Сокрушаясь и проливая обильные слёзы, он обращался к святому, как бы к живому, говоря:

- Отошел ты, преподобный отче, вся моя надежда. В ком найду я после Бога прибежище, и где найду утешение?

И припав к одру святого и обнимая его честные мощи, он желал лучше быть погребенным вместе с учителем своим, чем разлучиться с ним.

С великим плачем и рыданием предав святое тело своего учителя погребению, Никон принял после него начальство над лаврою. Он положил с точностью выполнять всё, что учредил и заповедал великий основатель обители Сергий и, разделяя труды с братиею, как настоятель обители, имел попечение и заботливость о каждом. Преуспевающих в служении Господу он побуждал не ослаблять своих подвигов; нерадивых же и ленивых со скорбью поучал не забывать, что они отверглись мира и, заботясь о спасении своем, не должны предаваться мирским заботам, дабы не утратить вечной награды. Он имел обыкновение обходить все места обители, где трудились иноки, поощряя и увещевая с терпением переносить труд, при чем сам являлся образцом для братии, принимая участие в общих трудах. Своею кротостью, своею отеческою заботливостью о братии, мудростью в управлении и советах, Никон не только приобрел уважение и любовь братии, но слава о нем распространилась далеко за стены Сергиевой обители и имя Никона, как "освящение некое", прославлялось повсюду - по городам и весям. К нему шли многие благоговейные и именитые люди за наставлениями ради душевной пользы, и он всех принимал с отеческим благорасположением, являясь великим врачом духовным.

Но Никон, любивший больше всего безмолвие и молитву в уединении, не прельщался сею славою человеческою, и сильно тяготился ею. И вот с мыслию, что желающему творить волю Божию прежде всего нужно презирать и ненавидеть все соблазны мира, Никон стал уклоняться от начальствования над своею паствою и, наконец, заключился в уединенную келлию. Братия сильно скорбела о сем и, не желая, чтобы он покинул и оставил ее без своего руководства, со слезами просила его не оставлять их, как овец без пастыря. Но он оставался непреклонным в своем решении, прося братию не сокрушать его сердца своими мольбами. Видя столь непреклонное желание Никона, братия не стала удерживать его, зная, что он уклоняется от бремени начальствования не ради телесного покоя, но стремясь к высшим подвигам и богомысленному безмолвию. Не имея возможности оставаться без начальника, братия избрала одного из учеников Никона, по имени Савву, - мужа, сиявшего добродетельною жизнью - и, с благословения Никона, поставила его игуменом над собою [8].

Шесть лет пребывал в безмолвии Никон, пока паствою управлял Савва, пася ее с усердием и вспомоществуемый молитвами блаженного Сергия. Но, по истечении шести лет и Савва оставил начальствование. Тогда братия, как бы дав преподобному Никону отдохнуть от дел управления и насладиться вожделенным ему безмолвием, опять пришла к нему и со слезами умоляла и убеждала его снова принять ее под свое руководство. Видя, что Никон и теперь намерен уклониться от начальствования и власти, братия говорила ему:

- Не подобает тебе, отче, искать пользы себе одному, попекись и о спасении ближних.

Эта неотступная просьба иноков и любовь их заставили Никона расстаться с любимым уединением, и он уступил желаниям братии, но с тем условием, чтобы они уступили ему из каждого дня некоторую часть для уединенных подвигов и молитвы.

Тихо и богоугодно текла жизнь в святой обители. Никон же неустанно пребывал в молитвенном бдении, поучаясь в слове Божием и отеческих творениях.

Но вот распространился слух о нашествии на землю Русскую диких полчищ свирепого Эдигея [9]. Приближение татарских орд приводило в ужас и трепет всю землю Русскую. Преподобный Никон, горячо молясь об избавлении от злого врага, призывал в молитвах великого основателя сей обители - преподобного Сергия, чтобы он простер свою молитву пред престолом Владыки всех Христа, да не предаст Он запустению святой обители от руки нечестивых агарян и да не поколеблет веру немощных торжество неверных. И вот, однажды ночью Никон сел, чтобы отдохнуть после молитвенных трудов и был в полудремоте или тонком сне. Вдруг видит он вошедших к нему в келлию святителей Петра и Алексия, в сопровождении преподобного Сергия, который, обратившись к нему, сказал:

- Так угодно Господу, чтобы случилось сие нашествие иноплеменников и коснулось сего места. Но ты, чадо, не скорби, а мужайся и да крепится сердце твое: искушение будет непродолжительно и обитель не запустеет, а распространится еще более.

Затем, преподав Никону мир и благословение, святые стали невидимы. Никон, пришед в себя, быстро встал и подошел к дверям своей келлии, но нашел их запертыми. Он отпер и вышел и увидел святых, удалявшихся от его келлии к церкви. Тогда понял он, что сие было не сон, а истинное видение.

С покорностью воле Божией Никон ожидал исполнения предсказания. Вскоре варвары, наводнившие своими полчищами землю Русскую, достигли и обители преподобного Сергия и предали всё в ней разорению и огню. Преподобный Никон и братия, предваренные небесным извещением, заблаговременно удалились из обители и захватили с собой некоторые святыни и келейные вещи. Так спасены были некоторые книги и утварь преподобного Сергия, доселе уцелевшие.

По миновании опасности, Никон и братия возвратились на пепелище святой обители. Монастырь был сожжен дотла и святое место осквернено неверными. Но Никон не предался печали и унынию и не ослабел от подвига. Подобно тому, как доблестный воин при первом поражении от врага не бежит, но мужественно собирает силы и одерживает победу, так и он начал со спокойною твердостью трудиться над устроением обители. Как добрый пастырь, он собрал сперва рассеявшуюся братию и трудился с ней над монастырскими постройками. Менее чем в три года построены были здания, необходимые для иноческого общежития; для молитв же общих первоначально собирались, вероятно, в трапезную храмину. В то же время Никон поспешает постройкою деревянного храма, во имя Живоначальныя Троицы, который и был освящен в 1411 году 25-го сентября, в день преставления преподобного Сергия.