Здесь он жил на квартире у одних монахинь и вел чрезвычайно аскетичный образ жизни. По воспоминаниям многих, общавшихся с ним в этот период, он был невероятно истощенным. Батюшка все свое свободное время проводил в чтении слова Божия, молитве и изучении Святых Отцов. Проповеди батюшки были всегда глубоко духовными и отличались особой силой и убедительностью. Это привлекало к нему верующих.

Вторым священником храма был о. Рафаил (Шейченко), бывший насельник Оптиной Пустыни, 21 год отбывший в лагерях. Он также, несомненно, был человеком духовным, добрым, мягким, молитвенником, имел дар слез. О нем в Козельске до сих пор вспоминают с любовью и, порой, со слезами. Но диаволу удалось поссорить двух достойных пастырей, в результате чего отец Никон был временно запрещен в служении еп. Калужским Онисифором, затем восстановлен. Впоследствии о. Никон и о. Рафаил вполне примирились, обменявшись письмами. В своем письме о. Никон кается и обвиняет себя. Вот что вспоминал он сам о периоде служения в Благовещенском храме:

"Стал служить священником. И чем, мне казалось, лучше я служил, тем больше где-то в глубине росло мнение о себе. Дело духовное совсем не так просто. Чтобы знать, что в глубине делается, нужно быть очень внимательным и много молиться своей личной молитвой. Так вот, одно время мне пришла мысль, может быть, от врага. Я стал вечером сто земных поклонов делать с молитвой Иисусовой, уже после вечерней молитвы часов до двух, может быть, делал. Теперь уже я все говорю, не для хвастовства, а чтобы вы немножко поняли. А утром снова нужно было до службы еще сто земных поклонов сделать, вставать часа в четыре и делать.

Ну и что же? Полезно мне это было? С внешней стороны это видели матушки, они народ любопытный. А Господь видел, что я дьявольское дело делаю, а не Божье. И вот получился у меня конфликт с о. Рафаилом. И меня не то что как-нибудь наградили, а из священства выгнали, запретили в священнослужении. Вот суд Божий и суд человеческий. Конечно, это сила Божия меня выгнала, она же опять восстановила. Но можно было думать, что я пострадал за какое-нибудь доброделание, за подвиг свой. А Господь дал понять, что тут было бесовское делание, что было тщеславие, мнение о себе: вот, я священник, служу все время, домой приду молитвы, чтение Слова Божия, да еще, хоть не молодой уже, скоро 55 лет, делаю сто поклонов вечером, сто поклонов утром со вниманием! Вот какое сложное духовное дело".

Отец Никон имел духовное общение с жившим в Козельске старцем-иеросхимонахом Мелетием (Барминым) ( 12 ноября 1959 г.), последним духовником Шамординской обители. Это был человек святой жизни, особый, исключительный. Отец Мелетий был последним постриженником преп. Амвросия Оптинского, который постриг его в 1891 году, в год своей кончины.

Отец Мелетий также какое-то время провел в лагерях. Он был большим молитвенником, отличался исключительным молчанием, был очень немногословным. Спросят его: "Батюшка, ну как жить?" А он отвечает: "Всегда молитесь" и все. Вокруг него царил особый благодатный мир, покой. Человек, пришедший к нему на исповедь расстроенным, умиротворялся.

С о. Мелетием общался и о. Рафаил, и другие священники; у него окормлялись шамординские сестры, которых было очень много в Козельске; множество людей приезжало к нему из других мест. Отец Мелетий скончался в глубокой старости, ему было около 96 лет, могила его находится в Козельске.

В 1948 году о. Никон переводится в г. Белев, затем в г. Ефремов, далее в Смоленск. Из Смоленска епископом Сергием он в том же 1948 году был направлен в захудалый в то время приход в г. Гжатск. Батюшка так и говорил: отправили в ссылку. Очень не понравилось ему здесь сначала. Неприветливо встретили его. Трудно было и в материальном отношении.

Денег он вообще никогда не имел, так как раздавал их. Имущества у него не было никакого. В Гжатск он приехал, имея старую теплую рясу одного оптинского иеромонаха, столь же старый теплый подрясник, который он через некоторое время сжег ввиду полной его ветхости, летние рясу с двумя-тремя подрясниками и книги. Вот и все его имущество, если не считать еще двух-трех алюминиевых столовых приборов. Он никогда не придавал значения всем этим внешним вещам. Точнее же сказать, он был решительным противником всякой роскоши, красивости, мягкости и т.п., ибо видел во всем этом материал для развития в человеке тщеславия, праздности и самолюбия. Его одежда всегда была сшита из простого материала самой простой портнихой, и поэтому выглядела иногда довольно неуклюже. Но он был этим доволен.

Батюшка любил рассказывать следующий эпизод из жизни преп. Пахомия Великого. Когда в одном из монастырей, над которыми преподобный начальствовал, братия поставили очень красивые ворота и с восторгом стали показывать их преп. Пахомию, тот приказал привязать к верху ворот веревки и тянуть до тех пор, пока ворота не перекосились. Братия огорчилась, но преподобный ответил, что монаху нельзя привязываться к тленным вещам. Батюшка всегда и во всем строго придерживался этого правила.

Много различных неприятностей и суеты житейской пережил батюшка в Гжатске. "Но эта суета говорил он перед смертью дала мне возможность увидеть: ничего не можем мы сами сделать доброго".

В духовном отношении, по словам батюшки, гжатский период жизни многое ему дал. А главное, он понял, пережил здесь состояние начального, как он сам говорил, смирения.

"Вот Игнатий Брянчанинов, да вознаградит его Господь, все время говорит об этом. Его вы теперь не понимаете. Все у него внутри насаждает мысль о смирении. Что же такое смирение? У меня к пониманию смирения был такой переход. Однажды мне пришла мысль, совершенно отчетливая и ясная: а что такое все наши дела, все наши молитвы, наше все? Надо взывать, как мытарь: "Боже, милостив буди мне, грешнику!" Сердце вот тут-то у меня и поняло, поняло, что самое существенное это милость Божия. Это было понятно не умом, а сердцем. И вот с этих пор я стал обращать в себе эту мысль, жить этой мыслью, молиться этой мыслью, чтобы Господь не отнял, а развил ее.

Это и есть начальное смирение начальное, подчеркиваю что мы сами ничто, а творение Божие, мы создание Божие только. Поэтому, чем нам гордиться, что нам противопоставлять Богу? Хотя Господь почтил нас величайшим достоинством быть сынами Божиими, но это дар Божий. Потом, призывая, искупил нас для того, чтобы восстановить, усыновить Себе, но и это опять дар Божий. Грешим, грешим Господь прощает, это дар Божий. А у нас что? У нас своего ничего. Вот это должно войти в сердце человеческое. Не умом нужно понять, а сердцем.