступаться за него и не стараться воспрепятствовать его смерти:

Я пишу церквам и всем сказываю, что добровольно умираю за Бога, если только вы не воспрепятствуете мне. Умоляю вас: не оказывайте мне неблаговременной любви. Оставьте меня быть пищею зверей и посредством их достигнуть Бога. Я пшеница Божия: пусть измелют меня зубы зверей, чтоб я сделался чистым хлебом Христовым... Если пострадаю - буду отпущенником Иисуса и воскресну в Нем свободным. Теперь же в узах своих я учу не желать ничего мирского или суетного.