В комментарии на заповеди блаженства («Блаженны миротворцы...») Ориген утверждает, что для понимания священного текста необходимо особого рода знание, даруемое Святым Духом. Это знание раскрывает нам единый духовный смысл внешне противоречивых текстов Писания, и тем самым устанавливается «мир»:

Тому, кого мы можем назвать миротворцем, ничто в божественных высказываниях не представляется ни искаженным, ни извращенным. Все ясно тому, кто наделен пониманием.

В гомилиях на «Послание к Евреям» поднимается проблема авторства в самом современном смысле слова. Ссылаясь на стиль и синтаксис Послания, Ориген делает вывод, что апостол Павел не мог быть его автором, который, по всей видимости, был образованным эллином, хорошо знакомым с мыслью св. Павла, - возможно, Климент Римский или евангелист Лука, - предположение, с которым согласились бы и некоторые современные исследователи Нового Завета:

Стиль языка послания, озаглавленного «К Евреям», не обнаруживает недостаточного литературного умения, свойственного апостолу. Он (Павел) и сам признавал, что не владеет литературным искусством. Но по тому, как составлены фразы, чувствуется эллинское образование автора, как согласится всякий, кто способен судить о различиях стиля... Я желал бы высказать мнение, что мысль послания - апостольская (Павла), но что стиль и композиция принадлежат кому-то, кто запомнил учение апостола и написал комментарий к словам своего учителя. Если какая-либо церковь считает, что послание написано Павлом, пусть остается при своем мнении. Ибо не без оснований наши предшественники передали его нам как послание Павла. Кто же на самом деле написал его, одному Богу известно... Некоторые говорят, что Климент, епископ римский, написал его, другие - что Лука, автор Евангелия и Деяний.

В комментарии на евангелие от Матфея Ориген поднимает животрепещущий вопрос: как объяснить неподготовленному читателю смысл и значение таких книг, как «Левит» или «Паралипоменон»? В ветхозаветном Писании существует гармония, - утверждает он. При чтении по частям утрачивается смысл единого целого. Библия - цельная книга, объединенная общим смыслом и интуицией, в которой отдельные книги не дают представления об общем замысле, так же как партия одного инструмента в симфонии не может быть отделена от всего произведения. Этот знаменитый музыкальный образ в применении к Писанию был впервые предложен именно Оригеном:

Так же как человеку, не обладающему музыкальным слухом и не понимающего теории музыкального созвучия, представляется, что различные струны псалтыри или лиры, производя различные, явно несходные звуки, по причине этого несходства звучат негармонично, так же и те, кто не умеют различить божественную гармонию в св. Писании, видят несоответствие между Ветхим Заветом и Новым, или между Пророками и Законом, или между Евангелиями, или же между апостолом (Павлом) и Евангелием, или, наконец, между ним и другими апостолами. Но когда приходит человек, обученный музыке Божией, человек, искусный делом и словом и потому названный Давидом - имя, обозначающее «умелая рука» (неправильная интерпретация Оригена: Давид по-еврейски может значить «возлюбленный»), этот человек вызывает к жизни звук музыки Божией, ибо он владеет искусством вовремя ударять по струнам Закона, то, в созвучии с ними, по струнам Евангелия, то по струнам Пророчества, а когда требуют обстоятельства, и по апостольским струнам, в созвучии с Пророками или же Евангелием. Ибо ему известно, что все Писание есть в совершенстве настроенный божественный инструмент, и он производит на нем различные ноты одной мелодии спасения для тех, кто желает учиться, мелодии, смиряющей и останавливающей всякое действие злого духа, подобно тому, как игра Давида усмиряла злого духа, душившего Саула.

(Комм. на Мф.2)

А вот пример прекрасной, но совершенно искусственной аллегории, отбрасывающей буквальное, историческое значение текста. Смерть Моисея трактуется как смерть ветхозаветной религии, уступившей свое место истинной религии - христианству, символизируемому новым предводителем, Иисусом Навином, который есть прообраз Иисуса Христа: