Стоит отметить, что программа исследований аномальных явлений была одной из самых недорогих, если не самой дешевой, среди научно-исследовательских работ по оборонной тематике. Недостаток средств не позволял провести разработку или приобрести дополнительное специализированное оборудование, поставить специальные эксперименты, в результате часть запланированных исследований, в том числе по образованию крупномасштабных плазменных структур в атмосфере, не была осуществлена. Недостаток средств повлиял на методику исследований, которая, по существу, свелась к анализу собранного материала и разработке физических моделей наблюдавшихся явлений. Лишь в отдельных, наиболее интересных случаях были организованы выезды специалистов на места наблюдений НЛО и целенаправленные наблюдения, связанные с проведением технических экспериментов.

Программа исследований строилась на трех основных принципах. В соответствии с ними аномальные явления признавались реальным объективным фактором, исследователи отказывались от априорных решений и ориентировались на длительное и глубокое исследование проблемы. Несмотря на то, что в начале работы мы старались избежать предвзятого отношения к какой-либо гипотезе о природе НЛО, теоретически возможные версии их происхождения все же имели некоторый приоритетный характер:

- НЛО - продукт человеческой деятельности, то есть аномальные явления имеют антропогенное происхождение;

- НЛО - продукт естественных процессов, происходящих на Земле, в земной атмосфере и ближайшем космосе, то есть аномальные явления имеют природное происхождение;

- НЛО - проявление деятельности внеземных цивилизаций.

Последняя версия, хотя и самая интригующая, особого энтузиазма не вызывала, однако полностью исключить ее из рассмотрения было бы некорректно.

Ключевую роль в организации и выполнении военного раздела программы сыграл документ, подготовленный головным исполнителем Министерства обороны и утвержденный начальником Генерального штаба Вооруженных сил СССР в январе 1980 г. Этот документ, доведенный до всех войсковых частей в форме директивы Генштаба, содержал указания по всем основным вопросам реализации программы исследования НЛО. Он определил:

- один из центральных военно-исследовательских институтов Министерства обороны в качестве головного исполнителя программы, возложив на него функции центра сбора, обработки и анализа всей информации о НЛО, полученной в войсках;

- военные научно-исследовательские институты, ответственные за выполнение программы в каждом из пяти видов войск, и порядок их взаимодействия с центральным научно-исследовательским институтом, ответственным за программу в целом;

- порядок получения головным исполнителем программы информации от видов вооруженных сил, необходимой для идентификации НЛО, в первую очередь данных о проводимых в войсках пусках ракетно-космической техники;

- правила документирования факта обнаружения НЛО в войсках, порядок представления сообщений в зависимости от срочности и важности содержащейся в них информации.

Эта директива фактически позволяла исполнителям программы по исследованию аномальных явлений использовать огромный наблюдательный потенциал Советской Армии. Каждый военнослужащий, где бы он ни находился, сам того не ведая, становился одним из потенциальных исполнителей программы, так как в случае наблюдения какого-либо непонятного, необычного, неординарного явления он должен был доложить о своих наблюдениях в письменном виде по установленной форме и передать эти материалы начальству. Можно сказать, что указанной директивой армия была поставлена на 13 лет в режим массового дежурного наблюдения за аномальными явлениями в местах дислокации войсковых частей, то есть практически на всей территории СССР, а это как-никак составляло примерно 1/6 часть земной суши. Вряд ли когда-либо и кто-либо организовывал столь масштабное исследование, причем практически без финансовых вложений.

Для передачи информации о наблюдениях НЛО было предусмотрено два канала. Первый, рутинный, использовался, когда наблюдавшиеся явления не приводили к нарушениям жизнедеятельности войсковой части. Если же на фоне развития аномальных явлений в месте наблюдения происходило нечто экстраординарное, например отказы в работе техники, информация о таких событиях направлялась головному исполнителю срочным порядком, минуя все промежуточные этапы.

Аналогичный сбор наблюдательного материала, правда, не в таких грандиозных масштабах, был организован и в учреждениях, замкнутых в рамках программы на Академию наук, прежде всего на станциях Госкомгидромета (головная организация - Институт прикладной геофизики). Основной упор в работе «академических» организаций все-таки делался на анализ условий наблюдения аномальных явлений и физических механизмов их развития. К этой работе были привлечены специалисты по физике атмосферы и физике плазмы, геофизики, геохимики, математики и пр. В результате были созданы все предпосылки для сбора достаточно полной информации о наблюдениях всевозможных аномальных явлений, ее объективного анализа и построения адекватных моделей.