Следовавшие друг за другом аресты архиереев привели к тому, что к моменту Декларации митроп. Сергия 1927 года на его стороне было немногим более десяти епископов.

В тридцатых годах ежегодно арестовывались от десяти до двадцати архиереев. К началу войны на свободе оставались пятеро, вместе с митроп. Сергием. Церковное устройство было полностью парализовано.

Изменившаяся тактика отношения Сталина к Церкви во время войны привела к тому, что за несколько военных лет количество архиереев увеличилось в десять с лишним раз. Были восстановлены многие епархии. Но по-прежнему бывшие некогда самостоятельными епархии, из-за отсутствия храмов, присоединялись к соседним (Марийская, Казанская, Днепропетровская, Ульяновская...).

К концу 60-х годов количество епархий и архиереев выровнялось и достигло дореволюционного уровня. По состоянию на сентябрь 1990 года в Московской Патриархии имелось 80 епархий.

В некоторых епархиях в помощь правящему архиерею существуют викарии: 9 викариатств в Московской епархии (Клинское, Дмитровское, Солнечногорское, Орехово-Зуевское, Каширское, Можайское, Звенигородское, Истринское и Подольское), 1 викариатство в Киевской (Переяслав-Хмельницкое), 1 — в Ростовской (Азовское), 1 — в Рижской (Даугавпилское), 1 — в Сурожской (Керченское), 2 — в Кишиневской (Бельское и Бендерское). Таллинское викариатство является патриаршим.

Весь епископат Московской Патриархии состоит из: 14 митрополитов, 35 архиепископов, 46 епископов.

Украинскому и Белорусскому Экзархатам недавно была дарована Московской Патриархией автокефалия. Таким образом, это уже самостоятельные Украинская — 20 епархий (глава — митрополит Владимир Сободан) и Белорусская — 6 епархий (глава митрополит Филарет Вахромеев) Православные Церкви.

Кафедральным патриаршим собором является Богоявленский, что в Елохове в Москве (до революции — восьмой по размерам), в который в 1948 году с согласия гражданских властей, тайно, под покровом ночи, были перенесены из Кремля мощи святителя московского Алексия.

Патриарх имеет несколько личных резиденций: в Троице-Сергиевой Лавре, в Одессе, в Переделкино под Москвой, пользуется в своих поездках правительственной автомашиной "Чайкой". В настоящее время все основные учреждения Патриархии размещаются в отстроенном к 1000-летию крещения Руси Даниловом монастыре.

При патриархе существует Священный Синод, который по "Положению об управлении Русской Церкви" 1945 года должен состоять из шести членов — епархиальных архиереев при Председателе Патриархе. Трое из них — постоянные (митрополиты Крутицкий, Киевский и Санкт-Петербургский), трое — временные, по вызову из епархий. Временные члены вызываются для присутствия на одной сессии Синода, согласно списку архиереев, по старшинству хиротонии, по одному от каждой из трех групп епархий, на которые разделены все епархии Русской Церкви.

Синодальный год разделяется на две сессии: летнюю (март-август) и зимнюю (сентябрь-февраль). В настоящее время Синод состоит из пяти постоянных членов и двоих временных. Для руководства отдельными сторонами церковной жизни, при Синоде учреждены отделы: Управление делами, Внешних церковных сношений, Издательский, Учебный Комитет, Хозяйственное Управление, Пенсионный Комитет.

Управление делами, как административный орган, приводит в исполнение распоряжение высшей церковной власти (патриарха и Синода) и осуществляет связь с епархиями. Управляющий делами присутствует на заседаниях Синода и ведет журнал его решений. По первоначальному замыслу Отдел внешних церковных сношений должен был служить для связи высшей церковной власти с заграничными Экзархатами, епархиями, благочиниями, миссиями, приходами и со всеми Поместными Православными Церквами и инославными конгрегациями. Но очень скоро он превратился в инструмент (весьма эффективный) откровенной советской пропаганды и оболванивания иностранных гостей, приезжавших в бывший Советский Союз по церковной линии.

Учебный Комитет ведает духовными учебными заведениями, осуществляет подбор (до недавнего времени в полном согласии с Советом по делам религий) преподавательского корпуса, в конечной инстанции одобряет программы и методику преподавания и вообще надзирает за направлением и жизнью духовных школ.

Издательский Отдел осуществляет выпуск ежемесячного журнала ("Журнал Московской Патриархии"), Священного Писания, богослужебных книг, в очень ограниченных тиражах и с предельно высокой ценой.