С 1859 до 1865 год было открыто свыше 21.400 новых приходских школ исключительно одним духовенством.

Примечательна реакция интеллигенции на этот процесс. Она тоже возревновала о просвещении народа и стала открывать по городам воскресные школы. Но вскоре обнаружилось, что в них велась пропаганда тех самых вредных идей, которыми она и была заражена. В 1865 году правительство вынуждено было закрыть эти школы.

В следующем году воскресные школы стали открываться вновь, но уже не нигилистически настроенной интеллигенцией, а опять же духовенством при церквах и духовных семинариях. Интеллигенция была естественно оскорблена. В своей печати она толковала о невежестве духовенства, об узости его учебной программы, об отсталости методов обучения и проч. В Министерстве народного просвещения подняли вопрос о подчинении возникших благодаря стараниям духовенства всех этих десятков тысяч народных школ самому Министерству.

В 1862 году состоялось мудрое Высочайшее повеление: приходские школы оставить в ведомстве духовенства, а Министерству ведать школами, какие оно откроет само.

В 1864 году для объединения просветительской деятельности всех народных школ были учреждены губернские и уездные училищные советы из представителей ведомств и земств под председательством архиереев. Церковные школы не получили в этих советах никакой поддержки, даже моральной, поскольку большинство в них оказалось не сочувствующим деятельности духовенства. Не нашли приходские школы поддержки и в назначенных вскоре Министерством образования инспекторах и директорах народных школ.

В 1864 году против школ духовенства активно восстали Земства, мечтавшие о школах, построенных по новейшим европейским образцам, с новым, безрелигиозным, чисто культурным направлением, с новыми методами, новыми преподавателями, для приготовления которых предполагалось завести особые учительские семинарии и институты.

Приходские школы одна за другой начали переводить в ведение Земства. Для многих школ это был и единственный путь продолжать свое существование, поскольку у духовенства не всегда оказывалось достаточно для их поддержания средств.

Число подведомственных духовенству школ быстро и резко сократилось. К началу 80-х годов их осталось четыре с небольшим тысячи. Многие земства отказывались оплачивать даже законоучительный труд духовенства в перешедших в их ведение школах, некоторые вообще считали нужным до минимума сократить уроки по закону Божию. Священники очутились в зависимости от светских лиц, которым церковные интересы если и не были вовсе чужды, то стояли на одном из последних мест.

Наконец, в 1874 году и сами архиереи были отстранены от председательства в училищных советах. На их место стали назначаться предводители дворянства. Духовенству в губернских и уездных училищных советах позволено иметь только по одному депутату.

Не удивительно, что духовенство не только перестало в таких условиях открывать новые школы, но стало уклоняться и от законоучительства в светских школах. Еще с 1871 года Синод вынужден был дозволить занимать законоучительские вакансии светским лицам. Живая связь между Церковью и народной школой ощутимо слабела.

Некоторое улучшение наступило, когда должности министра народного просвещения и обер-прокурора были совмещены в лице графа Д. Толстого, проводившего единую политику в отношении народных школ.

Еще более крупная перемена к лучшему произошла в царствование Александра III. Ему хорошо понятно было значение религиозных основ в народном просвещении.

С 1882 года начинается возрождение церковно-приходских школ. В этом году последовало Высочайшее повеление о перечислении из фондов Министерства народного просвещения на баланс Синода 55.500 рублей для устройства и содержания духовенством школ народного образования.

В 1884 году были изданы Правила о церковно-приходских школах, выдержанные в строго религиозном духе. Приходские школы и школы грамотности были отданы в полное ведение духовенства. Для управления ими были учреждены епархиальные советы, а при Синоде (с 1885) — Училищный совет. Председатель последнего назначался Синодом. В состав совета входили 9 постоянных членов, наблюдатель школ и его помощник.