Время, в которое угодно было Богу возвести Даниила на игуменство в Хиландаре, было трудное и тяжелое не только для святой горы Афонской, но и для всего царства Греческого. В то время двигались уже турки-османы на Царьград; не только теснили в Азии, но пытались проникнуть через море и в Европу. Цари греческие употребляли все меры для защиты христиан от неверных. Кроме своих сил, они всячески старались отыскать и постороннюю помощь. Так и сербский краль Милутин помогал царю греческому Андронику Старшему против турок в Азии. Потом царь греческий вынужден был прибегнуть к наемным войскам, к испанским каталонцам. Эти сборные из разных народностей наемные войска не сдержали договора, скоро вошли в связь с турками, и из помощников и защитников скоро обратились в лютых врагов православного христианского царства. Они грабили, разоряли и жгли жилища по всему Балканскому полуострову. По берегам греческих морей свирепствовали морские разбойники, особенно венецианские. Как сухопутные враги - каталонцы, так и морские - преимущественно венецианцы, не оставили в покое и святую гору Афон. Преувеличенные слухи о богатствах Афонских монастырей привлекали хищников, которые, не давая никакой пощады населению, не разбирая ни звания, ни возраста, пленяли, убивали и грабили.

От этих разбойников, хотя и христиан, но латинян, не избавилась и сербская Афонская Хиландарская лавра.

В такое-то тяжелое время святой Даниил был назначен на игуменство в Хиландаре.

Краль Милутин и архиепископ Евстафий отпустили Даниила с богатыми дарами для святой Хиландарской лавры. Давно жаждавший подвизаться на Афоне святой Даниил с радостью стал осуществлять свои давние надежды. Он всею душою предался иноческим подвигам, твердо поборая все искушения, которые многоразлично метал на пути его спасения враг диавол. Пример игумена и его красноречивые наставления и поучение поддерживали и распространяли в монастыре благочестие, единомыслие, порядок и взаимную любовь.

Но сверх духовных подвигов, игумену Даниилу пришлось совершать и подвиги внешней борьбы, защиты обители от упомянутых разбойников, которые опустошили и разорили всю святую гору. В крепкий и благоустроенный Хиландарский монастырь сбежались многие монахи и простые окрестные жители, женщины и дети, ища здесь крова и пропитания.

Все монастырские запасы отданы были на пропитание бедствовавшего населения, но и они истощились. Всюду кругом распространялся голод. Люди и даже скот в опустошенной стране гибли от голода. Ввиду невыносимого бедствия сами монахи Хиландарского монастыря стали разбегаться, ища спасения, но и они попадали в рабство к врагам или умирали голодною смертью. Только непоколебимый в твердости игумен Даниил не падал духом. Три с половиной года он отсиживался в укрепленной обители. Не раз враги подступали к воротам монастыря, ломились в него, но без успеха удалялись, обещая снова возвратиться. Даниил неутомимо защищался с бывшими в монастыре людьми и с постоянною молитвою к Господу Богу.

В виду грозившей страшной опасности, заботливый и предусмотрительный игумен взяв обещание и заложников от укрывавшихся в монастыре людей в том, что они будут защищать монастырь, решил спасти его сокровища и помочь беде удалением на время к своему покровителю, сербскому кралю Милутину.

Дав значительную сумму золота оставшимся в монастыре, Даниил вместе с несколькими людьми из братии забрал священную утварь и драгоценности, даже монастырский скот, и отправился в Сербию сквозь земли, занятые и опустошенные неприятелями. По милости Божией, среди всевозможных опасностей, он благополучно пробрался в тогдашнюю сербскую столицу, в город Скопье. Краль Милутин с радостью принял игумена Даниила и уговаривал его остаться у него до тех пор, когда минует опасность. Но Даниил, отдав Милутину на сохранение монастырские сокровища и скот, ушел обратно, готовый все перетерпеть, даже мученичество.

На обратном пути снова встретились разные опасности со стороны разбойников и врагов. В одном месте напал на него один владетель и хотел схватить его и ограбить, но бывшие с Даниилом люди одолели благополучно нападавших, связали врага, повели с собой и отпустили только за пределами его владений.

Возвратившись в Хиландарский монастырь, игумен Даниил прежде всего позаботился о том, чтобы на будущее время защитить и охранить обитель от врагов, которые продолжали свирепствовать на Афоне и в окрестных землях. Снабдив деньгами нескольких надежных людей, он отправил их для закупки хлеба в морских пристанях и для найма вооруженных людей для защиты монастыря. Обеспечив таким образом защиту монастыря, сам Даниил удалился в Афонский монастырь Русик к своему духовному отцу для духовной беседы, а вместе и ради безопасности, так как враги искали случая захватить Хиландарского игумена в свои руки. Нашлись два изменника в Хиландарском монастыре, которые пришли в Русик, чтобы обманом выдать своего игумена врагам. Но предусмотрительный и прозорливый Даниил сумел обезоружить их, хотя враги, осадив Русик, пытались сжечь его и захватить Даниила. Но Бог спас Даниила от сей опасности: враги завели между собою ссору и неожиданно ушли от монастыря.

Возблагодарив Бога за избавление от угрожавшей опасности, Даниил со своими духовными детьми и спутниками отправился на берег моря в Афонский же монастырь Ксиропотам, который также устроен был и обеспечен святым Саввою, архиепископом сербским. Здесь Даниил вписал себя и своих родителей в синодик для поминовения и, проведя несколько дней в молитве, возвратился в свой монастырь Хиландарский.

Между тем внешние враги, причинявшее с лишком три года страшные бедствия и опустошения, постепенно стали оставлять Афонскую гору, и на ней понемногу стал водворяться покой. В укрощении и рассеянии сих врагов помогал греческому царю Андронику и сербский краль Милутин.

После восстановления мира и спокойствия на Афоне, Даниил так неутомимо и усердно защищавший и охранявший сербскую святыню, решился, ради безмолвной и уединенной подвижнической жизни, оставить игуменство в Хиландаре, передав его ученику своему Никодиму, и удалился в Афонский монастырь Карею. Там находилась келия святого Саввы для безмолвной и уединенной жизни по правилам святого Саввы, по которым он, иночествуя здесь, сам совершал моления, нощные стояния, поклоны и псалмопения. Поселившись в сей келье, Даниил всецело отдался духовным подвигам, слава о которых распространилась по всей горе Афонской, так что к нему стали многие приходить за духовным утешением и наставлениями.

В то время, когда Даниил подвизался в Карейском уединении, на его родине в Сербии возникла война: против краля Милутина восстал брат его Драгутин, желавший при помощи короля Венгерского отнять у Уроша Милутина сербский престол для своего сына Урошица. Милутин находился в большой опасности. Боясь вторжения врагов, он собрал свои сокровища в Баньском монастыре, но не имел надежного человека, которому мог бы поручить их хранение. Тогда за смертью епископа Баньская кафедра сиротствовала. И вот краль Милутин вспоминает деятельного Даниила, бывшего игумена Хиландарского, и отправляет к нему в Карею одного посла за другим, призывая к себе. Преданный уединенным подвигам, Даниил долго отказывался, но неотступные просьбы краля заставили его согласиться, и вот он является к кралю Милутину. Краль изъясняет свои тяжелые обстоятельства и, вручая собранные в Баньском монастыре сокровища, просит Даниила взять их под свою охрану и предлагает ему занять епископскую Баньскую кафедру. Даниилу очень не хотелось расставаться с уединенной жизнью на святой горе, но краль Милутин наконец убедил его согласиться на помянутое предложение, обещая снова отпустить его на святую гору, когда окончится благополучно война.