По молитвам преп. Елеазара Анзерского у царя Михаила Феодоровича родился долгожданный сын и наследник будущий царь Алексей Михайлович. В благодарность государь пожертвовал Анзерскому скиту большую сумму денег. Деятельный, кипевший энергией Никон предлагал немедля пустить царский вклад на строительство каменного собора. Но нестяжательный простец Елеазар счел каменный храм непозволительной роскошью для бедного скита. Святой старец полагал, что сначала необходимо обустроить духовную жизнь в обители, воспитать в братии дух подлинного подвижничества. Никон, всегда склонный по своей натуре к каким-то ярким внешним формам, не мог понять своего смиренного учителя. Между ними произошла ссора. Будущий Патриарх, далекий от подлинно монашеского бесстрастия, выступил против своего духовного отца. Увы, сугубо материальное в основе своей дело стало причиной полного разрыва Никона со своим учителем, от которого он, впрочем, сумел взять очень немногое.

Поссорившись с преп. Елеазаром, Никон убежал с Анзера навсегда. Сев в лодку, он поплыл на материк, но по дороге попал в бурю и едва не погиб. Судно прибило к маленькому и скалистому Кий-острову в устье Онеги. Благодаря Бога за спасение, Никон воздвиг здесь поклонный крест, но так и не увидел в своем приключении вразумления за непослушание. Став Патриархом, он устроил на острове Крестовоздвиженский ставропигиальный монастырь.

Вскоре Никон пришел в Кожеезерскую обитель на севере Каргопольского края. Через 3 года братия избрали его игуменом монастыря. В 1646 г. Кожеезерский игумен прибыл по каким-то делам в Москву, где был представлен молодому царю. Никон буквально обаял Алексея Михайловича. В свою затерянную в северной глуши обитель игумен так и не вернулся: царь поставил его архимандритом придворного Новоспасского монастыря родовой усыпальницы Романовых. При новом архимандрите обитель была богато отстроена на щедрые царские пожертвования.

Дружеские отношения между царем и Никоном все более крепли. Молодой государь жаждал преобразовать Россию, возвысить ее и вывести на мировую арену в качестве лидера всего православного мира, который он мечтал объединить под главенством Москвы. Вокруг царя Алексея постепенно группируются молодые и энергичные деятели, в которых он видит своих единомышленников. Быстро уловивший настрой государя Никон сумел повести себя так, что царь увидел в нем деятеля, способного распространить преобразования и на церковную жизнь. Никон был вполне человеком своего времени, главными героями которого, в отличие от предшествующих эпох, стали лица, неродовитые, но талантливые и энергичные, выстраивающие как свою карьеру, так и программу своих действий (одно от другого они не отделяли), целиком на благоволении государя и на служении его интересам.

Влияние Никона при дворе быстро росло: он стал принимать челобитные и передавать их Алексею Михайловичу. За протекцией к влиятельному архимандриту стали обращаться даже бояре. Он вошел в близкий ко двору церковный кружок "ревнителей благочестия" (или "боголюбцев"), но скоро заслонил собой других его деятелей, и отношения между Никоном и его вчерашними друзьями-протопопами из числа "ревнителей" быстро охладели. Никон верил в дружеские чувства царя и считал, что они позволяют ему более не считаться ни с кем, кроме самодержца.

В 1649 г. Никон по желанию царя становится митрополитом Новгородским. Находясь на Новгородской кафедре, он получил совершенно особые полномочия, причем, не только церковного, но и государственного порядка. В том же 1649 г. было принято новое Соборное Уложение, которое существенно ограничивало юридические и имущественные права Церкви. Но митрополит Никон получил от царя право в своей епархии продолжать судить духовенство и церковных людей своим судом не только по делам духовным, но и по гражданским. Более того, митрополит получил право надзирать за гражданским судом в Новгородской земле. Причем, Никон этим правом активно пользовался, контролируя деятельность воеводского суда. Это снискало ему в Новгороде популярность среди простого народа, которая возросла еще более благодаря благотворительной деятельности митрополита: он учредил богадельни, кормил неимущих, погребал их на церковные средства. Во время бунта новгородцев, обозленных на царского воеводу князя Хилкова, Никон призывал бунтовщиков одуматься и прекратить мятеж, а затем ходатайствовал за свою мятежную паству перед царем и помог кончить дело миром. За это его возлюбили как миротворца и в Новгороде, и в Москве. Царь нередко приглашал своего любимца-митрополита в столицу для совета.

Особое благоволение царя Никон вызвал своим проектом переноса в Успенский собор Кремля мощей трех Московских Первосвятителей, ранее погребенных в иных местах: Патриарха Ермогена из Чудова монастыря, Патриарха Иова из Старицы и, наконец, Митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря. Митрополит Новгородский лично возглавил поездку на Соловки за мощами святителя Филиппа. Он же был автором грамоты, написанной от имени царя Алексея с покаянием за грех своего "деда" Ивана Грозного. Она содержала в себе очень необычные нотки, в которых можно видеть провозвестие будущей Никоновской идеи возвышения священства над царством. Здесь, например, можно было встретить такие обращенные к святителю выражения: "преклоняю пред тобою сан мой царский", "преклоняю честь моего царства", "повергаю на умоление тебя всю мою власть" и проч.

Во время поездки на Соловки в полной мере проявилась властная натура Никона. Сопровождавшие его бояре жаловались на Новгородского владыку, который, не жалея себя, и от них требовал аскетических подвигов: заставлял выстаивать долгие службы, класть немереное количество поклонов, строго поститься.

Во время путешествия Никона на Соловки скончался Патриарх Иосиф. Никон вернулся в столицу уже практически преемником почившего Первосвятителя, оставалось лишь формальное избрание. Правда, группа протопопов из кружка "ревнителей" (в их числе Иван Неронов, Аввакум Петров, Логгин, Даниил и прочие будущие вожди старообрядческого раскола) после недельного поста предложила на Патриаршество царского духовника Стефана Вонифатьева. "Боголюбцы" цеплялись за последнюю возможность сохранить свою власть в Церкви, которую они фактически узурпировали в Патриаршество оттесненного ими от дел Иосифа. Но Стефан отказался избираться в Патриархи. 22 июля 1652 г. Освященный Собор, зная настроение Алексея Михайловича и желая ему угодить, выбрал на Патриаршество Никона.

Почти сразу после избрания нового Патриарха начались первые неожиданности: Никон несколько раз отказывался прийти со своего Новгородского подворья в Успенский собор на церемонию наречения на Патриаршество, которая должна была проходить с участием царя. Наконец, его привели насильно. Никон стал отказываться от Патриаршего сана, ссылаясь на свою неспособность и неразумие. Такое поведение было вполне традиционным. Столь же традиционно избранного Патриарха уговаривали принять власть над Церковью. Но далее Никон повел себя весьма необычно: он отказывался не троекратно, как требовал сложившийся ритуал, а столь решительно и долго, что заставил царя встать на колени перед Никоном и умолять его принять Патриаршество. Избранный Патриарх прослезился, увидев эту картину, но принял Патриаршество только после того, как царь обещал блюсти догматы и каноны Православия нерушимо и во всем слушаться его, Никона, как архипастыря и отца. Государь, бояре и Освященный Собор присягнули в том на Евангелии. И лишь тогда Никон согласился стать Патриархом. Позднее он утверждал, что предупредил царя о том, что согласен быть на Патриаршестве только три года, и если царь не будет у него в послушании, то уйдет с Первосвятительской кафедры. Уже в этом эпизоде с избранием на Патриаршество вполне проявилась идея возвышения священства над царством, усиления Патриаршества. Именно она, скорее всего, и была в жизни Никона главной целью, тогда как его знаменитые реформы явились лишь средством достижения этого теократического идеала.

25 июля 1652 г. была совершена интронизация нового Патриарха, и 47-летний Никон стал новым Предстоятелем Русской Церкви. Теперь его энергичная натура могла, наконец-то, проявиться в полной мере. Молодой царь благоговел перед Никоном, бесконечно доверял ему, советовался с ним по всем важнейшим государственным делам. Отъезжая из Москвы, Алексей Михайлович регулярно переписывался с Патриархом. Но наиболее ярко сыновнее отношение царя к Патриарху проявилось в том, что Алексей Михайлович разрешил Никону именоваться "Великим Государем". Прежде так титуловали только Патриарха Филарета, что мыслилось как мера исключительная, так как он был отцом и фактическим соправителем царя Михаила Феодоровича. Но царь Алексей даровал титул "Великого Государя" вчерашнему крестьянину-мордвину, подчеркнув, что тоже видит в нем своего отца. Однако в реальности эта беспрецедентная мера только укрепила Никона в мысли возвысить Патриаршество над царством. Отныне он стал стремиться придать своему новому титулу вполне реальное содержание.

Патриарх принимает деятельно участие в важнейших государственных делах. Его мнение царь не только уважал, но и руководствовался им. Недовольство Никона статьями Уложения 1649 г., ограничивающими права Церкви, заставило царя отступить от затеваемой секулярной реформы. Он оставил Никона безраздельным хозяином в его Патриаршей области, границы которой в это время многократно расширились. Вопреки статьям Уложения государь жаловал Никону новые земельные владения. Сам Никон также приобретал новые вотчины. Так, например, он приобрел почти целиком несколько уездов в Новгородской земле: Валдайский, Старорусский, Крестецкий, присоединил к Патриаршей области обширные территории в Тверской земле, Поволжье, отвоеванных у Польши юго-западных областях и южно-русских степях. Количество крестьянских хозяйств в Патриаршей области при Никоне возросло с 10 тысяч до 25 тысяч. Никон отстроил три крупных ставропигиальных монастыря, которые получили статус Патриарших резиденций: Иверский монастырь на Валдае, Крестовоздвиженский Кий-островский в устье Онеги и Воскресенский Новоиерусалимский под Москвой, на реке Истре. Царь пожаловал их Никону в личную собственность.

При строительстве Новоиерусалимского ансамбля вполне проявились специфические теократические идеалы Никона, которые были довольно далеки от православной традиции и скорее напоминали некое подобие восточного папизма. Никон хотел видеть в своем Новом Иерусалиме новый духовный центр православного мира. Весь комплекс монастырских земель представлял собой уменьшенный макет Святой Земли, монастырь символизировал Иерусалим, а монастырский Воскресенский собор с комплексом приделов был копией Храма Гроба Господня. В алтаре собора Никон поместил пять тронов для себя и четырех Восточных Патриархов, причем, кафизма Московского Первосвятителя была поставлена в центре. Как царю Алексею кружила голову мечта стать вселенским православным государем, так Никон мечтал стать настоящим Вселенским Патриархом, духовным главой всего православного мира, и не таким номинальным и призрачным, как стамбульский владыка, лишь титуловавшийся "Вселенским", а вполне реальным. Но налицо был парадокс: воплощение этой мечты Никона сделало бы его любимый монастырь не Новым Иерусалимом, а скорее неким подобием восточного Ватикана.

К своей цели Никон шел постепенно. Первым делом он считал, необходимым реализовать программу церковных реформ. Прежде всего, она должна была обеспечить Никону расположение царя, для которого исправление русского обряда по греческому образцу было залогом грядущего объединение всего православного мира под скипетром Московского государя. Положение Никона в этой православной сверхдержаве в случае возвышения духовной власти над светской стало бы еще более грандиозным. Ради воплощения этих масштабных замыслов Никон начинает свои церковные преобразования. Этим же целям должно было служить и усиление внешнего блеска Московского Патриаршества, которому Никон хотел придать невиданное доселе величие.