Узнав обо всем, святитель Кирилл Александрийский сильно опечалился и как верный раб Христа и Божией Матери вооружился на брань за Их честь. Как истинный пастырь, он приготовился выгнать мысленного волка из загона словесных овец. Сначала предстоятель Александрийской Церкви написал Несторию письмо с назиданием, в котором с братской любовью советовал отречься от этих еретических мнений и, обратившись к благочестию, исправить тех, кого сам же увлек в нечестие. Однако, получив письмо треблаженного, нечестивый Несторий не только не исправился, но стал еще хуже, и старался еще больше распространить свое ложное учение, а противящихся его заблуждению клириков и монахов мучил различными способами. Он сильно разгневался на божественного Кирилла и клеветал на него перед всем народом.

Когда святитель Кирилл увидел, что Несторий не исправляется он написал к нему другое, уже более суровое письмо, в котором обличал его ересь; так же преподобный обратился с письмами к Константинопольскому клиру, к царю, а затем к папе Целестину и другим патриархам. Подобным же образом Кирилл написал в разные города и страны к епископам, правителям и архонтам, ко многим отшельникам и прочим монахам. Александрийский первоиерарх доказывал на основе Священного Писания, насколько страшным и душевредным было заблуждение Нестория, побуждал всех беречься от этой ереси, как от смертоносного яда.

Наконец, поскольку день ото дня ересь Нестория умножалась и уже многие епископы совратились в нее, благочестивый царь Феодосии, желая утишить соблазны и очистить Церковь Христову и пшеницу веры от шипов и терний несториева заблуждения, повелел в 431 году собрать в Ефесе Третий Вселенский Собор, на который со всей вселенной собралось более двухсот епископов, а те, которые по причине каких–то препятствий не смогли прийти сами, прислали вместо себя своих представителей.

Римского папу Целестина представлял на Соборе патриарх Александрийский Кирилл — он был первым руководителем (вторым — Иувеналий Иерусалимский, третьим — Мемнон Ефесский). Блаженный вместе с другими отцами проповедовал и учил, что Господь наш Иисус Христос — Един по ипостаси, и Один и Тот же — Совершенный Бог и Совершении Человек, а не один и другой. А Пречистая Дева, родившая по плоти, — Госпожа и воистину Богородица. И была у всех православных великая радость, и весь народ города Ефеса торжественно рукоплескал и говорил не как раньше: «велика Артемида Ефесская!» (Деян. 19: 28), а «велика Пречистая Дева Мария, Богородица!».

Скверного же Нестория, как богохульного еретика, отцы Собора анафематствовали и извергли из сана, но поскольку тот не успокоился, а снова стал проповедовать свою ересь сначала сослали в Фас, близ Феофани, а затем в египетский оазис, по–турецки называемый Ибис. Находясь там, нечестивый познал на себе Божественный гнев, потому что, как пишет Евагрий, у раскольника сгнил богохульный язык и был съеден червями; так же, как утверждают Кедрин и Никифор, и все тело его сгнило. Несчастный, подобно Арию в верхней Фиваиде подвергся страшной смерти: Ангел Господень поразил его, и все его внутренности выпали в сосуд с нечистотами, когда он пошел по нужде и начал хулить Христа и Богородицу. Там, как рассказывает святой Герман Константинопольский, злой и испустил свой дух. Вот такому бесчестию и наказаниям подвергся иудеомудреный еретик Несторий.

Святитель Кирилл получил от Третьего Вселенского Собора большие почести и привилегии. Чудный Иоанн Зонара в хвалебном слове, посвященном этому подвижнику, описывает следующие награды: отцы Третьего Собора даровали божественному право называться «Судией вселенной» и во время богослужения носить на голове тонкую ткань в виде плата.

Наименование «Судия вселенной» указывает на дивный вселенский суд, произведенный предстоятелем Александрийской Церкви, который Православием объединил всю вселенную, разделенную на множество частей ересью Нестория.

Тонкий плат же означает тонкость ума преподобного, ибо он составил учение об ипостасном единении Христа. С помощью этого термина представляется одновременно и одно Лицо во Христе, и две Его природы.

Кроме того, божественный Кирилл был назван и «папой» — Возможно, это произошло из–за того, что он замещал на Со боре папу Целестина. Другие же по–иному толкуют вышеуказанные привилегии, ведь все патриархи Александрийские приемники святого Кирилла, удержали наименование «Папы» и «Судии вселенной», а также право носить две короны и две епитрахили, возможно, указывая на ту тонкую ткань, дарованную Синодом.

Известно, что перед созывом вышеуказанного Собора, призванном укрепить православную веру, присноблаженный понес множество трудов, искушений, подвергся беззаконной клевете и нападениям со стороны еретиков, единомысленных Несторию. Заручившись помощью мирских правителей, они составили свое собственное совещание и ложно провозгласили святителя Кирилла еретиком, подобно Апполинарию, который отрицал истинное человечество во Христе и считал Его лишь Божеством. Клеветнические письма возбудили гнев царя против подвижника, он вместе с Мемноном Ефесским был посажен в темницу и закован в железо. Детально изучив дело и узнав о ложных обвинениях еретиков и о невинности святого, царь смирил еретиков ссылкой, а блаженнейшего вместе с единомысленными ему укрепил на их первосвятительских престолах, похвалами ублажая их терпение и кротость.

Чтобы понять, насколько ненавистна была Божией Матери богохульная ересь Нестория, против которой так подвизался святитель Кирилл, в качестве отступления приведем здесь историю, о которой повествуют отцы «Луга духовного» — Софроний и Иоанн. Как–то они пошли к авве Кириаку пресвитеру Каламонской Лавры, что на Иордане, и преподобный поведал им следующее.

— Однажды во сне я увидел Госпожу Богородицу со светлым лицом, одетую в порфиру, в сопровождении двух боголепных мужей, Которая стояла у моей кельи. Я узнал, что это была Владычица, Матерь Божия, а двое мужей с ней — святые Иоанн Креститель и Иоанн Богослов. Тогда я вышел из кельи и, поклонившись Пречистой Деве Марии, стал просить войти и благословить мою келью, но Она никак не соглашалась.

— Да не возвратится раб Твой, Владычица, постыженный и поруганный от Тебя, — умолял я Заступницу усердную.

— У тебя в келье Мой враг, как же ты просишь Меня войти? — ответила мне Богородица и стала невидима.