В то время монастыри были единственным местом, где можно было получить не только христианское просвещение, но и светское образование. Поэтому родители отдали его на обучение в Спасо-Мирожский Псковский монастырь.

До нас дошло трогательное описание этого периода его жизни. Мать привела его к настоятелю монастыря, когда ему было 15 лет. По старинному обычаю оба они (и мать, и сын) поклонились в ноги игумену монастыря. Тот радушно и ласково поднял их и дал им свое благословение. Взглянув в глаза стоявшего перед ним отрока, он долго не мог оторвать от него взора. Так и стояли они один перед другим долгое время. Потом игумен сказал: "Отдам тебя старцу и будешь, кроме грамоты, учиться творить великое дело на земле — писать иконы. Дай еще раз благословлю тебя на это Богом любимое дело!"

Слезы текли по щекам у матери. Она знала, что в основе писания икон лежит жизнь во Христе, особое духовное ведение. Это не простое монашество, это великое стяжание Духа Божия. Писание икон в древности считалось самым совершенным видом искусства. И вот на это великое дело благословляется ее 15-летний сын... Игумен, приведя отрока к старцу, сказал: "Отче, привел к тебе под начало отрока, учи его всему, что сам знаешь, и да благословит твой труд Сама Пречистая Матерь Божия".

Много трудился и много молился отрок вместе со старцем, строго соблюдая посты.

Утром солнце, восходя, освещало через оконце склоненную к полу в мягких русых кудрях голову юноши.

Любил юноша старца всей душой и во всем его слушался. И была между ними непрерывная связь и радость в совместной работе. Оба были смиренны, а потому и чисты сердцем. Поучения старца глубоко западали в его душу и впоследствии дали большие плоды в его подвижнической жизни.

Закончив учение, Корнилий вернулся в дом матери. Но его всей душой тянуло к монастырской жизни. И когда он впервые был привезен в Псково-Печерский и малоблагоустроенный монастырек — судьба его, можно сказать, мгновенно решилась.

Церковь в пещере, несмотря на то, что была в земле, душу уносила ввысь, к небу. И это дивное влияние пещерного храма испытал на себе тогда еще очень молодой Корнилий.

Необыкновенное состояние овладело душою отрока, когда они шли из пещерной церкви. Он отстал от матери, опустился на колени и замер в неописуемом восторге перед величием Творца. Свет широким потоком хлынул ему в душу и наполнил сердце духовным восторгом и беспредельной молитвой... Слезы высокой духовной радости струились по его лицу. Мать, найдя его в таком состоянии, не могла понять, почему он и плакал, и улыбался одновременно. Получив осенение свыше и почувствовав призвание на великий иноческий подвиг именно здесь, он навсегда поселился в этой обители с "Богом зданными пещерами" и пещерной церковью. Псковичам было свойственно пустынножительство. И душа юноши Корнилия тянулась в глубь лесов.

Первые годы жизни Корнилия в обители были полны молитвенного подвига и неустанных трудов. Это был период подготовки его к великому игуменскому служению.