В 1606 году, когда Русская земля страдала от нашествия поляков и литовцев, неприятели силою опустошили многие области русского государства, и в том числе Тверскую обитель. Не пощадили враги и Желтиковой обители. Они ворвались в нее, думая найти много сокровищ. Но иноки заблаговременно успели скрыть монастырские сокровища и сами удалились в Тверь. Только на мощах святого оставался шитый золотом покров с его изображением. Не найдя ничего в обители, враги были сильно обмануты в своих ожиданиях. Один из неприятелей, досадуя на неудачу, схватил с мощей святого покров и положил на своего коня. Но лишь только он сел на лошадь, как вдруг неведомой силой лошадь и всадник были приподняты на воздух, потом низвергнуты на землю. От сильного удара они умерли, а покров дивным образом поднялся на крышу Успенского храма. Покров этот и доныне сохраняется в монастыре.

В 1637 году в обители строили новый соборный каменный храм. Посему мощи святителя были перенесены на время в деревянную церковь преподобных Антония и Феодосия Печерских. Один из братии, по имени Гермоген, в нетрезвом состоянии зашел после вечерни в церковь и заснул недалеко от мощей святителя. Проснувшись ночью, он был поражен дивным видением. Храм был ярко освещен; святой Арсений приподнялся и сел на своей каменной гробнице. Гермоген, объятый ужасом, хотел было бежать. Но святой Арсений, взглянув на него, грозно сказал:

- Зачем ты, дерзновенный, нетрезвым вошел в храм Божий?

Гермоген упал, как мертвый. Долго лежал он, но потом, придя в себя, с большим трудом вышел из храма северными дверями, которые запирались изнутри. После того долго был он болен. Но святитель хотел только вразумить неразумного и избавить от порока. Когда Гермоген, чистосердечно исповедав пред всеми свой грех, просил у святителя прощения, он получил исцеление от своего недуга пред мощами святого Арсения.

Часто святой угодник Божий являл страждущим свою дивную помощь и по его молитвам болящие получали исцеление. Из многих чудотворений упомянем о следующем.

В Твери проживал отрок Герасим, сын священника Василия. На свадебном пиру Герасима напоили вином, смешанным с ядовитым зельем. Он сильно заболел и уже помышлял о смерти. Страдая, Герасим обратился к безмездному целителю - святому Арсению, пришел к его мощам в день его памяти (2 марта), усердно молился, и угодник Божий дивным образом исцелил болящего отрока.

Спустя много лет Герасим, сделавшись клириком, переселился на жительство в Москву. В его доме проживала племянница его, Дарья, которая долго страдала болезнью глаз. Чем больше проходило времени, тем более болезнь усиливалась, так что Дарья не могла даже спать по ночам и все время стонала. Смотреть на свет она была не в силах. Наконец, в день памяти святого Арсения священник из храма, посвященного его имени, пришел в дом Герасима со святою водою и омыл ею глаза Дарьи. Она тотчас исцелилась.

Велико было изумление Герасима, когда он увидел свою племянницу здоровой. И ранее питал он благодарность к своему небесному заступнику. Видя же новую милость его, Герасим пожелал иметь у себя дома службу и житие его. Но в Москве жития святого Арсения не нашлось. По просьбе Герасима, архимандрит Желтиковой обители прислал ему житие и канон святителя и просил, по прочтении, обратно прислать их в монастырь. Герасим поспешно начал переписывать житие. Но с ним случилось несчастие. Когда перед началом своей работы он молился, то, поклонившись в землю, попал правым глазом на торчавший на полу гвоздь. Он едва мог подняться на ноги и громко возопил:

- О Владыко, Господи, смилуйся надо мной грешным!

В доме Герасима проживали тогда иноки из Желтиковой обители Иона и Феофил, которые привезли житие святого Арсения. Видя мучение Герасима, они стали обтирать кровь, струившуюся из раны, и советовали Герасиму помолиться Арсению. Лишь только Герасим стал просить святителя о своем исцелении, кровь тотчас же перестала течь. Тогда все увидели, что Герасим раздробил себе веко и бровь, но самый глаз по милости Божей остался цел. Вскоре рана зажила совершенно, и Герасим с благодарностью и умиленным сердцем дописал житие святителя, по молитвам которого так скоро получил исцеление.

При архимандрите Савватии [11] произошло следующее дивное чудо. Один крестьянин, живший близ обители святого Арсения, закопал в лесу свое сокровище, желая сохранить его. Спустя несколько времени сей человек пришел опять туда, где были спрятаны его деньги, начал отыскивать их, но не мог найти. Крестьянин впал в великую скорбь, начал тужить и плакать. Он хотел даже повеситься и уже накинул петлю на дерево. Вдруг пред ним предстал благообразный муж и сказал:

- Зачем ты, чадо, умыслил злое в сердце своем? Зачем хочешь ты погубить свою душу и обречь себя на вечное мучение?

На крестьянина напал трепет: он начал плакать. На вопрос дивного мужа, почему он так горько плачет, крестьянин сказал, что он спрятал свои деньги и не может отыскать.

Благообразный муж ударил жезлом в землю и сказал: