Подвижническая жизнь юного отшельника скоро выделила его из числа братии. Они прониклись к нему глубоким уважением, так как он неукоснительно исполнял монашеские правила, любил упражняться в молитве, без устали работал для обители, и притом отличался большой начитанностью.

И братия монастыря избрала его своим игуменом, когда было ему всего 28 лет. Так рано духовно созрела эта чистая душа для больших дел.

Он достойно нес возложенное на него бремя большой ответственности пред Богом и людьми.

Игуменствовал он 41 год, с 1529 года по момент его трагической кончины — 20 февраля 1570 года. Много успел он сделать за это время. Внешнее устройство монастыря, его благолепие, вызывающее у многих посетителей благоговейный восторг при вступлении на монастырскую землю, до нынешнего дня привлекает сюда и множество паломников, и большое число экскурсантов.

Вступая на трудный путь игуменства, он взял в свои руки зажженную свечу русского иночества и понес ее в века и, что самое важное, донес эту свечу до нашего времени.

Он старался личным примером возбудить в подчиненных ему иноках ревность к подвижничеству: был твердый, правдивый и строгий блюститель монашеских обетов и порядков в обители, дорожил высоким назначением обители как "училища благочестия", поэтому всякого инока, отступившего от монашеского устава (невзирая на лица), подвергал исправительным мерам, а если тот не исправлялся, то удалял его из обители. При нем жизнь иноков протекала в духе первых христианских подвижников — в строгом исполнении монашеских уставов, трудах, смирении, молитве и посте.

Но при всей его строгой требовательности число иноков в обители за время его игуменства возросло до 100 человек, а было не более 15 человек.

Про него смело можно сказать, что это был идеал монаха, выполнивший заповеди Христовы от начала и до конца и "душу свою положивый за други своя".

Имя преподобного Корнилия как хозяина монастыря, строгого подвижника и просвещенного человека было известно в те времена на Руси. И в монастырь приезжали образованные люди для беседы с ним и для духовного поучения.

Преподобномученик Корнилий, несомненно, относится к особому типу монахов, взращенных на Псковщине, представителями которого являются, кроме него, преподобные Евфросин, Савва и Никандр.

Преподобный Корнилий — это деятельно-творческая личность, осененная ярким светом духовной чистоты и высокой нравственности; человек, обладавший необыкновенным, данным ему от Бога личным обаянием. Высокий, стройный, мягкий и спокойный, с необыкновенно проницательным взглядом синих глаз. Со всеми ласковый, приветливый и снисходительный.