В 251 году гонение прекратилось, и встал вопрос, что делать с отступниками: возможно ли, и если возможно, то каким образом, снова принять их в лоно Церкви? В те времена отступничество считалось смертным грехом, и, по мнению многих, примирение отступников с Церковью было невозможно. Давнишний противник Киприана Новат придерживался того мнения, что принимать отступников обратно в Церковь могут только «исповедники», т.е. люди, подвергшиеся гонениям и открыто исповедавшие свою веру, которые по той или иной причине не погибли мученической смертью (то ли гонение кончилось, то ли римский чиновник попался неисполнительный и т.п.). Иными словами, они открыто выразили готовность умереть за веру, но в силу обстоятельств не умерли,а стали героями.

Другая категория христиан, не отступивших от веры, состояла из людей, которых просто не поймали римские власти, и к этой-то категории принадлежал сам епископ Киприан. Исповедники настаивали на своем исключительном праве судить всех отступников и принимать их в Церковь. Киприан же считал, что только епископ как глава Церкви может нести ответственность за примирение отступников. В ответ партия исповедников хором осуждала самого Киприана, обвиняя его в трусости и недостойном поведении. На местном карфагенском соборе (251 г.) было решено, что отступники могут быть допущены к покаянию и, хотя бы на смертном одре, снова приняты в лоно Церкви, но только епископским судом. Недовольная этим решением целая группа пресвитеров-исповедников во главе с Новатом откололась от Церкви. Этим проблемам - отступничества и раскола - посвящены два основных сочинения св. Киприана - «О падших» и «О единстве кафолической Церкви».

В 255 году Киприан принимает участие еще в одном споре, касательно крещения еретиков. Как и Тертуллиан, Киприан считал, что крещение еретиков нельзя считать действительным, потому что крещение невозможно вне Церкви и, по существу, есть вступление в Церковь. Этот взгляд на вещи был официально провозглашен на трех карфагенских соборах (255-256 гг.), вызвав резкое неодобрение со стороны римского папы Стефана. Однако всем спорам вскоре пришел конец, так как в 258 году император Валериан провозгласил новый эдикт против христиан. В ходе разразившихся гонений и Киприан, и папа Стефан погибли мученической смертью.

Творения св. Киприана можно в основном разделить на апологетические и этические. Особняком стоят уже упоминавшиеся книги «О падших» и «О единстве кафолической Церкви». Апологетические сочинения Киприана написаны в традиции апологий Тертуллиана и отличаются таким же строгим максимализмом. До нас дошли три длинных письма, по сути дела написанных в форме трактатов. В письме «К Донату» описывается обращение Киприана в христианство и обсуждается природа крещения, как вступление в новую жизнь, наполненную покоем и счастием христианской веры. Письмо «К Димитриану» представляет опровержение язычника Димитриана, утверждавшего, что христиане повинны в войне, море, голоде и засухе. Эти напасти объяснялись нежеланием христиан совершить жертвоприношение идолам. Письмо «К Квирину» очень важно для историков, изучающих латинский текст Библии, ибо оно содержит множество ветхозаветных цитат в раннем латинском переводе, организованных под различными заголовками.

Сочинения Киприана на этические темы также обнаруживают сходство с писаниями Тертуллиана. Нам известно несколько коротких трактатов, из которых особый интерес представляют следующие: «Об одежде девственниц», «О благе терпения» и «О ревности и зависти». В маленькой книге «О смертности», написанной во время чумы, разразившейся сразу же после Декиева гонения, описывается христианское отношение к смерти: ничем так не отличаются христиане от язычников, как духом, с которым они приветствуют окончание жизни. Киприан осуждает обычай оплакивать мертвых, так как для верующего человека смерть во Христе ведет к бессмертию и вечному вознаграждению, освобождая его от трудов и невзгод этого мира для поселения в истинном отечестве:

Покажем себя истинно верующими: не будем оплакивать кончины друзей наших, и, когда наступит день нашего собственного призыва, пойдем неукоснительно и благодушно на голос зовущего нас Господа. Надобно размышлять, возлюбленнейшие братья, и почасту думать о том, что мы отреклись от мира и находимся здесь временно, как гости и странники. Будем же благословлять день, который каждого из нас приводит к собственному его жилищу, который восхитив нас от земли и разрешив от мирских уз, возвращает нас в рай и в царство небесное. Кто, находясь на чужой стороне, не спешил бы вернуться в отечество? ... А мы отечеством своим почитаем рай, ... почему же не спешим скорее увидеть свое отечество, приветствовать родных... К ним-то поспешим ... с неудержимой любовью, с пламенным желанием - быть скорее с ними, скорее придти к Христу.

("О смертности")

К этому же разделу принадлежит и самый ранний в истории христианства комментарий на «Отче наш» (или «Книга о молитве Господней»), появившийся примерно в то же время, что и Оригенов комментарий на Востоке. В этом коротком трактате внимание автора сосредоточено на идеях единства Церкви и общинного ее характера:

Учитель мира и Наставник единства прежде всего не хотел, чтобы молитва была совершаема врозь и частно, так чтобы молящийся молился только за себя. В самом деле, мы не говорим: «Отче мой, иже еси на небесех, ... хлеб мой даждь мне днесь»; каждый из нас не просит об оставлении только своего долга, не молится об одном себе, чтобы не быть в веденным в искушение и избавиться от лукавого. У нас всенародная и общая молитва, и когда мы молимся, то молимся не за одного кого-либо, но за весь народ, потому что мы - весь народ - составляем одно. Бог-Наставник мира и согласия, поучавший единству, хотел, чтобы и один молился за всех так же, как Он один носил нас всех.

("О молитве Господней")