В 1930 году его вновь арестовали. Теперь — по обвинению в выдаче «ложной справки о самоубийстве» профессора Михайловского, который находился в состоянии душевной болезни. Этот документ разрешал отпевание, но он же послужил формальным поводом к аресту святителя. Итог следствия в ОГПУ — «выслать в Северный край сроком на 3 года». Владыка Лука в автобиографии вспоминал истинные причины ареста: «23 апреля 1930 года я был вторично арестован. На допросах я скоро убедился, что от меня хотят добиться отречения от священного сана». Ссылку в Архангельск сам владыка считал весьма легкой, в городе он работал хирургом в большой амбулатории. Ссылка закончилась в ноябре 1933 года. Вернувшись в Ташкент, он не смог найти работы. Место врача в районной больнице ему дали в небольшом среднеазиатском городке Андижан. А через год он вернулся в Ташкент, где в городской больнице заведовал гнойным отделением.

Осенью 1934 года в Медгизе вышло первое издание книги «Очерки гнойной хирургии», ставшей практическим пособием для нескольких поколений хирургов. Но не только технической стороне постановке диагнозов и оперативным методам лечения учит святитель на страницах этой книги — подлинно человеческим отношением к больному, христианским милосердием дышат подобные строки: «Приступая к операции, надо иметь в виду не только брюшную полость и тот интерес, который она может представить, а всего больного человека, который, к сожалению, так часто у врачей именуется «случаем“. Человек в смертельной тоске и страхе, сердце у него трепещет не только в прямом, но и в переносном смысле…». На протяжении всей книги перед читателем проходят яркие образы людей с их страданиями и немощью. В предисловии к пятому изданию «Очерков гнойной хирургии» говорится, что «по своим научным, клиническим и литературным достоинствам книга В.Ф. Войно-Ясенецкого представляется уникальной, не имеющей аналогов в мировой медицинской литературе. Скромно названная автором «очерками“, она справедливо может считаться «Энциклопедией гнойной хирургии“ или «Энциклопедией пиологии“».

В 1935–1936 годах епископ работал в Ташкенте в Институте неотложной помощи, читал лекции в Институте усовершенствования врачей. Утро владыки начиналось в семь часов с молитвы в храме, где он служил и проповедовал по воскресным и праздничным дням.

В 1937 году святителя Луку обвинили в шпионаже в пользу иностранной разведки. Для сфабрикованного дела необходимы были ложные признания, их выбивали из владыки многомесячными пытками и издевательствами. Сам архиепископ говорил об этом так: «Был изобретен так называемый допрос конвейером, который дважды пришлось испытать и мне. Этот страшный конвейер продолжался непрерывно день и ночь. Допрашивавшие чекисты сменяли друг друга, а допрашиваемому не давали спать ни днем, ни ночью. Я опять начал голодовку протеста и голодал много дней. Несмотря на это, меня заставляли стоять в углу, но я скоро падал на пол от истощения. У меня начались ярко выраженные зрительные и тактильные галлюцинации, сменявшие одна другую. То мне казалось, что по комнате бегают желтые цыплята, и я ловил их. То я видел себя стоящим на краю огромной впадины, в которой расположен целый город, ярко освещенный электрическими фонарями. Я ясно чувствовал, что под рубахой на моей спине извиваются змеи. От меня неуклонно требовали признания в шпионаже, но в ответ я только просил указать, в пользу какого государства я шпионил. На это ответить, конечно, не могли. Допрос конвейером продолжался тринадцать суток, и не раз меня водили под водопроводный кран, из которого обливали мою голову холодной водой».

Милостью Божией владыка, которому к тому времени было уже 60 лет, с крайне подорванным в предыдущих ссылках здоровьем выдержал и эти мучения. Следствие, как и перед предыдущими двумя ссылками, зашло в тупик, поскольку святитель не признавал ложные обвинения. Но, несмотря на это, епископа осудили и отправили в пятилетнюю ссылку в Красноярский край. Пригнали епископа Луку в село Большая Мурта, расположенное в 130 верстах к северу от Красноярска. Там в районной больнице святитель развил активную хирургическую деятельность, а из Ташкента владыке присылали много историй болезни пациентов с гнойными заболеваниями для нового издания «Очерков гнойной хирургии». Эта книга вместе с монографией «Поздние резекции при инфицированных ранениях больших суставов» стала большим подспорьем в работе фронтовых хирургов в Великую Отечественную войну 1941–1945 годов.

Великая Отечественная война. Архиерейское служение в Красноярске

С началом войны с фашистской Германией владыка из ссылки пишет телеграмму на имя Калинина: «Я, епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий, отбываю ссылку в поселке Большая Мурта Красноярского края. Являясь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта или тыла, там, где будет мне доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука». Его незамедлительно назначили главным хирургом эвакогоспиталя № 15–15 в Красноярске. Два года он с полной отдачей сам лечил офицеров и солдат. «Раненые офицеры и солдаты очень любили меня. Когда я обходил палатки по утрам, меня радостно приветствовали раненые. Некоторые из них, безуспешно оперированные в других госпиталях по поводу ранения в больших суставах, излеченные мною, неизменно салютовали мне высоко поднятыми прямыми ногами», — вспоминал он. Приезжавший в госпиталь инспектор профессор Приоров говорил, что ни в одном из эвакуационных госпиталей не наблюдалось подобных блестящих результатов лечения раненых, как у владыки Луки.

До 1943 года владыка был лишен возможности совершать богослужения, так как в Красноярске, городе с многотысячным населением, последнюю из множества церквей закрыли перед войной. И вот в марте 1943 года святителя назначили архиепископом Красноярским. Он писал сыну: «Господь послал мне несказанную радость. После шестнадцати лет мучительной тоски по церкви и молчания отверз Господь снова уста мои. Открылась маленькая церковь в Николаевке, предместье Красноярска, а я назначен архиепископом Красноярским… Конечно, я буду продолжать работу в госпитале, к этому нет никаких препятствий». Признание святителя в светских кругах росло, он вспоминал: «Почет мне большой: когда вхожу в большие собрания служащих или командиров, все встают». Конечно же, владыка знал об изменении отношения государства к Церкви в связи с войной и мировым положением страны, но в то же время в одном из писем сыну есть такие строки: «В Красноярске, в «кругах“ говорили обо мне: «Пусть служит, это политически необходимо“. …Я писал тебе, что дан властный приказ не преследовать меня за религиозные убеждения. Даже если бы не изменилось столь существенно положение Церкви, если бы не защищала меня моя высокая научная ценность, я не поколебался бы снова вступить на путь активного служения Церкви. Ибо вы, мои дети, не нуждаетесь в моей помощи, а к тюрьме и ссылкам я привык и не боюсь их». «О, если бы ты знал, как туп и ограничен атеизм, как живо и реально общение с Богом любящих Его…» И в другом письме: «Я подлинно и глубоко отрекся от мира и от врачебной славы, которая, конечно, могла бы быть очень велика, что теперь для меня ничего не стоит. А в служении Богу вся моя радость, вся моя жизнь, ибо глубока моя вера. Однако и врачебной, и научной работы я не намерен оставлять».

В Красноярске началась переписка святителя с митрополитом Сергием Страгородским, которая имела немаловажное значение для подготовки Собора епископов Русской Православной Церкви 1943 года для избрания Патриарха всея Руси. Архиепископ Лука принял непосредственное участие в составлении документов Собора. Он был членом Священного Синода.

Тамбовская епархия

Красноярская ссылка закончилась в конце 1943 года. Святителя сразу же назначили архиепископом Тамбовской епархии, где он в течение двух лет одновременно работал хирургом в госпиталях и служил в церкви. В управлении епархией архиепископ Лука сразу столкнулся со множеством трудностей. Тамбовский храм, долгие годы содержавший под своей кровлей рабочие общежития, доведен был до последней степени запустения. Обитатели его раскололи иконы, сломали и выбросили иконостас, исписали стены ругательствами. Владыка Лука без жалоб принял наследие атеистов, начал ремонтировать храм, собирать причт, вести службы, продолжая и врачебную работу, которой оказалось еще больше, чем в Красноярске. На попечении Тамбовского архиепископа теперь находилось 150 госпиталей, от 500 до 1000 коек в каждом. Также он консультировал хирургические отделения большой городской больницы. Владыка Лука по-прежнему был готов работать сутками, несмотря на то, что ему было уже под 70. В письме сыну он писал: «Приводим церковь в благолепный вид… Работа в госпитале идет отлично… Читаю лекции врачам о гнойных артритах… Свободных дней почти нет. По субботам два часа принимаю в поликлинике. Дома не принимаю, ибо это уже совсем непосильно для меня. Но больные, особенно деревенские, приезжающие издалека, этого не понимают и называют меня безжалостным архиереем. Это очень тяжело для меня. Придется в исключительных случаях и на дому принимать».