В 212 году Ориген отправился с визитом в Рим, где познакомился и подружился с будущим римским епископом Ипполитом. В 215 году он посетил Аравию (нынешнюю Трансиорданию), а оттуда поехал в Антиохию по приглашению матери императора Септимия Севера Юлии Маммеи. В 216 году, во время гонения Каракаллы. Ориген нашел убежище в Палестине. Преданные ему епископы иерусалимский и кесарийский дали Оригену возможность продолжать преподавательскую деятельность, и он устроил в Кесарии «Александрию в миниатюре», а также занимался изъяснением св. Писания перед собраниями верующих в церквах. Здесь произошло первое столкновение Оригена с церковной иерархией: александрийский епископ Димитрий, недовольный тем, что мирянин учит в церкви, отозвал его обратно в Александрию.

В 231 году Ориген отправился в Грецию и, проезжая через Палестину, принял в Кесарии рукоположение в священники от местных епископов. Рассерженный Димитрий александрийский официально (на двух местных соборах) опротестовал это рукоположение и отлучил Оригена от Церкви на том основании, что, во первых, он, будучи мирянином, проповедовал в присутствии епископов и что, во-вторых, скопец не может быть священником. В 232 году, после смерти Димитрия, Ориген вернулся в Александрию, где был снова отлучен преемником Димитрия. На этот раз Ориген окончательно переехал в Палестину, где многие епископы были его бывшими учениками. Он продолжал свою ученую и преподавательскую деятельность и приобрел такой авторитет, что каждое его слово записывалось стенографами.

Во время Декиева гонения Ориген находился в Тире. Он был арестован, и у Евсевия мы находим описание его пыток:

Но какие и сколько мучений перенес в это гонение Ориген, чем они кончились, когда лукавый демон выводил, против него попеременно всю свою силу, восставал на него со всеми возможными ухищрениями и нападал гораздо более, чем на прочих тогдашних подвижников, - какие и сколько уз и телесных истязаний претерпел он за слово Христово, как страдал в углу темницы от железных на шее цепей и как его ноги в продолжении многих дней были растянуты до четвертой степени на деревянном орудии казни, - с каким мужеством вынес он также угрозы быть сожженным и все другое со стороны своих врагов, - чем все это кончилось, когда судья сильно настаивал, чтобы его никак не лишать жизни, и сколько после того написал он полезнейших сочинений для людей, имевших нужду в утешении, - о всем этом подробно и верно сказано в весьма многих его посланиях.

("Церковная история", кн. 6. гл. 39)

Возможно, что Ориген остался жив благодаря тому, что римские чиновники того времени скорее стремились принудить христиан к отречению от веры, нежели добивались их смерти. В их интересы не входило умножать число мучеников, которых народное почитание сразу делало героями. Во всяком случае Ориген от веры не отрекся, но пытки и тюремное заключение разрушили его здоровье, и он скончался в 253(4?) году в Тире. Хотя его юношеская мечта умереть мучеником не сбылась, он несомненно принадлежит к числу исповедников, т.е. людей, пострадавших за веру. Ориген умер в общении с Церковью, по крайней мере с Палестинской церковью - с александрийским епископом он так никогда и не примирился.

Личность и произведения Оригена как при жизни, так и после смерти были окружены необычайным уважением и авторитетом. Его учение легло в основу многих учений, и еретических, и православных. Его популярность особенно возросла в четвертом веке, в период бурного расцвета христианского богословия, когда все христианские мыслители вдохновлялись им и так или иначе ссылались на его творения. Но поскольку влияние его учения во многом было отрицательным и породило явно еретические формы «оригенизма», он был посмертно осужден как еретик и предан анафеме на поместном константинопольском соборе 543 года при императоре Юстиниане. Десять лет спустя осуждение Оригена было подтверждено на Пятом Вселенском соборе, а сочинения его были объявлены подлежащими уничтожению. Несмотря на это, авторитет Оригена среди христианских мыслителей не был вполне уничтожен, и следы его влияния можно проследить в более позднем богословии как на Западе, так и на Востоке.

Многие из сочинений Оригена погибли безвозвратно, а другие дошли до нас в латинских переводах его учеников и поклонников, зачастую смягчавших или искажавших смысл его учения. Ориген был необычайно плодовитым писателем: дошедшие до нас его сочинения занимают четыре тома в собрании Миня.

Важную часть наследия Оригена составляют экзегитические сочинения (толкования и комментарии). К ним относятся прежде всего «Гекзаплы» - составленные Оригеном списки Ветхого Завета, разделенные на шесть столбцов (отсюда и название). В первом столбце помещался еврейский текст (в масоретской версии), написанный на иврите; во втором - тот же текст в греческой транслитерации. В остальных четырех столбцах помещались греческие переводы: в третьем - Акилы, в четвертом - Симмаха, в пятом - перевод Семидесяти толковников (Септуагинта), в шестом - Феодотиона. Переводы Акилы, Феодотиона и Симмаха не были общеупотребительными - по выражению Евсевия, Ориген «открыл их в каком-то темном углу». Для некоторых частей Библии (например, псалмов) Ориген включил и другие переводы (эннеаплы). Перевод Семидесяти толковников, который Ориген явно не считал единственно авторитетным текстом, снабжен критическими заметками, указывавшими на отличие от еврейского текста: обелис, означал добавление в еврейском тексте, лакуна, - пропуск в еврейском тексте. Проделанная Оригеном работа представляет собой первую в истории попытку критического исследования Библии. «Гекзаллы» в течение веков служили восточным богословам в качестве основного источника ветхозаветной эрудиции.

Комментарии Оригена обнимают почти все св. Писание. Их можно разделить на три группы: схолии (заметки на полях), гомилии или проповеди (до нас дошло 574, из них 20 - в греческом оригинале) и собственно научные комментарии к «Песне песней», к Евангелиям от Матфея и Иоанна и к «Посланию к Римлянам».

В своих толкованиях и беседах Ориген пользуется традиционным александрийским методом - аллегорией. Для современного человека этот метод может показаться бесполезным и бессмысленным. Для правильной его оценки необходимо помнить, что Ориген писал для греков и в культурном отношении сам был греком. Он любил Ветхий Завет и бережно относился к малейшим его деталям, но в то же время хорошо понимал, что для его греческих современников необходимость читать ветхозаветную историю не была очевидной. Без этого, однако, они не могли стать христианами и правильно понять христианство. Поэтому Ориген объяснял, что все, даже самые казалось бы незначительные подробности ветхозаветных книг имеют вечный смысл и их нужно понимать символически, как аллегории отвлеченно духовных и истинно важных событий, относящихся ко Христу и Церкви.