Представители Зарубежной Церкви вынуждены были прервать общение только с Высшей Церковной властью в России, поскольку она сама стала отступать от пути Христовой Истины и Правды и через то отрываться духовно от православного епископства Церкви Российской, о которой мы не перестаем возносить свои моления за каждым богослужением, и вместе, и от верующего народа русского, издревле оставшегося "хранителем благочестия на Руси".

За время войны связь руководства Зарубежной Церкви с отдельными ее частями расстроилась. Многим казалось, что Зарубежная Церковь переживает последние дни. Владыка Анастасий добился разрешения на поездку в Женеву (Швейцария), откуда в короткий срок письменно наладил общение со всеми странами мира и восстановил церковную организацию. К Пасхе 1946 года он возвратился в Мюнхен и приступил к руководству Зарубежной Церковью.

23 апреля 1946 года он смог собрать в Мюнхене Собор Русской Зарубежной Церкви, объединивший 26 епископов, из которых 16 присутствовали лично. Собор, среди прочего, определил свое (тем самым всей Зарубежной Церкви) отношение к Московской Патриархии:

"Высшее Церковное Управление в России, в лице нынешнего Главы Русской Церкви Патриарха Алексия, неоднократно уже обращалось к зарубежным епископам с увещанием войти в каноническое подчинение Патриархии, но, повинуясь велениям своей пастырской совести, мы не находим для себя нравственно возможным пойти навстречу этим призывам до тех пор, пока Высшая Церковная власть в России находится в противоестественном союзе с безбожной властью и пока вся Русская Церковь лишена присущей ей по ее божественной природе истинной свободы...

Прежде всего власть большевиков обязана раскрыть двери темниц и концентрационных лагерей, чтобы освободить томящихся там до ныне архипастырей и пастырей, явивших себя истинными исповедниками Православия и предоставить духовенству полную свободу устной и письменной проповеди Слова Божьего и религиозного воспитания молодых поколений.

Глубоко сожалея о тяжелом и зависимом нынешнем положении иерархии и духовенства в России, мы не хотим требовать от них непосильных жертв и возлагать на их рамена непосильного бремени, однако не можем со скорбью не указать на то, что высшая иерархия Русской Церкви стала на неверный и опасный путь, поскольку она с одной стороны замалчивает горькую для Советской власти правду, представляя положение церковной и общественной жизни в России не таким, каким оно есть в действительности и забывая изречение Григория Богослова, что в таких случаях "молчанием предается Бог", а с другой — сознательно утверждает кощунственную неправду, будто гонений на Церковь не только нет, но и никогда не было в России со стороны большевицкой власти, и таким образом глумится над страдальческим подвигом множества священномучеников и мучеников, которых она дерзает приравнивать к политическим преступникам, понесшим якобы справедливую кару со стороны правительства. Это есть подлинно великий грех хулы на их священную память и клеветы на нашу Матерь Церковь, за которой иерархия и особенно возглавитель дадут тяжкий ответ перед Богом и судом истории.

Склоняясь с благоговением перед образом наших великих страстотерпцев, пострадавших за Веру и Божию Правду, мы усердно молимся об их упокоении, как и других многочисленных русских людях, особенно о тысячах военнопленных, принявших мученическую кончину от жестокой руки так называемых немецких нацистов. Уповаем, что жертва тех и других была не напрасна, что на их мученических костях воздвигнется новая свободная Русь, сильная своей Православной Правдой и братской любовью, которой она искони светила миру. И тогда все ее рассеянные сыны без всякого принуждения и насилия, но свободно и радостно устремятся отовсюду в ее материнские объятия. В сознании своей неразрывной духовной связи с нашей Родиной, усердно просим Господа, чтобы Он возможно скорее залечил раны, нанесенные нашему Отечеству столь тяжелой для него, хотя и победоносной войной и благословил его миром и полным благоденствием".

Подписали: Председатель Архиерейского Собора Митрополит Анастасий; Члены: архиепископы — Пантелеймон, Венедикт, Филофей; епископы — Леонтий, Димитрий, Афанасий, Стефан, Евлогий, Григорий, Феодор, Александр, Нафанаил. Секретарь — епископ Серафим.

Огромную работу проделал Митрополит Анастасий в послевоенные годы в помощь тысячам беженцев (Ди-Пи). Он писал бесчисленные письма во все мировые учреждения, лицам, имеющим авторитет, право или власть, в защиту русской эмиграции (особенно — новой, военной).

В 1948 году исполнилось 50 лет пастырской деятельности Владыки Анастасия. Он категорически отверг попытки устроить праздничные торжества по этому поводу.

В ноябре 1950 года Архиерейский Синод во главе с Митрополитом Анастасием переехал из Мюнхена в Северную Америку. Вместе с ними на американский континент прибыла и "Спутница" Русского зарубежья — 700-летняя святыня, чудотворная Курская ("Знамение") икона Божией Матери.

Через несколько дней после прибытия Синода в Америку, в Свято-Троицком монастыре в Джорданвиле (штат Нью-Йорк) начал свою работу Очередной Собор Зарубежной Церкви. В дни работы Собор переехал в местечко Могопак, временную резиденцию Митрополита Анастасия и Синода. В работе Собора, кроме Митрополита, принимали участие: архиепископы: Виталий, Иоасаф, Иоанн, Иероним; епископы: Евлогий, Григорий, Серафим, Нафанаил, Тихон, Никон.

Остальные епископы Зарубежной Церкви прислали свои доклады и отчеты.

В Свято-Троицком монастыре был совершен Чин Мироварения и освящен новый храм во имя Пресвятой Троицы. 2 декабря Собор выпустил специальное Послание — "Возлюбленным во Христе чадам в рассеянии сущим".